| 来自水稻伴生生物一个cDNA片段的序列分析 |
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| 引用本文： | 沈国明.来自水稻伴生生物一个cDNA片段的序列分析[J].台州学院学报,2004,26(6):57-61. |
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| 作者姓名： | 沈国明 |
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| 作者单位： | 台州学院,生命科学与医药化工学院,浙江,临海,317000 |
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| 基金项目： | 台州学院校立项目资助(04ND38) |
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| 摘 要： | 利用反转录聚合酶链式反应的方法，以单引物R2为引物，从水稻伴生菌中克隆到了一cDNA片段，长1029bp，其中开放阅读框部分共编码220个aa。NcBI核苷酸序列同源性比对结果表明：开放阅读框部分与大肠杆菌、志贺菌和沙门氏菌有较高的同源性，但在3’非翻译区几乎没有同源性；多肽序列的同源性比对结果显示，R2在N-端比目前已知的四氢叶酸脱氢酶/环化酶多肽序列少50个aa，C-端少18个aa。通过http://www.fruitfly.org网站下的启动子预测软件未发现转录起始位点，在3’端也无AATAAA加尾信号，因此我们克隆的cDNA不是完整的基因序列。通过功能结构域预测和三维结构分析表明：R2存在多个功能结构域，即FolD、KOG4230、THF_DHG_CYH_C、KOG0089和THF_DHG_CYH，其中KOG0089和THF_DHG_CYH_C为R2蛋白所包含的完整的功能结构域，晶体模型显示其分子表面凹凸不平，分子内存在间隙，总能为-5243．076kJ／mol，存在两个GROMOS程序修复点即Gly^53Gly^187，有7个类似于Aal^83和Leu^86的锚定连接形成两个环状结构。
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| 关 键 词： | THF 复点 BI 功能结构 锚定 预测 内存 生物 分子 已知 |
| 文章编号： | 1672-3708(2004)06-0057-05 |
| 修稿时间： | 2004年6月6日 |
Sequence Analysis of a cDNA Fragment from Rice--Accompanying Bacteria |
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| SHEN Guo-ming.Sequence Analysis of a cDNA Fragment from Rice--Accompanying Bacteria[J].Journal of Taizhou University,2004,26(6):57-61. |
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| Authors: | SHEN Guo-ming |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | methylene-tetrahydrofolatedehydrogenase/cyclohydrolase Oryza sativa accompanying bacteria single primer amplification |
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