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1.
目的:本研究通过加权基因共表达网络分析(Weighted gene co-expression network analysis,WGCNA)揭示心力衰竭(心衰)相关脑卒中的发病机制,为临床防治心衰相关脑卒中提供关键靶点。创新点:本研究基于网络的研究策略,首次揭示了心衰相关脑卒中的潜在分子相互作用机制以及可能参与的生物学过程,并筛选出其中的关键基因。方法:我们从基因表达综合数据库(Gene Expression Omnibus database,GEO)中分别获得心衰和脑卒中相关的芯片数据,并通过WGCNA鉴定各自的关键模块与关键基因。然后我们将二者的关键模块与关键基因取交集后,得到心衰相关脑卒中的关键基因,并利用Reactome和Cytoscape数据库对关键基因进行功能注释。最后在多个数据集中对心衰相关脑卒中的关键基因进行验证。结果:我们在心衰和脑卒中相关芯片数据中分别鉴定出两个关键模块,随后功能富集分析发现两种疾病的关键模块中的基因均参与了蛋白质泛素化,Wnt信号通路和外泌体三个生物学过程。取交集后,我们共得到155个共同基因,他们可能参与了心衰相关脑卒中的发病机制。其中,OTULIN和NFIL3被识别为心衰相关脑卒中的关键基因。功能注释分析显示,OTULIN参与了蛋白质泛素化和Wnt信号通路,NFIL3参与了转录和翻译过程。最后,在多个心衰和脑卒中的芯片数据中均证实OTULIN和NFIL3表达显著上调。结论:蛋白质泛素化,Wnt信号通路和外泌体等生物学过程在心衰相关脑卒中的发病机制中发挥了重要作用。OTULIN和NFIL3通过调节这些通路因而可作为心衰相关脑卒中潜在的干预靶点。 相似文献
2.
目的:通过筛选差异基因,获得控制骨髓间充质干细胞向神经细胞分化及神经发育的中心基因,为治疗神经系统疾病提供参考。方法:从基因表达综合数据库(Gene Expression Omnibus database)中获得芯片数据,利用生物信息学软件筛选差异基因,并对差异基因进行GO功能富集、蛋白互作网络分析和中心基因分析。结论:通过分析,初步推测Nrcam、Sema3a、Mapk8、Dlg4、Slit1、Creb1、Ntrk2、Cntn2和Pax6等中心基因在调控骨髓间充质干细胞向神经细胞的分化中发挥重要作用;Dcx、Nrcam、Sema3a、Cntn2、Slit1、Ephb1和Pax6等中心基因在神经发育过程中发挥作用;Fgf2、Tgfβ1、Vegfa、Serpine1、Il6和Stat1等中心基因在抑制神经分化过程中发挥作用。 相似文献
3.
为探讨乳腺癌患者大概率患有不孕症的情况,本研究应用生物信息学方法来研究乳腺癌标志物对卵丘细胞基因表达的影响。从NCBI的GEO数据库下载有关乳腺癌标志物的基因芯片数据库和卵丘细胞基因表达的基因芯片数据库。利用在线GEO2R筛选出2个数据库的差异基因,在EXCEL表格中进行筛选,对2个结果作韦恩图获得2个数据库差异基因的交集,利用DAVID6.8数据库对差异基因进行GO功能分析和KEGG通路分析,运用String-db数据库构建蛋白之间的相互作用图（PPI）,导入Cytoscape3.6.1软件获取关键靶基因。本文通过生物信息学方法从不同角度揭示有关乳腺癌标志物对卵丘细胞差异基因表达的影响,为人类乳腺癌患者生育能力的提高带来新思路。 相似文献
4.
目的:通过筛选在六种与肥胖相关疾病中发挥作用的共同的肥胖基因,阐明肥胖在疾病发生及发展中的作用,为预防及治疗肥胖相关的一系列疾病提供参考。创新点:首次分析了与肥胖相关疾病的共同的肥胖基因,为解释肥胖与疾病的关系提供理论支持。方法:从疾病及肥胖数据库中获得与疾病和肥胖相关的基因,利用生物信息学软件进行蛋白互作网络分析和中心基因分析,筛选中心基因;对疾病与肥胖数据库中的重叠基因进行GO(Gene Ontology,基因本体)功能富集,获得在疾病中发挥作用的共同的基因本体功能集群。结论:通过分析初步推测六种与肥胖相关疾病中的31个中心基因中包括17个肥胖基因,每种疾病与肥胖的重叠基因具有一些相同的基因本体功能集群。 相似文献
5.
