| 基于多种描述参数的嗜盐古菌Haloarcula hispanica基因组密码子偏好性分析 |
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| 引用本文： | 毕胜男,于家峰.基于多种描述参数的嗜盐古菌Haloarcula hispanica基因组密码子偏好性分析[J].德州学院学报,2014(2):19-22,108. |
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| 作者姓名： | 毕胜男 于家峰 |
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| 作者单位： | [1]山东省功能大分子生物物理重点实验室,德州学院生物物理研究所,山东德州253023 [2]德州学院物理与电子信息学院,山东德州253023 [3]山东师范大学生命科学学院,济南250014 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金资助项目（61302186） |
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| 摘 要： | 进化是生物最本质的特征,一直以来,密码子偏好分析是基因组进化研究领域的热点命题之一.文中以极端嗜盐古菌Haloarcula hispanica基因组为研究对象,基于不同密码子偏好描述参数对该基因组大、小染色体及质粒的蛋白质编码基因中密码子使用特点进行了系统研究.结果表明Haloarcula hispanica基因组各组分蛋白质编码基因倾向使用以G/C结尾的密码子,在偏好的26个密码子中只有两个密码子的使用在大、小染色体和质粒之间存在差异.进一步基于多种描述参数的对应分析发现大、小染色体中各参数的相关系数存在相似性,而与质粒则出现了较大的差异,这可能与三者之间的进化关系有关,因而该工作为今后原核生物大小染色体与质粒之间进化关系的研究提供了可靠依据.
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| 关 键 词： | 嗜盐古菌 密码子偏好分析 基因组 |
Analysis of Codon Usage Bias Based on Different Parameters in the Genome of Haloarcula Hispanica |
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| Institution: | BI Sheng- nan, YU Jia- feng (1. Shandong Provincial Key Laboratory of Functional Macromolecular Biophysics, Institute of Biophysics, Dezhou University,Dezhou Shandong 253023, China; 2. School of Physics and Electronic Information, Dezhou University, Dezhou Shandong 253023,China; 3. School of Life Science, Shangdong Normal University, Jinan 250014,China) |
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| Abstract: | In this paper,codon usage bias analysis was performed on Haloarcula hispanica genome based on multiple parameters. The results show that Haloarcula hispanica genome tends to use the codon that end with G or C. Two differences among the 26 preferred codon between chromosomes and plasmid. Further correspondence analysis based on multiple parameters show that the correlation coefficient of each parameter with the chromosomes are similar, while different from the plasmid. This Apt be related to the origin of the three genomic components. Then this work can provide a reliable basis for future evolutionary research of chromosome and plasmid in prokaryotes. |
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| Keywords: | halophilic archaea codon usage bias analysis genome |
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