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1.
《西安文理学院学报》2021,(3)
通过网络药理学的方法探讨知母治疗老年痴呆症的作用机制,通过TCMSP数据库筛选知母的有效活性成分及作用靶点、Uniprot数据库查询作用靶点的基因名称、Drugbank数据库查询老年痴呆症的疾病靶点、Cytoscape3.6.1软件构建"药物-有效成分-靶点-疾病"网络图;通过String数据库构建药物-疾病靶点PPI网络;最后通过Metascape数据库进行基因本体GO和KEGG通路富集分析.从知母中筛选出有效活性成分15个,涉及相关靶点111个;筛选疾病靶点46个,二者共有靶点14个,包括CHRM1、CHRM2、CYP3A4、CHRM3、OPRD1等.GO分析得到分子功能包括G蛋白偶联胺受体活性、肾上腺素能受体活性等;细胞组成包括突触前膜的固有成分、突触后膜的组成部分等;生物过程包括腺苷酸环化酶激活肾上腺素能受体信号通路、肾上腺素能受体信号通路等;KEGG富集分析主要包括钙信号通路、cGMP-PKG信号通路、cAMP信号通路等.通过分析认为,知母治疗老年痴呆症可能是通过多成分、多靶点、多通路的方式来发挥作用. 相似文献
2.
郭杰 《西安文理学院学报》2023,(1):59-67
基于网络药理学探究陈皮治疗心血管疾病的作用机制.依托TCMSP数据库、DTPS靶点预测系统筛选陈皮活性成分及其潜在作用靶点,从GeneCards、DisGeNET、OpenTargets等数据库收集心血管疾病治疗靶点,将2类靶点进行交互处理得到陈皮治疗心血管疾病的靶点;借助Cytoscape 3.7.2软件构建活性成分-靶点网络;应用String平台构建靶蛋白互作网络;利用ClueGO插件富集靶基因GO生物学类型;运用DAVID (Version 6.8)平台分析靶基因KEGG通路,结合Omicshare数据库绘制KEGG通路气泡图.陈皮11个药效成分作用于PPARG、IL1B、ICAM1、VCAM1、PLG、APOB、F2、SOD1等32个心血管疾病治疗靶点;参与活性氧生物合成、脂质代谢正调控、血液凝固、平滑肌细胞增殖调控、活性氮代谢、氧化还原酶活性调控、血压调节等,涉及血脂代谢、心血管调节、血凝调控、炎症、内分泌相关的16条通路.陈皮通过抗炎、抗氧化、抗凝、保护心肌以及调节血脂等药理作用治疗心血管疾病. 相似文献
3.
目的:基于网络药理学与分子对接技术探索抗病毒口服液在治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的作用机制.方法:使用TCMSP数据库对抗病毒口服液的中药活性成分进行检索并根据条件筛选.使用OM IM和Gene Cards数据库对疾病靶点进行筛选,构建活性成分-靶点网络图.将筛选得到的靶点用String数据库得到蛋白互作网络图.运用GO和KEGG富集分析,得到靶点-信号通路网络图.结果:共筛选得到中药活性成分靶点226个,疾病靶点256个,关联靶点21个,富集于22个生物过程及80条信号通路.根据中药-化合物-靶点网络图分析,得到排名前5的活性成分分别为槲皮素、β-谷甾醇、山奈酚、木犀草素和汉黄芩素.分子对接结果显示抗病毒口服液的核心化合物与疾病靶点SARS-CoV-23CL水解酶和血管紧张素转化酶Ⅱ(ACE2)能较好的结合.结论:抗病毒口服液中的主要活性成分通过与SARS-CoV-23CL和ACE2结合,作用于IL-6、PPARG、VEGFA等靶点,影响免疫调节、抗病毒、抗炎等途径发挥对C O V ID-19的治疗作用. 相似文献
4.
目的:基于网络药理学方法探讨宽叶山蒿的活性成分干预乳腺癌的作用机制。方法:在SciFinder等文献数据库中检索出已报道的宽叶山蒿化合物相关结构信息,再利用PubChem、swissADME和PharmMapper数据库筛选符合要求的活性化合物及其所对应的靶点信息。利用OMIM、DrugBank和GeneCards疾病数据库进行乳腺癌相关靶点的搜索及筛选。使用Cytoscape 3.7.2软件对宽叶山蒿活性成分-靶点网络进行构建,再利用String 11.5在线平台构建蛋白相互作用(Protein-protein interaction, PPI)网络,通过Cytoscape 3.7.2软件上的MCODE插件对干预乳腺癌的关键靶点进行预测,接着将宽叶山蒿活性成分靶点和乳腺癌的靶点取交集,通过DAVID 6.8数据库对交集的靶点进行GO富集分析和KEGG通路富集分析,最后将宽叶山蒿活性成分与核心靶标用AutoDock-Tools-1.5.7进行分子对接。结果:在文献数据库中得到45个宽叶山蒿化合物结构,筛选得到11个活性成分,对应58个靶点,在疾病数据库中获得1198个疾病靶点,其中宽叶... 相似文献
5.
