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运用网络药理学及分子对接联合GEO芯片分析的方法，分析红花治疗冠心病的分子靶点和作用机制。通过TCMSP平台筛选红花的有效成分和靶点；在GEO芯片数据库检索、分析、筛选芯片数据并提取冠心病的差异表达基因；将获得的药物靶点与疾病靶点取交集基因，使用STRING平台对关键靶点构建蛋白互作网络；利用Metascape数据库对关键靶点进行GO和KEGG富集分析，应用AutoDockTools软件进行分子对接，预测作用机制。共获得红花17个有效成分，对应218个作用靶点，药物靶点与疾病靶点交集基因22个；筛选到核心活性成分黄芩素、β-胡萝卜素、β-谷甾醇等，核心靶点VEGFA、MMP9、JUN等；GO和KEGG分析呈现生物过程199个，细胞组分17个，分子功能19个，富集通路涉及到IL-17信号通路、糖尿病并发症相关AGE-RAGE信号通路等；分子对接结果β-胡萝卜素、豆甾醇等与核心基因结合良好。文章初步揭示红花治疗冠心病的活性成分、作用靶点及信号通路，红花通过多成分、多靶点、多通路的方式发挥治疗冠心病的效用。 相似文献
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目的：通过网络药理学研究护肝宁片治疗乙型肝炎的作用机制。方法：利用TCMSP数据库收集护肝宁片活性成分，构建化合物—靶点图。通过GeneCards和OMIM数据库获取乙型肝炎相关靶点，将护肝宁片活性成分靶点与乙型肝炎疾病靶点取交集，得到关键靶点。通过对共有核心靶点进行蛋白质相互作用分析，分析蛋白相互作用（PPI）中度中心度（DC）、中间性中心性（BC）、紧密性中心性（CC）筛选核心靶基因。选取的护肝宁片主要活性成分与关键靶点进行分子对接。结果：筛选到护肝宁片中木樨草素、槲皮苷、隐丹参酮、丹参酮等81种主要化学成分和198个相关靶点，其中关键靶点有TP53、AKT1、VEGFA、STAT3等。护肝宁片中的活性成分可能通过线粒体、膜筏等细胞组分参与DNA生物合成、细胞凋亡、星形胶质细胞的激活等多种生物学过程，作用通路为乙型肝炎、PI3K-AKT等。分子对接结果显示主要化学成分与核心靶点的结合力均较强，蛋白结晶复合物构象稳定。结论：研究初步表明了护肝宁片通过多成分、多靶点、多通路发挥治疗乙型肝炎的作用机制。 相似文献
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目的:基于网络药理学探究益肾活血方治疗糖尿病肾病(Diabetic nephropathy,DN)的活性成分和作用机制.方法:通过TCMSP数据库分析益肾活血方的活性成分及靶点;借助GeneCards、OMIM及TTD数据库收集DN的靶点;利用韦恩工具取二者的交集靶点,借助STRING平台构建交集靶点的蛋白互作网络;采用Cytoscape 3.7.2软件构建"成分-疾病-靶点"网络图;通过DAVID数据库进行GO富集分析和KEGG通路分析.结果:筛选出益肾活血方活性化合物123个,核心化合物为槲皮素、山柰酚、木犀草素、黄芩素、异鼠李素、丹参酮ⅡA.核心靶点为IL-6、VEGFA、CASP3、BCL2、PTGS1等.KEGG通路主要涉及AGEs/RAGE信号通路、PI3K/Akt信号通路等.结论:黄酮类化合物及丹参酮ⅡA为益肾活血方治疗DN的核心成分.益肾活血方可能作用于IL6、VEGFA、PTGS1等核心靶点基因调控AGEs-RAGE通路,作用于CASP3、BCL2、VEGFA等核心基因调控PI3K/Akt信号通路,延缓糖尿病肾病的发展. 相似文献
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肺腺癌是一种动态多样的疾病,在临床上可分为四个时期。通过研究肺腺癌不同时期基因表达与功能的特点,有助于理解肺腺癌的发生发展机制。从Array Express数据库下载肺腺癌不同时期的基因表达数据并进行整合,使用R语言Limma包筛选差异表达基因,对差异表达基因进行功能富集分析。肺腺癌分期数据整合后得到10998个基因和1102个样本。差异表达基因在I期的调控方式与其它时期不同,在I期上调(下调)的基因在II期、III期和IV期将下调(上调)。通过疾病富集分析挖掘到诸如AGER、TOP2A、CCNB1、AUR KB等与肺腺癌发生发展有很大相关性的基因。差异表达基因在肺腺癌不同时期的表达与功能不同,可能与肺腺癌的发展相关。 相似文献
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《科技风》2020,(23)
