共查询到10条相似文献，搜索用时 31 毫秒
1.
《绵阳师范学院学报》2019,(5):69-74
为了解地方品种皖南花猪细菌感染情况,运用16S rRNA基因序列分析方法鉴定从皖南花猪地方品种猪分离的8种细菌.通过提取细菌DNA,采用通用引物PCR扩增16S rRNA基因片段并测序.将测序结果用BLAST在线软件在Nucleotide数据库中进行序列同源性比对,根据序列同源性鉴定病原细菌.结果表明:7种细菌鉴定到"种",1种细菌鉴定到"属". 16S rRNA基因序列分析对于皖南花猪病原菌鉴定是一种有效的方法 . 相似文献
2.
酸奶在储存过程中菌群结构变化研究 总被引：1，自引：0，他引：1
张红琳 《南京晓庄学院学报》2010,26(6):44-46
为了探究酸奶储存过程中微生物菌群结构的变化,为其长期贮存奠定理论基础.采用酚/氯仿法抽提细菌基因组DNA,以此作为PCR反应的模板,进行16S rDNA基因有效扩增,并将PCR扩增产物进行DGGE电泳.用Bionumerics软件对DGGE分子指纹图谱进行舌苔菌群结构相似性分析.实验结果表明,采用该方法成功地扩增出16S rDNA V3区片段,为230 bp.DGGE分子指纹图谱结果表明,1、2号酸奶样品高相似性为93%,1-3号与4-7号的相似仅为6%,表明酸奶贮存过程中,菌群结构发生了变化. 相似文献
3.
肠道菌群结构多样性初筛研究 总被引：1，自引：0，他引：1
目的：探讨研究肠道菌群结构的初筛方法,为进行有效、高质量的高通量测序奠定基础.方法：用粪便采样器采集健康儿童粪便进行粪便标本预处理后,采用酚—氯仿方法提取样本菌群基因组DNA,并进行16S rDNAV3区片段PCR扩增,扩增产物用变性梯度凝胶电泳法（denaturing gradient gel electrophoresis,DGGE）检测分析.结果：采用该方法成功地扩增出16S rDNA V3区230bp的片段,经DGGE的方法可以比较出不同儿童粪便样本菌群结构的不同.结论：基于16S rDNA V3区的PCR-DGGE技术能够应用于研究肠道微生物多样性,对于肠道微生物的研究起到了初筛的作用. 相似文献
4.
研究目的：评价毒死蜱施用后对土壤细菌和真菌群落结构的影响,并对降解功能菌株进行分析。创新要点：通过聚合酶链式反应–变性梯度凝胶电泳（PCR-DGGE）方法,揭示了毒死蜱施用后土壤细菌和真菌群落结构动态变化,并对试验土壤中的降解菌群进行分子鉴定。研究方法：将农田土壤用终质量分数5 mg/kg和20 mg/kg毒死蜱处理,同时以不施用毒死蜱为对照,定期采集土样进行毒死蜱残留测定并提取土壤DNA。将提取的土壤总DNA作为PCR反应模板,细菌群落结构分析采用对大多数细菌16S rRNA基因V3区具有特异性的引物GC-341F和517R,真菌群落结构分析采用ITS区特异引物对GC-ITS1f和ITS2f。DGGE图谱经Quantity One软件进行数字化分析,各泳道中的条带经标准化处理之后,条带的相对光密度构成一个矩阵,用Matlab软件进行主成分分析（PCA）,用Dice法计算相似性指数CS,用MEGA 4.1软件构建系统发育树,进行聚类分析。之后,采用LB、察氏和高氏三种培养基结合的纯培养分离方法,从毒死蜱处理土样中分离具有降解功能的菌株。分别提取纯培养物的染色体DNA,利用ERIC-PCR对分离到的降解菌进行基因组指纹图谱分析,将典型肠杆菌基因间的重复共有序列–聚合酶链式反应（ERIC-PCR）指纹图谱类型的代表菌株进行16S rRNA基因（细菌和放线菌）或ITS区（真菌）扩增并测序,测序结果提交GenBank基因库,并进行BLAST比对,初步确定降解菌株的分子地位。重要结论：本实验条件下,毒死蜱降解符合一级动力学,5 mg/kg和20 mg/kg毒死蜱浓度下的降解方程分别为y=5.252e-0.09x和y=19.41e-0.08x。DGGE指纹图谱显示,毒死蜱施用后土壤真菌群落结构与对照相比发生很大改变,且毒死蜱处理样品真菌群落结构保持基本稳定,多样性指数明显提高（见图2b）;主成分分析显示,毒死蜱处理样品与对照明显分在2个不同的区域,充分表明毒死蜱对土壤真菌群落结构影响迅速且持久（见图3b）。毒死蜱处理样品细菌群落结构只在试验前30天与对照相比明显不同,60天时已经恢复对照水平（见图2a）,同时主成分分析图上,毒死蜱处理样品与对照也越来越靠近,最后聚在一起（见图3a）,说明毒死蜱对土壤细菌群落结构影响短暂。最后,获得了9个典型的ERIC型毒死蜱降解菌株。 相似文献
5.
