| 基于正则表达式的生物序列检索方法 |
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| 引用本文： | 郑珂晖,宁正元,王健.基于正则表达式的生物序列检索方法[J].莆田学院学报,2009,16(5):43-46. |
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| 作者姓名： | 郑珂晖 宁正元 王健 |
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| 作者单位： | 1. 福建农林大学计算机与信息学院,福建,福州,350002
2. 福建师范大学地理科学学院,福建,福州,350007 |
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| 基金项目： | 福建农林大学校内青年基金，福建省自然科学基金资助项目 |
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| 摘 要： | 提出利用正则表达式进行生物序列检索时应先确定该正则表达式的最优NFA,然后再转化为相应的算法步骤,进而提高生物序列的检索效率。并给出了一个具体的序列检索实例。
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| 关 键 词： | 正则表达式 序列检索 模式匹配 |
A Sequence Indexing Method Based on Regular Expression |
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| ZHENG Ke-hui,NING Zheng-yuan,WANG Jian.A Sequence Indexing Method Based on Regular Expression[J].journal of putian university,2009,16(5):43-46. |
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| Authors: | ZHENG Ke-hui NING Zheng-yuan WANG Jian |
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| Abstract: | This paper presented that the regular expressions' optimal NFA should be first determined when we used them for biological sequence indexing,and then turned into the corresponding algorithm steps,which could improve the efficiency of biological sequence's indexing.Furthermore,a retrieve instance of a specific biological sequence was showed in this paper. |
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| Keywords: | regular expression sequence indexing pattern matching |
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