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1.
半滑舌鳎是中国特有的名贵经济海水鱼类,属于近海温水性底层鱼类。脊椎动物性染色体的起源和进化一直是生物学界的研究热点,半滑舌鳎性染色体分化程度大,雌雄表型差异显著,成为研究脊椎动物性染色体进化和表型分化的理想模型。在中国水产科学研究院黄海水产研究所陈松林研究员的带领下,研究人员成功完成了我国首个鱼类基因组--半滑舌鳎全基因组精细图谱绘制,这也是世界上首个测序完成的比目鱼基因组图谱,标志着我国鱼类养殖研究进入基因组时代。 相似文献
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《科技通报》2017,(8)
为了研究泥蚶不同地理群体的遗传多样性和它们的系统进化关系,以采自来自7个地理群体的150个泥蚶个体为材料,对其线粒体细胞色素氧化酶亚基I(COI)的部分序列进行PCR扩增和序列比对,分析泥蚶群体的遗传多样性;计算泥蚶不同地理群体间的遗传距离及遗传分化系数,基于泥蚶群体平均遗传距离构建UPGMA聚类树;以毛蚶Anadara sativa为外群,用MEGA6.0软件中的ML法构建了泥蚶单倍型之间的系统进化树以及用Network4.6软件分析了所有单倍型的中介网络图。结果表明,泥蚶线粒体COI的基因片段的PCR产物大小约为509 bp。在目的序列片段中检测到了14个多态性位点,包括6个简约信息位点和8个单变异多态性位点,组成16个单倍型。群体中的核苷酸多态性和单倍型多态性均处于较低的水平,日本、海南、韩国三个群体的遗传变异程度相对较高。7个群体间的遗传距离在0.0002~0.0022之间,种群遗传分化系数(FST)值在-0.01646~0.34422之间。通过构建UPGMA聚类树,发现广西、江苏、山东三个群体聚成一个小支,之后依次和浙江、海南、韩国、日本聚在一起,但总体而言泥蚶的不同地理群体之间并没有形成明显的遗传分化。ML系统进化树和中介网络图表明在16个单倍型中,各单倍型之间未形成与其地理群体空间分布相对应的聚类单元,也不存在明显的进化关系。 相似文献
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文章以樱草杜鹃、大花黄牡丹、长鞭红景天、露蕊乌头、苞叶雪莲、藏橐吾、独一味、砂生槐、拉萨蒲公英、拉萨小檗10种藏药材为研究对象,提取基因组DNA,对其线粒体细胞色素c氧化酶第Ⅲ亚基(cox3)的部分片段进行了PCR扩增、测序及序列分析,用Bioedit软件与Gen Bank数据库中相关植物的序列进行序列比对,并用MEGA6.0软件做系统进化树(NJ),运用Codon W软件计算密码子的RSCU值。通过PCR扩增获得了10种藏药材的长度为750bp的目的片段,通过序列比对发现cox3基因在不同植物中变异位点较少,序列比较保守;基于cox3部分基因序列构建的NJ树反映了物种的进化关系,可以作为物种系统发育分析的补充;密码子偏好性分析发现,cox3基因偏好使用以AU结尾的密码子。樱草杜鹃等10种藏药材的COXⅢ基因部分片段的扩增与序列分析从序列比对分析、构建系统进化树、密码子偏好性分析水平上分析了cox3基因部分序列在樱草杜鹃等10种藏药材的差异,为植物cox3基因的功能、表达研究奠定了基础。 相似文献
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风毛菊属Saussurea DC.是菊科物种分化十分剧烈和分类处理十分困难的一个属。该属的单系起源性质、属下分类系统以及一些独特形态物种的系统位置尚不清楚，有待进一步验证。本文测定了代表该属5个亚属37种植物43个样品和川木香属Dolomiaea DC.的１种样品的叶绿体DNA trnL-F序列，并调取菜蓟族Cardueae Cass.与风毛菊属具有一定亲缘关系的13属的该序列，一起进行了分支分析，重点验证该属的属下形态分类系统以及形态特殊、青藏高原地区特有的雪兔子亚属subgen. Eriocoryne 相似文献
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通过光学显微镜和扫描电子显微镜观察了中国真藓属Bryum Hedw．13种孢子的形态特征。根
据外壁纹饰可分为:类型I,棒状突起顶端圆钝;类型Ⅱ,棒状突起顶端尖或具微突起;类型Ⅲ,棒状突
起顶端膨大成半球形。根据孢子直径的大小,可分3个类群。以上显示了物种间的遗传分化及其相似
性,证明真藓属确为一个自然分类群,真藓属孢子的形态比丝瓜藓属Pohlia Hedw．进化。这给苔藓的孢子形态研究及分类和系统演化的研究提供了新的资料。 相似文献