目的:利用网络药理学研究疏风解毒胶囊防治病毒的活性化合物。方法:通过TCMSP检索疏风解毒胶囊中8味中药败酱草、板蓝根、柴胡、甘草、虎杖、连翘、芦根、马鞭草的化学成分与作用靶点。借助Uni Prot数据库查找靶点对应基因,应用Cytoscape3.7.2软件构造出药材-化合物-靶点网络,进而使用cluster Profiler R包对靶点进行GO功能分析和KEGG通路分析。结果:研究筛选得到151个化合物和相应靶点144个。GO功能分析得出1385个GO条目(P0.01),包括1194个BP条目,66个CC条目,125个MF条目,分别占86%、5%、9%。KEGG通路分析获得111条信号通路。结论:疏风解毒胶囊中的活性化合物对病毒有防治效果。 相似文献
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目的：基于网络药理学及分子对接技术，探究四神煎治疗糖尿病周围神经病变（Diabetic peripheral neuropathy,DNP）的药理分子机制，为经典方剂临床应用提供初步的现代理论依据。方法：通过Batman-TCM数据库（http://bionet.ncpsb.org/batman-tcm/）获取黄芪、石斛、牛膝、远志、金银花五味中药的主要化学成分及靶点信息；利用String11.0数据库（https://www.string-db.org/）进行蛋白质相互作用分析，构建PPI网络并进行可视化分析，预测其中发挥作用的主要蛋白靶点。在Metascape数据库进一步分析核心靶点参与的生物过程及通路，采用CytoScape 3.8.0软件构建“四神煎成分-核心靶点-通路”关系网，分析其中主要发挥作用的成分及关键靶标，最后运用AutoDockTools-1.5.6进行分子对接，对接结果用PyMOL显示。结果：得到四神煎治疗DNP的活性成分79个，对应靶点456个，交集核心靶点113个，预测四神煎治疗DNP的主要活性成分为茉莉酮，核心基因ALB、TNF、PTGS2、CREB1、CA... 相似文献
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日官孜玛是治疗胃溃疡的常用道地藏药材，但其物质基础和作用机制尚不清楚。本研究通过网络药理学和H2O2诱导的体外胃粘膜损伤模型，研究日官孜玛总提取物及其4个单体化合物Al ocryptopine(A)、Bicucul ine(B)、Cheilanthifoline(C)、Protopine(D)对过氧化氢(H2O2)诱导的人胃粘膜上皮细胞(GES-1)炎症的保护作用，以揭示其抗炎作用的物质基础和主要作用机制。通过网络药理学方法共收集日官孜玛活性成分17个、潜在靶点525个、与胃溃疡相关疾病靶点4 232个，活性成分靶点与疾病靶点交集后获得263个核心靶点。GO富集分析结果显示这些基因主要影响细胞信号转导、核受体的活性、蛋白质结合等生物过程。KEGG富集分析显示PI3K-AKT信号通路和一些癌症相关通路的基因富集较多。体外实验结果显示AKT1、HASP90AA1、MAPK1、PIK3CA是其重要靶点。MTT结果显示，与正常组相比，200μg/m L日官孜玛总提物表现出显著的细胞毒性；单体化合物B在25～... 相似文献
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目的：运用网络药理学和分子对接技术探讨五子衍宗丸对骨质疏松（Osteoporosisi,OP）的作用机制。方法：对五子衍宗丸的有效成分进行多个数据库及文献检索，确定对应靶点，从多个数据库中检索骨质疏松靶点，并构建蛋白互作网络图，通过可视化软件Cytoscape构建化合物-靶点图，分析五子衍宗丸治疗骨质疏松的机制，并运用分子对接进行验证。结果：筛选到五子衍宗丸对应靶点有470个，五子衍宗丸与骨质疏松共有靶点29个，富集到179个与骨质疏松相关的信号通路，其中糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路、MAPK信号通路、雌激素信号通路、JAK-STAT信号通路等富集显著。分子对接结果显示对接结果稳定。结论：五子衍宗丸活性成分可能通过调节激素水平、抗炎、改善骨代谢等药理作用在骨质疏松症中发挥作用。 相似文献
