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1.
利用网络药理学和分子对接探究文旦柚皮精油的主要功效。首先,通过文献和数据库进行活性成分的收集与筛选、靶点的预测,构建成分-靶点数据集,导入Cytoscape 3.7.2软件构建网络,获取靶点信息;然后,筛选出主要靶点,利用Metascape系统进行富集和通路分析,利用Sybyl-x 2.0软件进行分子对接试验。最后,筛选得到文旦柚皮精油有效活性成分28个,共621个靶点,主要涉及化学致癌、雌激素信号、癌症和神经退行性等生物学过程中的多条信号通路。初步揭示了文旦柚皮精油的主要药理学机制和功效,为其进一步开发提供了理论参考。 相似文献
2.
《西安文理学院学报》2021,(3)
通过网络药理学的方法探讨知母治疗老年痴呆症的作用机制,通过TCMSP数据库筛选知母的有效活性成分及作用靶点、Uniprot数据库查询作用靶点的基因名称、Drugbank数据库查询老年痴呆症的疾病靶点、Cytoscape3.6.1软件构建"药物-有效成分-靶点-疾病"网络图;通过String数据库构建药物-疾病靶点PPI网络;最后通过Metascape数据库进行基因本体GO和KEGG通路富集分析.从知母中筛选出有效活性成分15个,涉及相关靶点111个;筛选疾病靶点46个,二者共有靶点14个,包括CHRM1、CHRM2、CYP3A4、CHRM3、OPRD1等.GO分析得到分子功能包括G蛋白偶联胺受体活性、肾上腺素能受体活性等;细胞组成包括突触前膜的固有成分、突触后膜的组成部分等;生物过程包括腺苷酸环化酶激活肾上腺素能受体信号通路、肾上腺素能受体信号通路等;KEGG富集分析主要包括钙信号通路、cGMP-PKG信号通路、cAMP信号通路等.通过分析认为,知母治疗老年痴呆症可能是通过多成分、多靶点、多通路的方式来发挥作用. 相似文献
3.
目的:基于网络药理学方法探讨威灵仙抗结直肠癌可能的分子机制。方法:通过TCMSP数据库挖掘获取威灵仙活性成分,限定口服利用度(OB)和类药性(DL)数值对威灵仙活性成分进行筛选。利用TCMSP搜索威灵仙相关靶基因,GeneCards数据库收集与结直肠癌相关的基因,采用Cytoscape Version 3.7.1软件,构建威灵仙活性成分-抗结直肠癌靶点网络。使用String数据库构建蛋白质相互作用网络。使用Bioconductor数据库对威灵仙抗结直肠癌作用靶点进行基因本体(GO)富集分析与KEGG通路分析,以探究威灵仙抗结直肠癌的作用机制。结果:收集到57种化合物,经筛选和分析获得威灵仙活性成分7个,涉及抗结直肠癌作用靶点30个,关键靶点包括CASP3、JUN、ADRA1B、MAOA等。GO功能富集分析得到GO条目55个,KEGG通路富集筛选得到61条信号通路,包括凋亡通路、p53信号通路、结直肠癌信号通路等。结论:威灵仙治疗结直肠癌具有多通路、多靶点作用的特点,其具体的调控机制及关键的靶标尚待通过进一步的实验研究加以探索及验证。 相似文献
4.