目的:基于TCMSP网络药理学及动物试验,探讨青蒿治疗弓形虫病的活性成分及其抗病机制。方法:通过TCMSP获取青蒿活性成分,Pub Chem数据库获取活性成分的SMILES文件,在Swiss Target Prediction数据库中预测活性成分的作用靶点;在Gene cards数据库中获取弓形虫感染靶点;使用Venn分析获取青蒿和弓形虫感染共表达靶点,使用String数据库进行共表达靶点互作分析,使用MCODE对靶点互作网络图进行富集并获得高相关性靶点;使用高相关性靶点构建成分-靶点网络图,并在David数据库中进行GO和KEGG功能富集,获得弓形虫病特异性靶点和网络图。选取30只ICR雌性小鼠,随机分成空白组、模型组和青蒿治疗组,每组10只。模型组和青蒿治疗组小鼠腹腔注射接种弓形虫RH株速殖子,空白组小鼠注射等量生理盐水,24 h后青蒿治疗组小鼠灌胃生药1.2 g/kg体质量剂量,空白组和模型组小鼠灌胃等量生理盐水,连续治疗7 d,计算小鼠的存活率并对肝脏特异性靶点进行qRT-PCR验证。结果:TCMSP数据库筛选到OB≥30且DL≥0.18的代表性的青蒿成分20个,Swiss T... 相似文献
6.
利用网络药理学和分子对接探究文旦柚皮精油的主要功效。首先,通过文献和数据库进行活性成分的收集与筛选、靶点的预测,构建成分-靶点数据集,导入Cytoscape 3.7.2软件构建网络,获取靶点信息;然后,筛选出主要靶点,利用Metascape系统进行富集和通路分析,利用Sybyl-x 2.0软件进行分子对接试验。最后,筛选得到文旦柚皮精油有效活性成分28个,共621个靶点,主要涉及化学致癌、雌激素信号、癌症和神经退行性等生物学过程中的多条信号通路。初步揭示了文旦柚皮精油的主要药理学机制和功效,为其进一步开发提供了理论参考。 相似文献
7.
目的:探究荆花胃康胶丸(Jinghua Weikang capsule,JWC)干预幽门螺杆菌(Helicobacter pylori,Hp)所致炎症反应的作用机制.方法:采用Schr?dinger(2018)平台的QikProp模块过滤不符合ADME参数的JWC成分,用R语言factoextra和Facto MineR包对剩余成分进行主成分分析.借助Pharm Mapper Server和SwissTarget Prediction平台预测阳性药的作用靶点,并与OMIM、Genecards和Dis-GeNET数据库获得的Hp感染靶点取交集,获得阳性药对Hp感染的治疗靶点.采用Schr?dinger软件探究潜在活性成分对Hp感染治疗靶点的作用效果,借助R语言的pheatmap包构建对接结果的聚类分析热图.利用Cytoscape软件构建"药效成分-疾病靶点"网络模型,借助CluoGO插件分析JWC治疗Hp感染的作用通路.将水团花主要成分与BabA进行分子对接,探究水团花对Hp粘附的抑制作用.结果:13个候选活性化合物主要来自于土荆芥,分别作用于核心靶点T A K1、T AB1、RELB、M A PK14、MAPK11、JNK1、IKKB和ERK1.靶点映射得到KEGG通路28条,其中NF-κB/MAPK信号通路的富集靶点数最多.对接结果显示,水团花可能通过竞争性抑制黏附素BabA发挥抗Hp疗效.结论:JWC可能通过调控黏附素-MAPK/NF-kB信号通路干预Hp感染所致炎症反应. 相似文献
8.
通过网络药理学方法筛选获得积雪草酸与IA1期宫颈癌的交集靶点,分析GO功能和信号通路,经拓扑学筛选核心靶点,进行分子对接验证。结果表明,积雪草酸与IA1期宫颈癌有60个交集靶点,涉及101项GO功能和30条KEGG信号通路,确定了4个核心靶点(IL1B、CXCL8、CCL2和TLR4),分子对接验证结果显示积雪草酸与核心靶点结合稳定。 相似文献
9.