研究目的:评价毒死蜱施用后对土壤细菌和真菌群落结构的影响,并对降解功能菌株进行分析。创新要点:通过聚合酶链式反应–变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)方法,揭示了毒死蜱施用后土壤细菌和真菌群落结构动态变化,并对试验土壤中的降解菌群进行分子鉴定。研究方法:将农田土壤用终质量分数5 mg/kg和20 mg/kg毒死蜱处理,同时以不施用毒死蜱为对照,定期采集土样进行毒死蜱残留测定并提取土壤DNA。将提取的土壤总DNA作为PCR反应模板,细菌群落结构分析采用对大多数细菌16S rRNA基因V3区具有特异性的引物GC-341F和517R,真菌群落结构分析采用ITS区特异引物对GC-ITS1f和ITS2f。DGGE图谱经Quantity One软件进行数字化分析,各泳道中的条带经标准化处理之后,条带的相对光密度构成一个矩阵,用Matlab软件进行主成分分析(PCA),用Dice法计算相似性指数CS,用MEGA 4.1软件构建系统发育树,进行聚类分析。之后,采用LB、察氏和高氏三种培养基结合的纯培养分离方法,从毒死蜱处理土样中分离具有降解功能的菌株。分别提取纯培养物的染色体DNA,利用ERIC-PCR对分离到的降解菌进行基因组指纹图谱分析,将典型肠杆菌基因间的重复共有序列–聚合酶链式反应(ERIC-PCR)指纹图谱类型的代表菌株进行16S rRNA基因(细菌和放线菌)或ITS区(真菌)扩增并测序,测序结果提交GenBank基因库,并进行BLAST比对,初步确定降解菌株的分子地位。重要结论:本实验条件下,毒死蜱降解符合一级动力学,5 mg/kg和20 mg/kg毒死蜱浓度下的降解方程分别为y=5.252e-0.09x和y=19.41e-0.08x。DGGE指纹图谱显示,毒死蜱施用后土壤真菌群落结构与对照相比发生很大改变,且毒死蜱处理样品真菌群落结构保持基本稳定,多样性指数明显提高(见图2b);主成分分析显示,毒死蜱处理样品与对照明显分在2个不同的区域,充分表明毒死蜱对土壤真菌群落结构影响迅速且持久(见图3b)。毒死蜱处理样品细菌群落结构只在试验前30天与对照相比明显不同,60天时已经恢复对照水平(见图2a),同时主成分分析图上,毒死蜱处理样品与对照也越来越靠近,最后聚在一起(见图3a),说明毒死蜱对土壤细菌群落结构影响短暂。最后,获得了9个典型的ERIC型毒死蜱降解菌株。 相似文献
6.
目的应用PCR-DGGE（denaturing gradient gel electrophoresis,变性梯度凝胶电泳）技术对孤独症家庭成员肠道微生物菌群结构进行研究.材料和方法提取粪便细菌总基因组DNA,PCR扩增细菌16S rDNA基因V3可变区,DGGE方法检测PCR产物.结果建立了孤独症家庭成员肠道菌群组成的DGGE指纹图谱,分析结果显示孤独症儿童肠道菌群结构的相似度为0.42-0.65,家庭内孤独症儿童与父母之间的相似度为0.42-0.68.结论 PCR-DGGE技术是一种快速有效的用于分析研究人体肠道菌群结构的技术.孤独症儿童肠道菌群结构与父母的相似度较高,提示生活环境对肠道菌群的组成有影响. 相似文献
7.
探究烤鸭储存过程中菌群的变化,为延长其贮存期奠定理论基础．用酚、氯仿、异戊醇法提取烤鸭肉中细菌的基因组DNA,PCR扩增16SRNAV3区,用DGGE电泳技术分析菌群结构的变化情况,然后用Bionumerics软件对DGGE分子指纹图谱进行烤鸭肉菌群结构相似性分析．PCR结果表明,成功扩增了细菌基因组DNA,为230bp;DGGE实验结果表明,DGGE分子指纹图谱上条带存在显著差异;用bionumberics软件分析,发现样本相似度不断变化,表明在储存过程中,烤鸭肉菌群结构发生了变化．该研究为延长烤鸭肉保质期提供理论参考依据． 相似文献
8.
《绵阳师范学院学报》2022,(5)
为了利用多重PCR技术快速准确地分析出水族馆海兽饲养区域内所存在的细菌种类与数量,为进一步加强疾病防控提供重要依据.本文对安徽省某水族馆海洋哺乳动物饲养区域进行前后两次采样和细菌增殖培养,通过提取核酸后使用通用引物对模板进行多重PCR检测,再经16S rRNA测序,经Gene Bank数据库比对,结果显示,两次分别检测出13种不同微生物,包括致病菌、腐败菌、环境菌等,分布在海兽馆各区域.表明多重PCR技术对该环境致病菌分离鉴定较为快速有效. 相似文献
9.
虽然PCR扩增过程中所引入的杂和双链分子在TGGE或DGGE图谱分析微生物群落多样性结果时,对分析结果准确性的影响日益受到广泛关注,但迄今为止,尚未提出任何系统的关于去除PCR扩增过程中所引入杂和双链分子的可行性方法.本文将给出一种在克隆前较为有效减少样本中杂和双链的改良方法——“Reconditional PCR”.通过对原初PCR扩增进行上述改进,随后进行的TGGE分析可以更加准确反映种群遗传多样性,所构建的克隆文库也可以更准确地反映原初样本的生物多样性. 相似文献