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徐克学 《中国科学院研究生院学报》1993,31(6):578-586
本文是“分支分类的一种计算方法—最大同步法”一文的姐妹篇。两种方法运算过程基本相同,
不同之处乃是最小平行进化法利用平行进化的概念,首先确立两个分支单位相结合时产生平行进化
的步数,即平行进化系数的计算公式,对所有待结合分支单位间计算平行进化系数。然后根据俭约性
原理,要获得最俭约演化树谱图,应该尽可能减少平行进化,也就是说在选择结合的分支单位时,
选择平行进化系数最小者优先结合。于是建立起一种新的分支分类运算方法。两种方法的思路完全不
同,从原理上讲对某些数据,最小平行进化法优于最大同步法,但后者运算量较大。如果将两种思路
兼顾,可以得出由这两种方法相结合而产生平行同步综合法．桔梗科6个种的数据作为例子进行运算说明。 相似文献
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本文采用PCR直接测序方法，对来自沙参属全部2组7亚组的10个种和作为外类群的风铃草属2个种的核糖体DNA ITS片段进行了序列分析。在重点探讨裂叶沙参分类地位的同时，分析了ITS片段序列在沙参属系统发育重建中的价值。结果表明，在沙参属中，ITS片段在长度、GC含量和位点变异量上均比较一致；长度539bp～541 bp，GC含量57％～60％，信息位点只占总位点的3．9～6％。采用PAUP软件进行的系统发育分析表明，裂叶沙参A．lobophylla与大花盘亚组的A．himalayana组成一支，而不是象以往形态学和杂交试验所推断的与泡沙参A．potaninii或A．stenanthina近缘。可见，ITS序列进一步支持将裂叶沙参移出泡沙参复合体甚至移出有齿亚组的推论，但同时也表明将其作为A．stenanthina的近缘种是不适宜的。尽管本研究所测定的类群已涵盖了整个沙参属，但种间序列的两两比较表明，沙参属种间在ITS片段上的分化很小(0.0～3.9％)，相比之下，沙参属类群与风铃草属类群间的分化却很高(17.8％～19.2％)。这大概和沙参属起源较晚、遗传分化较小有关。本文还就ITS片段在沙参属和桔梗科系统学研究中的价值进行了讨论。 相似文献
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在植物的系统与进化研究中，相对于叶绿体和核基因片段来说，线粒体基因片段由于其分辨率较低、结构复杂而较少应用到系统学研究中。本研究选用nad1基因的第2内含子序列探讨了稻族Oryzeae的系统发育关系，并着重分析了单型属Porteresia的系统学位置，并在此基础上探讨了nad1基因内含子序列的系统学意义以及空位性状在系统发育重建中的价值。本研究结果支持将稻族分为两个亚族（Oryzinae和Zizaniinae）的处理，稻族中假稻属Leersia与稻属Oryza最近缘，Porteresia coarctata不应该单独成属而应处理为稻属的成员。本研究表明，nad1第2内含子具有一定的系统发育信息，尤其是在较高分类等级的系统发育重建中具有较大价值；同时表明空位的合理利用将在已有序列信息基础上提供更多的系统发育信息。 相似文献
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睡莲科的系统发育:核糖体DNA ITS区序列证据 总被引：1，自引：0，他引：1
以金鱼藻Ceratophyllum demersum为外类群,使用PAUP4.0b4A软件对睡莲科Nymphaeaceae植物7属11个代表种的ITS区序列进行了系统发育分析。采用最大简约法分析获得了3个最简约树,步长为1125,一致性指数(CI)和维持性指数(RI)值分别为0.7618和0.7214。利用3个最简约树获取严格一致树。结果表明:(1)莲属Nelumbo位于系统树的基部,自展支持率为100%,可从睡莲科中独立出来成立莲科Nelumbonaceae和莲目Nelumbonales;(2)萍蓬草属Nuphar是一单系类群,位于分支Ⅱ的基部,并和睡莲科其他属(不包括莲属)植物聚在一起构成姐妹群,故萍蓬草属仍应置于睡莲科中;(3)水盾草属Cabomba和莼菜属Brasenia聚成一小支并构成姐妹群,自展支持率为99%,说明这两属之间亲缘关系较近;(4)睡莲属和芡实属Euryale、王莲属Victoria聚成一小支并构成姐妹群,自展支持率为94%,说明三者亲缘关系较近,仍应置于睡莲科中。 相似文献
