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| 基于改进过的CKSAAP算法预测水稻蛋白质磷酸化位点 | |
| 引用本文： | 王伟,何华勤.基于改进过的CKSAAP算法预测水稻蛋白质磷酸化位点[J].吉林广播电视大学学报,2014(4):3-4. |
| 作者姓名： | 王伟 何华勤 |
| 作者单位： | 福建农林大学,福建福州350002 |
| 摘 要： | 本文利用LibSVM软件包对已通过改进过的CKSAAP方法特征提取出来的数值特征对磷酸化位点进行预测。结果表明,基于SVM和CKSAAP结合氨基酸频率方法的水稻蛋白质磷酸化位点预测在丝氨酸、苏氨酸和酪氨酸的平均预测准确性为80.877%,马修斯系数为0.616。对比单纯使用CKSAAP准确性显著提高。与PlantPhos和Musite的预测性能的对比结果显示,在磷酸化酪氨酸位点的预测性能显著高于PlantPhos及Musite。 |
| 关 键 词： | SVM CKSAAP 氨基酸频率计算 磷酸化位点预测 |
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