郭杰 《西安文理学院学报》2023,(1):59-67
基于网络药理学探究陈皮治疗心血管疾病的作用机制.依托TCMSP数据库、DTPS靶点预测系统筛选陈皮活性成分及其潜在作用靶点,从GeneCards、DisGeNET、OpenTargets等数据库收集心血管疾病治疗靶点,将2类靶点进行交互处理得到陈皮治疗心血管疾病的靶点;借助Cytoscape 3.7.2软件构建活性成分-靶点网络;应用String平台构建靶蛋白互作网络;利用ClueGO插件富集靶基因GO生物学类型;运用DAVID (Version 6.8)平台分析靶基因KEGG通路,结合Omicshare数据库绘制KEGG通路气泡图.陈皮11个药效成分作用于PPARG、IL1B、ICAM1、VCAM1、PLG、APOB、F2、SOD1等32个心血管疾病治疗靶点;参与活性氧生物合成、脂质代谢正调控、血液凝固、平滑肌细胞增殖调控、活性氮代谢、氧化还原酶活性调控、血压调节等,涉及血脂代谢、心血管调节、血凝调控、炎症、内分泌相关的16条通路.陈皮通过抗炎、抗氧化、抗凝、保护心肌以及调节血脂等药理作用治疗心血管疾病. 相似文献
5.
目的:基于网络药理学与分子对接技术探索抗病毒口服液在治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的作用机制.方法:使用TCMSP数据库对抗病毒口服液的中药活性成分进行检索并根据条件筛选.使用OM IM和Gene Cards数据库对疾病靶点进行筛选,构建活性成分-靶点网络图.将筛选得到的靶点用String数据库得到蛋白互作网络图.运用GO和KEGG富集分析,得到靶点-信号通路网络图.结果:共筛选得到中药活性成分靶点226个,疾病靶点256个,关联靶点21个,富集于22个生物过程及80条信号通路.根据中药-化合物-靶点网络图分析,得到排名前5的活性成分分别为槲皮素、β-谷甾醇、山奈酚、木犀草素和汉黄芩素.分子对接结果显示抗病毒口服液的核心化合物与疾病靶点SARS-CoV-23CL水解酶和血管紧张素转化酶Ⅱ(ACE2)能较好的结合.结论:抗病毒口服液中的主要活性成分通过与SARS-CoV-23CL和ACE2结合,作用于IL-6、PPARG、VEGFA等靶点,影响免疫调节、抗病毒、抗炎等途径发挥对C O V ID-19的治疗作用. 相似文献
6.
目的:探究荆花胃康胶丸(Jinghua Weikang capsule,JWC)干预幽门螺杆菌(Helicobacter pylori,Hp)所致炎症反应的作用机制.方法:采用Schr?dinger(2018)平台的QikProp模块过滤不符合ADME参数的JWC成分,用R语言factoextra和Facto MineR包对剩余成分进行主成分分析.借助Pharm Mapper Server和SwissTarget Prediction平台预测阳性药的作用靶点,并与OMIM、Genecards和Dis-GeNET数据库获得的Hp感染靶点取交集,获得阳性药对Hp感染的治疗靶点.采用Schr?dinger软件探究潜在活性成分对Hp感染治疗靶点的作用效果,借助R语言的pheatmap包构建对接结果的聚类分析热图.利用Cytoscape软件构建"药效成分-疾病靶点"网络模型,借助CluoGO插件分析JWC治疗Hp感染的作用通路.将水团花主要成分与BabA进行分子对接,探究水团花对Hp粘附的抑制作用.结果:13个候选活性化合物主要来自于土荆芥,分别作用于核心靶点T A K1、T AB1、RELB、M A PK14、MAPK11、JNK1、IKKB和ERK1.靶点映射得到KEGG通路28条,其中NF-κB/MAPK信号通路的富集靶点数最多.对接结果显示,水团花可能通过竞争性抑制黏附素BabA发挥抗Hp疗效.结论:JWC可能通过调控黏附素-MAPK/NF-kB信号通路干预Hp感染所致炎症反应. 相似文献
7.
通过网络药理学方法筛选获得积雪草酸与IA1期宫颈癌的交集靶点,分析GO功能和信号通路,经拓扑学筛选核心靶点,进行分子对接验证。结果表明,积雪草酸与IA1期宫颈癌有60个交集靶点,涉及101项GO功能和30条KEGG信号通路,确定了4个核心靶点(IL1B、CXCL8、CCL2和TLR4),分子对接验证结果显示积雪草酸与核心靶点结合稳定。 相似文献
8.