Li-ning SU Xiao-qing SONG Zhan-xia XUE Chen-qing ZHENG Hai-feng YIN Hui-ping WEI 《Journal of Zhejiang University. Science. B》2018,(4)
创新点:本研究比较详细地阐明了与神经轴突再生相关的微小RNA(mi RNA)、转录因子和靶基因的相互作用关系,为神经系统疾病的恢复奠定基础。方法:本研究从基因表达综合数据库中获得与轴突再生相关的转录因子和基因数据,利用文献报道及生物信息学数据库预测的方法筛选与轴突再生相关的基因靶向mi RNA。利用生物信息学方法分析了三者之间的网络作用关系,预测了在相互作用网络中发挥重要作用的节点。最后对目标基因的基因本体(GO)功能进行了富集。结论:通过分析,初步筛选了与神经轴突再生相关的51个mi RNA、27个转录因子和59个靶标基因。进一步分析得到359对前馈环路,在此基础上推测了神经轴突再生过程中发挥重要作用的7个核心基因(Nap1l1、Arhgef12、Sema6d、Akt3、Trim2、Rab11fip2和Rps6ka3),6个miRNA(hsa-miR-204-5p、hsa-miR-124-3p、hsa-miR-26a-5p、hsamiR-16-5p、hsa-miR-17-5p和hsa-miR-15b-5p)和8个转录因子(Smada2、Fli1、Wt1、Sp6、Sp3、Smad4、Smad5和Creb1)。 相似文献
6.
目的:鉴定与心血管疾病相关的核因子κB(NF-κB)调控的基因和小RNA(micro RNA),探讨疾病发生发展的机制。创新点:构建心血管疾病相关的NF-κB调控网络。方法:基于NF-κB转录活性差异的小鼠原代血管内皮细胞模型,采用基因芯片(Genechip)检测NF-κB调控的基因和microRNA。再通过实时荧光定量聚合酶链反应(q RT-PCR)和生物信息学方法进行差异基因和microRNA的筛选、验证、功能注释,从而发现与心血管疾病相关的NF-κB调控的基因和microRNA。结论:在肿瘤坏死因子α(TNFα)处理的小鼠原代血管内皮细胞中:NF-κB调控77个基因,其中45个基因上调,32个基因下调。NF-κB还在TNFα处理的He La细胞中调控其中10个基因。通过q RT-PCR验证了NF-κB上调Egr1、Tnf和Btg2的表达。基因功能注释表明,许多NF-κB调节的基因聚类到经典的NF-κB参与的生物学过程。在TNFα处理的小鼠原代血管内皮细胞中还发现:NF-κB调控26个microRNA,其中21个上调,5个下调。进一步研究发现,7个NF-κB调控的microRNA还可能调控9个NF-κB调控的基因。最后通过检索数据库发现,5个NF-κB调控的基因和12个NF-κB调控的microRNA与心血管疾病相关。因此,本研究提升了对心血管疾病进展分子机制的理解。 相似文献
7.
目的:基于网络药理学方法探讨威灵仙抗结直肠癌可能的分子机制。方法:通过TCMSP数据库挖掘获取威灵仙活性成分,限定口服利用度(OB)和类药性(DL)数值对威灵仙活性成分进行筛选。利用TCMSP搜索威灵仙相关靶基因,GeneCards数据库收集与结直肠癌相关的基因,采用Cytoscape Version 3.7.1软件,构建威灵仙活性成分-抗结直肠癌靶点网络。使用String数据库构建蛋白质相互作用网络。使用Bioconductor数据库对威灵仙抗结直肠癌作用靶点进行基因本体(GO)富集分析与KEGG通路分析,以探究威灵仙抗结直肠癌的作用机制。结果:收集到57种化合物,经筛选和分析获得威灵仙活性成分7个,涉及抗结直肠癌作用靶点30个,关键靶点包括CASP3、JUN、ADRA1B、MAOA等。GO功能富集分析得到GO条目55个,KEGG通路富集筛选得到61条信号通路,包括凋亡通路、p53信号通路、结直肠癌信号通路等。结论:威灵仙治疗结直肠癌具有多通路、多靶点作用的特点,其具体的调控机制及关键的靶标尚待通过进一步的实验研究加以探索及验证。 相似文献
8.