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以金鱼藻Ceratophyllum demersum为外类群,使用PAUP4.0b4A软件对睡莲科Nymphaeaceae植物7属11个代表种的ITS区序列进行了系统发育分析。采用最大简约法分析获得了3个最简约树,步长为1125,一致性指数(CI)和维持性指数(RI)值分别为0.7618和0.7214。利用3个最简约树获取严格一致树。结果表明:(1)莲属Nelumbo位于系统树的基部,自展支持率为100%,可从睡莲科中独立出来成立莲科Nelumbonaceae和莲目Nelumbonales;(2)萍蓬草属Nuphar是一单系类群,位于分支Ⅱ的基部,并和睡莲科其他属(不包括莲属)植物聚在一起构成姐妹群,故萍蓬草属仍应置于睡莲科中;(3)水盾草属Cabomba和莼菜属Brasenia聚成一小支并构成姐妹群,自展支持率为99%,说明这两属之间亲缘关系较近;(4)睡莲属和芡实属Euryale、王莲属Victoria聚成一小支并构成姐妹群,自展支持率为94%,说明三者亲缘关系较近,仍应置于睡莲科中。 相似文献
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研究了国产防己科蝙蝠葛族tirb．Menispermeae9属20种和外类群青牛胆族trib．Tinosporeae 2属3种植物完整的ITS(包括5.8S rDNA)序列。trib．Menispermeae的ITS长527～601 bp，排序后长667bp。当gap处理为missing时具281个有信息位点。PAUP软件分析结果表明：①trib．Menispermeae是一个单系类群，该分支得到hootstrap l00％的支持；②确定了存疑种Pachygone valida的系统学位置，该种是Coc—culus属的成员；③Sinomenium和Menispermum两属有很近的系统学关系，组成族内稳定的一支，它们的ITS序列同源性极高，ITS1比族内其它属长41～73bp；④Stephania和Cyclea也是系统发育关系很近的两个类群。前者具两个主要分支，其IIS1、ITS2的G+C含量差异较大，在种类组成上，该两大支与传统上Stephania属内处理的2个亚属——千金藤亚属subgen．Stephania和山乌龟亚属subgen．Tuberiphania基本一致；Cyclea属内种间的ITS序列差异小，同源性极高。 相似文献
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Plastid atpB/rbcL intergenic spacer sequences were obtained from 21 selected taxa and
one hybrid of Anemoninae (Anemone, Pulsatilla, Hepatica) and compared with Ficaria (Ranun-
culinae) as an outgroup. From the resulting matrix (1226 bp) a single most parsimonious tree was
obtained (Fig. 1 ). The branching of this tree is confirmed by many informative indels and appears
largely congruent with past plastid restriction analyses. Several new taxa are added. The monophyly
of the Anemoninae and their early split into two major clades is supported: clade I with the chromo-
some base number x = 8, clade Ⅱ with the reduced x = 7. Clade Ⅰ is made up of the basal Pulsatilla
and the Rivularis + Vitifolia groups. The Multifida group links to the crown groups Coronaria,
Blanda and Nemorosa. Clade Ⅱ consists of the basal Dichotoma group, followed by Hepatica, and
finally by the N. Hemisphere Narcissiflora and the S. Hemisphere Antucensis groups as sisters. The
problems of the Anemoninae ancestry, phylogenetic differentiation, and recent attempts for systemat-