目的:本研究通过加权基因共表达网络分析(Weighted gene co-expression network analysis,WGCNA)揭示心力衰竭(心衰)相关脑卒中的发病机制,为临床防治心衰相关脑卒中提供关键靶点。创新点:本研究基于网络的研究策略,首次揭示了心衰相关脑卒中的潜在分子相互作用机制以及可能参与的生物学过程,并筛选出其中的关键基因。方法:我们从基因表达综合数据库(Gene Expression Omnibus database,GEO)中分别获得心衰和脑卒中相关的芯片数据,并通过WGCNA鉴定各自的关键模块与关键基因。然后我们将二者的关键模块与关键基因取交集后,得到心衰相关脑卒中的关键基因,并利用Reactome和Cytoscape数据库对关键基因进行功能注释。最后在多个数据集中对心衰相关脑卒中的关键基因进行验证。结果:我们在心衰和脑卒中相关芯片数据中分别鉴定出两个关键模块,随后功能富集分析发现两种疾病的关键模块中的基因均参与了蛋白质泛素化,Wnt信号通路和外泌体三个生物学过程。取交集后,我们共得到155个共同基因,他们可能参与了心衰相关脑卒中的发病机制。其中,OTULIN和NFIL3被识别为心衰相关脑卒中的关键基因。功能注释分析显示,OTULIN参与了蛋白质泛素化和Wnt信号通路,NFIL3参与了转录和翻译过程。最后,在多个心衰和脑卒中的芯片数据中均证实OTULIN和NFIL3表达显著上调。结论:蛋白质泛素化,Wnt信号通路和外泌体等生物学过程在心衰相关脑卒中的发病机制中发挥了重要作用。OTULIN和NFIL3通过调节这些通路因而可作为心衰相关脑卒中潜在的干预靶点。 相似文献
9.
为设计出活性更高的组蛋白去乙酰化酶抑制剂,采用Topomer Co MFA方法对52个抑制剂分子进行了3D-QSAR研究,得到q~2=0.735,r~2=0.976的可靠模型。运用基于R基团搜索技术的Topomer Search手段在ZINC2015数据库中进行了虚拟筛选,筛选出八个新颖化合物。预测结果表明:筛选出的化合物活性均较好,其中化合物s-7活性高于化合物43的活性。分子对接技术揭示了化合物结构和靶酶之间的联系,为新型HDACIs的设计及结构优化提供了重要信息和理论指导。 相似文献
10.
目的:通过筛选在六种与肥胖相关疾病中发挥作用的共同的肥胖基因,阐明肥胖在疾病发生及发展中的作用,为预防及治疗肥胖相关的一系列疾病提供参考。创新点:首次分析了与肥胖相关疾病的共同的肥胖基因,为解释肥胖与疾病的关系提供理论支持。方法:从疾病及肥胖数据库中获得与疾病和肥胖相关的基因,利用生物信息学软件进行蛋白互作网络分析和中心基因分析,筛选中心基因;对疾病与肥胖数据库中的重叠基因进行GO(Gene Ontology,基因本体)功能富集,获得在疾病中发挥作用的共同的基因本体功能集群。结论:通过分析初步推测六种与肥胖相关疾病中的31个中心基因中包括17个肥胖基因,每种疾病与肥胖的重叠基因具有一些相同的基因本体功能集群。 相似文献
11.
为克服当前肌少症治疗靶点较少及肌少症基因筛选方法的局限性,提出将加权基因共表达网络用于识别肌少症基因.基于拓扑矩阵构建共表达网络,将相似基因通过层次聚类法和动态剪切树法切割为一个个基因簇,利用主成分分析提取每个基因模块的特征值,计算其与肌少症性状向量的相关性,筛选出与肌少症高度关联的模块,并从中挑选枢纽基因进行验证.通... 相似文献
12.