目的:筛选肥胖易感基因,探讨基因对肥胖形成的影响以及肥胖的分子机制.方法:利用美国生物技术信息中心(NCBI)、欧洲生物信息研究所(EBI)及其他公共数据库对肥胖相关基因进行检索,根据基因分子功能的不同,筛选出直接调控脂代谢的肥胖基因作为候选基因进行分析讨论.结果:筛选出与肥胖相关的基因总共233个,根据不同功能分类,直接参与脂肪的生成与分解的基因有11个,其余的基因在不同的组织中发挥不同的功能对肥胖进行调控.结论:肥胖是由多基因调控形成的,并没有发现肥胖是由单个基因突变造成的,有些基因与基因相互作用,共同控制着肥胖的发生,而有些基因与环境因素相互适应影响着肥胖的形成. 相似文献
9.
目的:从大麦全基因组中鉴定AS2/LOB基因家族,并进行基因进化、基因结构、染色体定位以及组织、表达分析,为大麦ASL/LBD基因进一步功能研究与鉴定奠定基础。创新点:首次在大麦全基因组水平上分析AS2/LOB基因家族,并对部分基因的功能进行预测和分析。方法:利用大麦基因组数据库,通过生物信息学手段,鉴定大麦AS2/LOB基因家族成员;采用MEGA6软件进行系统进化树分析;利用GSDS及Map Draw工具进行基因结构及染色体定位分析;利用已有的大麦RNAseq数据进行组织表达谱分析。结论:通过全基因组分析,大麦AS2/LOB家族基因包括24个成员,在进化上分为两大类,7个亚家族,分布于大麦7条染色体上,组织表达模式具有多样性,与已经报道的ASL/LBD基因具有良好的同源性。这些信息为大麦AS2/LOB基因家族的功能分析奠定了基础。 相似文献
10.
Chang-ying LIU Rui-hua Lü Jun LI Ai-chun ZHAO Xi-ling WANG Umuhoza DIANE Xiao-hong WANG Chuan-hong WANG Ya-sheng YU Shu-mei HAN Cheng LU Mao-de YU 《Journal of Zhejiang University. Science. B》2014,(7)
研究目的:分离和鉴定桑树中参与乙烯生物合成的酶的编码基因MaACS和MaACO,研究其表达模式。创新要点:基于最新公布的桑树基因组数据库数据,获得5个MaACS基因和2个MaACO基因,对其进行了生物信息分析,同时鉴定了其在不同桑树组织中、不同发育时期桑椹中和不同激素作用下的表达模式。研究方法:通过生物信息学方法筛选和鉴定基因,利用荧光定量逆转录聚合酶链式反应(qRT-PCR)分析基因的表达量。重要结论:MaACS和MaACO基因在根、茎、叶等不同组织中呈现出不同的表达模式,在桑椹发育过程中呈现出两种表达模式,其表达量被脱落酸和乙烯利上调。 相似文献
11.
Yu-zhu GUO Hui-hui SUN Xiang-ting WANG Mei-ting WANG 《Journal of Zhejiang University. Science. B》2018,(9)
目的:研究长链非编码RNA(lncRNA)与头颈部肿瘤发生、发展及预后的关系。创新点:通过使用整合的转录组分析方法筛选出与头颈部肿瘤密切相关的lncRNA,其中CYTOR和HCG22在头颈部肿瘤发生发展中具有重要的生物学功能和临床预后价值,为制定新的治疗策略和探索新的预后标记分子提供参考。方法:从癌症基因组数据集(The Cancer Genome Atlas)中获得RNA-seq数据。结合差异表达分析和共表达网络分析的方法发掘出与头颈部鳞状细胞癌相关的lnc RNA,探讨其与头颈部肿瘤临床病理变化和预后的关系,进一步利用外部数据集以及细胞水平进行验证。结论:发现9个与头颈部肿瘤发生发展密切相关的lncRNA,其中CYTOR可能参与核糖体的生物合成,与病人生存率呈负相关。HCG22可能参与细胞表皮分化过程,与病人生存率呈正相关。此外,CYTOR和HCG22可作为头颈部鳞状细胞癌独立的预后标记物。 相似文献
12.