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文章运用反向分子对接的手段探讨四方藤抗类风湿性关节炎的机制。选择四方藤中11个主要化学成分,应用Chem Bio Draw软件画出化学结构式,通过Pharm Mapper数据库分析预测潜在作用靶点,运用DAVID和KEGG数据库预测其作用通路信息,并构建四方藤作用机制网络。得到EGFR,MAPK1 PDPK1等四方藤主要成分作用靶点122个,并聚焦到21条相关通路,这些通路主要与炎症反应、糖尿病、癌症相关。结果表明,瑶药四方藤抗类风湿性关节炎作用可能与炎症反应中的相关靶点和通路有关。 相似文献
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《科技风》2021,(21)
目的:基于网络药理学探讨龟鹿二仙胶(Gui-Lu-Er-Xian-Jiao, GLEXJ)治疗肿瘤放化疗后骨髓抑制(bone marrow suppression, BMS)的作用机制。方法:运用TCMSP、TCMID数据库获取活性成分和作用靶点,在GeneCard、DisGeNET等数据库检索疾病靶点,成分靶点与疾病靶点映射后利用Cytoscape软件构建GLEXJ"活性成分-靶点-疾病"调控网络,利用STRING数据库和Cytoscape软件构建PPI网络,metescape数据库进行GO和KEGG富集分析,利用AutoDock软件进行分子对接验证。结果:筛选得GLEXJ 86个活性成分,度值较高的化合物有槲皮素、山萘酚、豆甾醇、β-谷甾醇等,其作用于ESR1、RELA、EGFR、FOS等89个关键靶点,这些靶点主要富集在MAPK、TNF、PI3K-Akt等与BMS相关的通路上。分子对接结果显示:槲皮素、豆甾醇等成分与RELA、CCND1等核心靶点具有较强的结合活性。结论:GLEXJ治疗BMS的作用体现了中药多成分、多靶点、多通路的特点,其机制可能与调控细胞增殖、调节细胞周期、调控氧化应激等多方面相关。 相似文献
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目的 HOXC6在胃癌、胶质瘤、乳腺癌和前列腺癌等多种肿瘤中起着重要作用。然而,HOXC6是否与结直肠癌的进展和预后有关尚不清楚。方法 从TCGA和GEO下载结直肠癌和正常结肠组织的数据。分别使用KaplanMeier plotter、COX回归和Nomogram模型计算HOXC6对临床预后的影响,并使用校正曲线来评价Nomogram模型的预测能力,使用单细胞RNA测序数据分析验证了分析结果。结果 HOXC6在结直肠癌中的表达水平明显高于正常组织（p<0.05）。HOXC6的高表达与TCGA中结直肠癌患者较差的生存率显著相关(p=0.001)。HOXC6通过COX回归被确定为结直肠癌的独立危险因素(单因素,HR=1.456,95%CI,1.161～1.824,p=0.001;多变量,HR=1.432,95%CI,1.121～1.828,p值=0.004)。HOXC6在结直肠癌中的表达水平与HOXC4、HOXC8、HOXC9、HOXC10和HOXC-AS1呈正相关。单细胞RNA测序数据分析验证了：与正常组相比,HOXC6、HOXC4、HOXC8、HOXC9、HOXC10和HOXCA... 相似文献
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《黑龙江科技信息》2020,(23)
肺癌是当今世界上最受关注的癌症之一,其发病率逐年上升,死亡率极高。本论文将要对非小细胞癌中的肺腺癌进行研究,该类型是肺癌中发病率最高的种类,其癌细胞的浸润性强,因此常会破坏胸膜的正常组织及功能,引起胸腔积液。我所研究的CALCRL基因是一种蛋白质编码基因,属于细胞表面受体中最大的家族G-蛋白偶联受体的成员,它通过多种相关的信号通路参与调节重要的生命活动,如参与细胞增殖、细胞凋亡等。肿瘤组织是由于细胞恶性增殖与凋亡程序发生异常所造成的,而该基因表达产物具有调节细胞增殖与凋亡的功能,因此本论文将把该基因所参与的调节细胞增殖与凋亡的细胞通路作为重点展开研究。本研究主要使用TCGA、human protein atlas、Kmplotter数据库初步探讨CALCRL的在肺腺癌中的表达及其与患者生存预后的关系,研究其在肺组织中高度表达对于患者生存率的影响,该基因将有可能成为肺腺癌的靶向治疗目标或早期的诊断依据。 相似文献