ic classification are critically discussed. In view of the still incomplete sampling of DNA data, aconservative and informal approach to classification problems is recommended. 相似文献
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本文测定了山羊草属Aegilops 3个组中异源多倍体物种的核rDNA ITS区序列,并用邻接法进行了聚类分析。结果表明,多倍体物种的ITS区序列长度为559∽606bp,其中ITS1、ITS2分别有变异位点51、42个,且存在多态位点。多倍体种均与各自的某一祖先种构成稳定分支,说明在杂交-多倍化后,这些多倍体的ITS区在同步进化的作用下已向着其某一祖先种的ITS区进化。对于sect．Vertebrata的异源多倍体物种来说,其ITS区主要向其祖先种Ae．umbellulata(UU)的ITS区进化,这与山羊草属的细胞遗传学研究结果基本一致。在sect．Cylindropyrum和sect．Polyeides中,Ae．cylindrica(CCDD)朝着Ae．caudata (CC)进化;Ae．ventricosa(DDMvMv)朝着Ae．comosa(MM)进化;Ae．vavilovii(DDMMSS)朝着Ae．crassa (DDMM)进化。 相似文献
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本文测定了广义榆科 Ulmaceae s．l．及其近缘类群的trn K基因5′端内含子区序列。在尝试利用该内含子区进行榆科系统发育研究的同时，探讨了其在植物系统学研究中的应用前景。利用PAUP软件进行的系统发育分析仅得到1棵最简约树。该简约树的树长为665步，其一致性指数(CI)和保持性指数(RI)分别为0.7714和0.7965。分析结果表明：广义榆科为多系群；狭义榆科Ulmaceae s．str．为荨麻目rticales其他类群的姊妹群；大麻科Cannabacea嵌在朴科Celtidacea中，即朴科为一并系群；系统位置有争议的2个属——白颜树属Gironniera和糙叶树属 Aphananthe与朴科类群聚为一支。本研究还表明trnK基因5′端内含子区序列分析在植物较低分类等级(如近缘属间，属下种间)的系统发育研究中具有很好的应用前景。 相似文献
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双参属Triplostegia Wall．ex DC．由分布于东南亚地区的2个种组成，为多年生草本植物。它的归属一直存在争议，有时置于川续断科Dipsacaceae或败酱科Valerianaceae，有时单立一科，即双参科Triplostegiaceae。本研究对广义川续断目Dipsacales s．l．的21种植物(分别来自于败酱科、川续断科、双参属、刺参属Morina、广义忍冬科Caprifoliaceae s. l．、五福花科 Adoxaceae)和外类群人参Panax schin-seng Nees．的叶绿体 DNA trnL-F区进行了测序，并建立系统发育树状图。结果显示，败酱科、川续断科、双参属、刺参属和广义忍冬科的4个属(双盾木属Dipelta、虫胃实属Kolkwitzia、六道木属Abelia和北极花属Linnaea)形成
了一个单系群并得到了很强的支持(100％ bootstrap)；双参属与川续断科有更近的关系，建议作为一个亚科置于川续断科；广义忍冬科为一多系类群；而刺参属与其他广义川续断目类群之间的关系尚不能确定。 相似文献
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测定了悬铃木科和金缕梅科5个亚科的6个代表种的rbcL基因序列,对低等金缕梅类植物及新
近提出的相关类群进行了分子系统发育分析,获得4个最简约树。简约树步长为893,其CI值和RI值
分别为0．558和0．591。连香树科和交让木科与金缕梅科及虎耳草科关系较近。尽管增加了金缕梅科
的取样密度,它们之间进一步的关系仍未得到分辨,结合它们的形态特征,连香树科和交让木科应置于
金缕梅目内。rbcL基因树上反映出传统的“低等”金缕梅类成员领春木科与毛茛类植物聚在一起;悬铃
木科与昆栏树科和水青树科关系较近,而与金缕梅科关系较远;杜仲科与低等金缕类的核心科——金缕
梅科的关系似乎较除连香树科之外的其它低等金缕类成员近。低等金缕类植物由一些古老、孤立的科组成,且是多系的。 相似文献