目的:寻找一种或多种能预测人类表皮生长因子受体2(Her-2)阳性乳腺癌患者是否发生淋巴结转移及其预后的分子标志物。创新点:本研究发现,miR-455与Her-2阳性乳腺癌转移相关,可能是一个预测Her-2阳性乳腺癌患者淋巴结转移和预后的分子标志物。miR-455可以通过与长链非编码RNA人肺腺癌转移相关转录本1(MALAT1)的相互作用,在乳腺癌的淋巴结转移过程中发挥重要功能。方法:通过下载肿瘤基因组图谱(TCGA)数据库中与乳腺癌相关的微小RNA(miRNA)测序数据,筛选与乳腺癌淋巴结转移相关的miRNA,进一步分析这些miRNA与乳腺癌患者预后的相关性。同时,用实时荧光定量聚合酶链反应(qRT-PCR)方法检测这些miRNA在不同程度淋巴结转移的Her-2阳性乳腺癌患者组织中的表达水平,及其与预后的相关性。通过细胞学实验研究过表达miR-455对Her-2阳性乳腺癌细胞系MDAMB-453增殖和侵袭能力的影响,并用qRT-PCR检测过表达miR-455对MALAT1表达的影响。结论:miR-455可能是Her-2阳性乳腺癌患者淋巴结转移和预后的潜在预测因子。 相似文献
13.
目的:腹主动脉瘤(AAA)和动脉粥样硬化(AS)在临床危险因素和分子发病机制上有相当大的相似之处。我们的研究旨在从代谢组学的角度研究AAA和AS之间的差异,并通过与转录组学的整合分析探索差异代谢物的潜在机制。创新点:从代谢组学的角度探究了AAA和AS之间的差异;采用关联分析,探究差异代谢物和差异基因的交互作用整合了代谢组学和转录组学。方法:应用32例AAA和32例AS患者的血浆样本表征代谢物谱,采用非靶向液相色谱质谱法(LC-MS),探究AAA与AS之间代谢物水平的差异;应用GEO数据集GSE57691,探究AAA与AS之间基因表达的差异;最后应用Spearman相关分析探究差异代谢物与差异基因之间的相关性。结论:本研究共鉴定出18种显著差异代谢物,其中7种代谢物的组合可能作为区分AAA和AS的生物标志物,曲线下面积(AUC)为0.93。通过整合代谢组学和转录组学数据,发现这7种代谢物,尤其是2'-脱氧-D-核糖(2d DR)与差异表达基因显著相关。本研究提供了AAA和AS患者血浆代谢物的全面概况,并为动脉粥样硬化性AAA的发病机制提供了研究方向。 相似文献
14.
为了研究血管内皮生长因子VEGF-A对肾脏促红细胞生成素EPO的表达调控以及相关基因和通路的影响,我们利用VEGF可逆抑制小鼠模型,将小鼠模型分为VEGF-A正常组(dox+)和VEGF-A抑制组(dox-)(n=8)。取小鼠肾脏组织提取总RNA,qPCR检测VEGF-A以及部分相关基因的mRNA表达量,进行转录组测序,通过FPKM和log2(FC)一值筛选差异基因进行GO和KEGG通路富集分析。结果发现,dox-组较dox+组VEGF-AmRNA水平明显降低;两组小鼠转录组测序数据分析发现共有1 282个差异基因,其中上调基因803个,下调基因479个;通过对差异基因进行GO和KEGG富集分析发现,差异基因主要参与T细胞活化、脂肪细胞分化产热等,主要定位在细胞外基质以及质膜外侧等位置,且富集于PI3K-AKT信号通路。因此我们得出结论,抑制小鼠VEGF-A的表达可以促进EPO表达上调,从而影响PI3K-AKT信号通路相关基因水平表达。 相似文献
15.
目的:研究肝癌细胞缺氧微环境导致mi R-210表达变化与肿瘤进展、预后等相关性。创新点:首次阐明了mi R-210表达与肝癌预后及缺氧相关基因的关系。方法:选取肿瘤基因数据库(TCGA)中424位肝癌患者的mi R-210表达水平、临床病理参数及缺氧相关基因(HIF1α、HIF3α、PTPN1和BNIP3)表达量,研究mi R-210与肝癌预后及缺氧基因之间的相关性。结论:mi R-210的表达与肝细胞癌进展分期呈正相关,它的高表达预示更低的无瘤生存率。因此,推测mi R-210可能与肿瘤细胞缺氧相关性死亡有关。 相似文献
16.
17.