吴瑛 《岳阳职业技术学院学报》2011,26(5):67-71
杀菌剂是现代农药的一个重要组成部分,利用它,人们可以把作物的生长控制在对人有利的方向。为了寻找并筛选具有较高杀菌活性的化合物,将具有优良生物活性的1,3,4-噁二唑结构引入化合物中,合成20个目标化合物。本文采用离体活性测试法对目标化合物进行杀菌活性测试,获得对部分植物病原真菌具有较高活性和应用价值的杀菌剂。 相似文献
13.
研究黄连解毒汤计算机药理学,对其多靶效应在分子层面进行探讨。构建成分数据库,应用分子对接、药效团模型、数据库搜索等方法,探讨与靶点A5lOX、IkBKB、PDE32间效应,研究其计算机药理学。复方成分中分别有40、36、28个化合物与靶酶A5LOX、IkBKB、PDE32间有潜在生物学效应,有23个小分子同时抑制2个以上靶标,其中10-乙酰京尼平苷和红景天苷对3个靶标均呈现抑制作用。本试验从分子层次上阐释了复方计算机药理学效应,为该药应用及深入研究提供一定的启示。 相似文献
14.
目的：采用计算药理学研究方法,研究血府逐瘀汤中红花、赤芍、川芎三味中药化合物活血作用靶点效应,阐释多靶点效应。方法：借助于分子对接和数据库搜索技术,探讨血府逐瘀汤活血类成分作用机制。结果：活血作用主要体现与4个活血类靶点Thrombin、TXA2R、PAI-1、factorIXa之间有较好的生物学效应,分别有88、18、59、3个分子与上述靶点有潜在生物学作用,其中羟基红黄色素A（saftlominA）对四个活血类靶点均有作用,并进行了方法学验证。结论：本试验从分子层次上阐释了该方中红花、赤芍、川芎活血作用机理,为该药的临床应用及深入研究提供参考。 相似文献
15.
Wen-jie ZHANG Cong LIU Rui-juan YANG Ting-ting ZHENG Miao-miao ZHAO Li MA Liang YAN 《Journal of Zhejiang University. Science. B》2019,(7):563-575
目的:为布朗山不同品种古树普洱晒青茶香气物质和活性成分(多酚类和咖啡碱)深入研究提供理论依据.创新点:首次采用气质联用技术(GC-MS)和高效液相色谱(HPLC)结合化学计量学对布朗山不同品种的古树普洱晒青茶进行研究,探究不同品种古树晒青茶成分之间的差异性.方法:采用顶空固相微萃取法(HS-SPME)结合GC-MS对香气成分进行鉴定;采用70%甲醇溶液对活性成分进行富集,使用HPLC进行分析;结合主成分分析(PCA)和偏最小二乘判别分析(PLS-DA)对不同品种的古树普洱晒青茶进行区分并对区分起主要作用的物质进行筛选.结论:三个品种的古树普洱晒青茶(老曼峨、老班章和布朗)香气成分组成及含量差异较大,但主要成分均为醇类、碳氢类和酮类化合物.老曼峨中多酚类化合物含量较高,其次为布朗和老班章,相比于多酚类,咖啡碱含量表现出了相反的趋势.相比于PCA分析,PLS-DA分析对三个品种的古树普洱晒青茶均显示出了较好的区分效果.变量投影重要性准则(VIP)分析结果显示34种香气和5种生物活性成分对不同品种的古树普洱晒青茶区分贡献较大. 相似文献
16.
雌激素受体α亚型（Estrogen receptors alpha,ERα）被认为是治疗乳腺癌的重要靶标，对于治疗乳腺癌非常关键。为准确找出能抑制ERα活性的化合物，以504个分子描述符作为研究变量，采用Spearman相关系数、最大互信息系数和随机森林特征选择三种方法，分别筛选出排名前30的分子描述符，综合三种方法的结果，使用基于秩的变量选择算法选出前20个对生物活性最具显著影响的分子描述符，并分别建立岭回归和随机森林非线性回归模型对其进行比较。结果表明，随机森林模型方法的预测效果更好，可用于化合物对ERα生物活性值的预测。 相似文献
17.