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目的:利用文献计量学方法归纳各方使用中药内服治疗急性腰扭伤的用药规律,然后运用网络药理学方法对得出的高频药对进行分析.方法:计算机检索中外数据库,收集有关使用中药内服治疗急性腰扭伤的临床研究.结果:严格按照纳入标准对所检索文献进行筛选,"赤芍-续断"为最高频次药对.通过网络药理学方法分析"赤芍-续断"药对,发现其有效化学成分有35个,对应101个作用靶点,靶点富集出9条信号通路.其中赤芍化合物-苯甲酰芍药苷的关键作用靶点-血浆组织因子显著富集于HIF-1信号通路.结论:赤芍可以通过调控血浆组织因子使其作用于HIF-1信号通路以减少机体因创伤而致的瘀血凝聚症状,推测"赤芍-续断"药对治疗急性腰扭伤具备疗效. 相似文献
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[目的/意义] 探索一种融入数据驱动思维的人文社科专题数据库建设主题选择方法,为相关主体在建库主题的遴选、比较和确定等工作提供决策参考。[方法/过程] 从政策、用户两个维度出发,提出基于政策文本与检索数据的人文社科专题数据库主题筛选框架。以Fulink平台为例,基于政策文本LDA主题分类建模和检索数据的词频统计归类,确定专题数据库建设备选主题,最后通过比对筛选将主题进行分类。[结果/结论] 本文构建的主题选择框架,能够有效提升相关主题选择工作的全面性、准确性、科学性,为人文社科专题数据库建设的项目规划等提供了良好的思路。 相似文献
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文章以1990年~2017年在CNKI数据库发表的有关残疾人社会保障内容的期刊为数据样本,通过检索筛选共有265篇文章。通过CiteSpace软件对这265文章的时间分布和热点主题进行分析,从而获得该领域的研究成果、研究热点和结构演变。结果表明:2007年以后研究成果量增长明显,研究对象主要集中在农村残疾人;研究内容主要集中于残疾人就业保障、社会救助、社会福利等几个方面。 相似文献
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川芎是一种常见的活血化瘀的中药,可以治疗多种疾病。文章基于大学生互联网+创新项目研究之Apriori算法模型,用以研究证明川芎成方的配伍规律和系统药理机制。方法 采用R语言arules包的Apriori算法,对《中国药典》中川芎成方配伍规律进行了分析。通过STITCH数据库预测了川芎核心组方中主要化学成分的潜在靶点,通过STRING和DAVID数据库构建了靶点的PPI网络和KEGG通路。结果 研究发现“川芎-当归-白芍-熟地黄”是含川芎的关键配方。CTN网络和PPI网络显示,核心配方的主要成分“川芎嗪-阿魏酸-芍药苷-毛蕊花糖苷”（LFPA,Ligustrazine-Ferulic acid-Paeoniflorin-Acteoside）可直接靶向TNF、CXCL8、TLR4、CCL2、DECR1、EGFR、MAPK1、MAPK3等56个靶点。KEGG通路富集表明LFPA能调控NOD样受体、Toll样受体、HIF-1、TNF、MAPK、mTOR等信号通路,以及抗菌、抗病毒、抗炎症、抗肿瘤等通路的作用,发挥多靶点、多途径的系统药理作用。结论 LFPA可通过多靶点、多途径发挥多重药理作用。... 相似文献
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正中、英科学家对产于我国东北地区的黑木耳进行了基因测序,发现其中含有能代谢出抗肿瘤、抗衰老产物的基因。此次研究涉及3种黑木耳,根据表面褶皱由多到少,分别称为全筋、半筋和无筋黑木耳。通过转录组测序分析,共获得13937个独立非重复基因。其中,有一部分基因代谢出的小分子产物已经被验证具有抗肿瘤、抗衰老的效果。此外,还发现了1124个基因库中未曾记录的新独立非重复基因, 相似文献
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mRNA在细胞质内的稳定性是调控基因表达的重要方式。细胞以mRNA降解的方式对过时的、突变有害的mRNA进行及时清除以保证基因的正确表达和细胞正常的生命活动。其中脱帽酶Dcp1/Dcp2在mRNA降解中起到主要作用，但对其降解mRNA的详细作用机制了解甚少。到目前为止，尚没有该基因市售的抗体出现，阻碍了对该基因机理的研究。本文目的是利用PCR方法，从人的胎肝文库中克隆到Dcp2基因，制备其多克隆抗体血清。实验结果显示，通过溴化氰偶联柱子对该多克隆抗体血清经纯化得到的多克隆抗体，用于Western Blotting 试验，可以检测到该蛋白内源性的表达；用于激光共聚焦定位实验显示该内源性蛋白定位在细胞核内；此抗体同时可用于免疫沉淀实验。因此Dcp2基因和多克隆抗体的获得，为进一步研究该基因的功能创造了条件。 相似文献