《西安文理学院学报》2021,(3)
通过网络药理学的方法探讨知母治疗老年痴呆症的作用机制,通过TCMSP数据库筛选知母的有效活性成分及作用靶点、Uniprot数据库查询作用靶点的基因名称、Drugbank数据库查询老年痴呆症的疾病靶点、Cytoscape3.6.1软件构建"药物-有效成分-靶点-疾病"网络图;通过String数据库构建药物-疾病靶点PPI网络;最后通过Metascape数据库进行基因本体GO和KEGG通路富集分析.从知母中筛选出有效活性成分15个,涉及相关靶点111个;筛选疾病靶点46个,二者共有靶点14个,包括CHRM1、CHRM2、CYP3A4、CHRM3、OPRD1等.GO分析得到分子功能包括G蛋白偶联胺受体活性、肾上腺素能受体活性等;细胞组成包括突触前膜的固有成分、突触后膜的组成部分等;生物过程包括腺苷酸环化酶激活肾上腺素能受体信号通路、肾上腺素能受体信号通路等;KEGG富集分析主要包括钙信号通路、cGMP-PKG信号通路、cAMP信号通路等.通过分析认为,知母治疗老年痴呆症可能是通过多成分、多靶点、多通路的方式来发挥作用. 相似文献
18.
目的:解析杜氏盐藻代谢过程,主要关注盐胁迫下累积的代谢物(渗透平衡产物、多胺和类胡萝卜素)的代谢。创新点:本研究通过高通量测序产生了大量来自杜氏盐藻整个生长周期的转录组数据,描述了杜氏盐藻在盐胁迫下累积的渗透平衡产物、多胺和类胡萝卜素的代谢过程。另外通过该手段也进一步分析了盐胁迫处理下,抑制精胺合成底物的供应可能会缓解盐藻增殖对胡萝卜素含量的影响。方法:以来自3个不同生长时期的杜氏盐藻为材料,进行大规模转录组测序。在转录组功能注释的基础上,预测了杜氏盐藻盐胁迫下累积的渗透平衡产物(图3)、多胺(图4)和类胡萝卜素(图5)的代谢路径。利用相对定量聚合酶链反应(qP CR)技术构建了相关代谢路径中关键基因的表达谱(图6)。结论:通过杜氏盐藻转录组测序共获取了39 820条单一序列。在功能注释和聚类分析的基础上预测了杜氏盐藻盐胁迫下累积的渗透平衡产物(甘油和脯氨酸)、多胺以及类胡萝卜素的代谢路径。相关代谢途径的关键酶的表达谱分析,说明盐能够调节甘油、脯氨酸以及多胺的代谢过程。抑制精胺合成底物的供应可能会缓解盐藻增殖对胡萝卜素含量的影响。 相似文献
19.
Juliana FELGUEIRAS Joana Vieira SILVA Margarida FARDILHA 《Journal of Zhejiang University. Science. B》2014,(1)
研究目的:这篇综述系统地阐述了前列腺癌的发生、发展、相关分子信号通路以及分子标志物用于前列腺癌的临床诊断和前列腺癌诊治所面临的挑战。重要结论:许多分子信号通路通过影响细胞生长、凋亡、血管生成等病理生理过程而参与了前列腺癌的起始、发生和发展。这些研究基础有助于寻找前列腺癌的肿瘤标志物和改进前列腺癌的治疗。虽然去势治疗是早期前列腺癌治疗的金标准,但是晚期的激素抵抗型前列腺癌(CRPC)的治疗仍面临着巨大的挑战。所幸的是,目前研究发现可以通过切断特异的蛋白-蛋白相互作用或者通过调节某些影响肿瘤生长和转移的关键分子来治疗前列腺癌,能减少传统治疗所带来的副作用;相关临床研究已开始实施。这些研究进展给前列腺癌的诊治带来了新的曙光。 相似文献
20.
目的:蛋用鹌鹑VIPR-1基因单核苷酸多态性(SNP)研究。创新点:首次开展蛋用鹌鹑VIPR-1基因多态性研究,发现了两个与蛋重相关的多态性位点。方法:以VIPR-1基因设计引物,进行聚合酶链式反应–限制片段长度多态性分析,获得基因突变位点。并通过关联性分析,研究基因多态性与繁殖性状之间的相关性。结论:在个体数为443个(202只L个体、196只H个体和45只野生鹌鹑个体)的群体中发现两个突变位点(G373T和A313G),且两位点间存在微弱的连锁不平衡。相关性分析表明,SNP多态性与鹌鹑蛋重之间存在明显的相关性。组成的7个主要二倍型中,含有h1h2(GGGT)的个体总是表现为较小的蛋重及较大的产蛋数。 相似文献