对南五味子属植物中的三萜类成分及其活性进行了综述。从南五味子属植物的不同植物中分离得到60余个三萜类化合物,其中许多为该属植物特有成分,这些化学成分有抗HIV活性、抗HBV活性、对肿瘤细胞的抑制作用。 相似文献
18.
目的:探讨硫酸铵主动载药脂质体液膜萃取技术筛选和富集中药水提液中生物碱类成分的可行性。方法:以硫酸铵脂质体为分离介质,构建中药脂质体液膜萃取新技术,对中药黄连水提液中的生物碱进行筛选和富集,最后对所建立的硫酸铵脂质体液膜萃取率的影响因素进行了研究。结果:利用硫酸铵梯度法制备主动载药脂质体,构建了脂质体液膜萃取技术,可以实现对黄连水提液中生物碱类成分的筛选和富集;发现磷脂与胆固醇的用量比、水提液上样量、药材浓度、萃取时间、萃取温度对脂质体液膜萃取率均有影响,其中水提液上样量、药材浓度、萃取温度影响较大。结论:硫酸铵主动载药脂质体可以实现对中药水提液中生物碱类成分的筛选和富集,磷脂和胆固醇的用量比、药液浓度和水提液上样量对液膜萃取率影响较大。 相似文献
19.
了解豫灵土壤污染现状和筛选重金属富集植物对污染土壤进行修复,采用火焰原子吸收光度法对豫灵冶炼厂周边土壤中重金属含量进行了测定,并对7种植物铅、镉的吸收和富集能力进行了研究,结果表明：豫灵冶炼厂周边土壤中Pb、Cd的含量严重超标,分别为821.574mg/kg和62.207mg/kg。采集的7种植物样品对Pb、Cd的吸收能力存在明显差异,苦荬菜、茵陈蒿和播娘蒿对Pb、Cd的吸收能力均较强,植物体内Pb的含量分别为423.95、358.275和303.5mg/kg,Cd的含量分别为54.60、49.425、55.175mg/kg。茵陈蒿和播娘蒿属于杂草,适应性强,利用其对矿区土壤进行修复,不经人工干预即可正常生长,成本较低,因此可作为该污染区土壤修复的选择物种。 相似文献
20.
Li-ning SU Xiao-qing SONG Zhan-xia XUE Chen-qing ZHENG Hai-feng YIN Hui-ping WEI 《Journal of Zhejiang University. Science. B》2018,(4)
创新点:本研究比较详细地阐明了与神经轴突再生相关的微小RNA(mi RNA)、转录因子和靶基因的相互作用关系,为神经系统疾病的恢复奠定基础。方法:本研究从基因表达综合数据库中获得与轴突再生相关的转录因子和基因数据,利用文献报道及生物信息学数据库预测的方法筛选与轴突再生相关的基因靶向mi RNA。利用生物信息学方法分析了三者之间的网络作用关系,预测了在相互作用网络中发挥重要作用的节点。最后对目标基因的基因本体(GO)功能进行了富集。结论:通过分析,初步筛选了与神经轴突再生相关的51个mi RNA、27个转录因子和59个靶标基因。进一步分析得到359对前馈环路,在此基础上推测了神经轴突再生过程中发挥重要作用的7个核心基因(Nap1l1、Arhgef12、Sema6d、Akt3、Trim2、Rab11fip2和Rps6ka3),6个miRNA(hsa-miR-204-5p、hsa-miR-124-3p、hsa-miR-26a-5p、hsamiR-16-5p、hsa-miR-17-5p和hsa-miR-15b-5p)和8个转录因子(Smada2、Fli1、Wt1、Sp6、Sp3、Smad4、Smad5和Creb1)。 相似文献