目的:本研究通过加权基因共表达网络分析(Weighted gene co-expression network analysis,WGCNA)揭示心力衰竭(心衰)相关脑卒中的发病机制,为临床防治心衰相关脑卒中提供关键靶点。创新点:本研究基于网络的研究策略,首次揭示了心衰相关脑卒中的潜在分子相互作用机制以及可能参与的生物学过程,并筛选出其中的关键基因。方法:我们从基因表达综合数据库(Gene Expression Omnibus database,GEO)中分别获得心衰和脑卒中相关的芯片数据,并通过WGCNA鉴定各自的关键模块与关键基因。然后我们将二者的关键模块与关键基因取交集后,得到心衰相关脑卒中的关键基因,并利用Reactome和Cytoscape数据库对关键基因进行功能注释。最后在多个数据集中对心衰相关脑卒中的关键基因进行验证。结果:我们在心衰和脑卒中相关芯片数据中分别鉴定出两个关键模块,随后功能富集分析发现两种疾病的关键模块中的基因均参与了蛋白质泛素化,Wnt信号通路和外泌体三个生物学过程。取交集后,我们共得到155个共同基因,他们可能参与了心衰相关脑卒中的发病机制。其中,OTULIN和NFIL3被识别为心衰相关脑卒中的关键基因。功能注释分析显示,OTULIN参与了蛋白质泛素化和Wnt信号通路,NFIL3参与了转录和翻译过程。最后,在多个心衰和脑卒中的芯片数据中均证实OTULIN和NFIL3表达显著上调。结论:蛋白质泛素化,Wnt信号通路和外泌体等生物学过程在心衰相关脑卒中的发病机制中发挥了重要作用。OTULIN和NFIL3通过调节这些通路因而可作为心衰相关脑卒中潜在的干预靶点。 相似文献
10.
为了研究血管内皮生长因子VEGF-A对肾脏促红细胞生成素EPO的表达调控以及相关基因和通路的影响,我们利用VEGF可逆抑制小鼠模型,将小鼠模型分为VEGF-A正常组(dox+)和VEGF-A抑制组(dox-)(n=8)。取小鼠肾脏组织提取总RNA,qPCR检测VEGF-A以及部分相关基因的mRNA表达量,进行转录组测序,通过FPKM和log2(FC)一值筛选差异基因进行GO和KEGG通路富集分析。结果发现,dox-组较dox+组VEGF-AmRNA水平明显降低;两组小鼠转录组测序数据分析发现共有1 282个差异基因,其中上调基因803个,下调基因479个;通过对差异基因进行GO和KEGG富集分析发现,差异基因主要参与T细胞活化、脂肪细胞分化产热等,主要定位在细胞外基质以及质膜外侧等位置,且富集于PI3K-AKT信号通路。因此我们得出结论,抑制小鼠VEGF-A的表达可以促进EPO表达上调,从而影响PI3K-AKT信号通路相关基因水平表达。 相似文献
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The effects of deeper learning opportunities on student achievement: Examining differential pathways
Erin Ottmar 《Psychology in the schools》2019,56(5):840-855
This study investigates relations between cognitive, interpersonal, and intrapersonal opportunities, noncognitive outcomes, and student achievement in 1,096 students from 20 high schools (10 Deeper Learning [DL] network, 10 control) who participated in the Study of DL (SDL). DL is an umbrella term used to encompass the cognitive, interpersonal, and intrapersonal skills and knowledge that students need to be successful in school and the workforce. Structural equation modeling (SEM) was used to test a theoretical model that hypothesizes plausible pathways between DL opportunities to interpersonal, intrapersonal, and cognitive outcomes. Further, a multigroup structural equation modeling examined differences in these relations between DL and matched nonnetwork schools. Cognitive and intrapersonal opportunities were related to both interpersonal and intrapersonal outcomes. Further, cognitive opportunities were indirectly related to student achievement through interpersonal outcomes. Similar patterns of relations were found in DL and control schools. This study helps to build a stronger understanding of how types of DL opportunities and strategies can best develop the complex skills that students need to be successful in school and can also be used to inform future intervention designs and research studies. 相似文献
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目的:通过端粒酶的数量变化来探讨瑞香狼毒提取物对肺癌细胞NCI-H446[H446]的抗肿瘤作用。方法:体外培养肺癌细胞NCI-H446[H446]细胞株,以不同浓度的瑞香狼毒提取物作用24h后,用荧光标记的方法定量检测端粒酶。结果:瑞香狼毒提取物作用人肺癌细胞提取物NCI-H446[H446]后,端粒酶的数量明显减少并呈现与剂量的正相关性。结论:瑞香狼毒提取物对肺癌细胞NCI-H446[H446]具有明显的抗肿瘤作用。 相似文献
17.
Adverse Childhood Experiences (ACEs) have been associated with an increased risk of a variety of diseases, including cancer. However, research has not paid enough attention to the association between ACEs and cancer screening. As such, the present study examined the association between ACEs and ever using colorectal cancer (CRC) screening, among adults age 50 and over. Analyses used the 2011 Behavioral Risk Factor Surveillance System (n = 24,938) to model odds of ever engaging in CRC screening from nine different adversities. Bivariate and multivariate models were fit. In bivariate models, physical abuse, having parents that were divorced or separated, and living in a household where adults treated each other violently were associated with lower odds of engaging in CRC. In multivariate models that accounted for potential confounders, emotional and sexual abuse were each associated with higher odds of engaging in CRC. Results suggest potential pathways by which early childhood experiences can impact future health behaviors. Future research should examine this association longitudinally. 相似文献
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目的：采用计算药理学研究方法,研究血府逐瘀汤中红花、赤芍、川芎三味中药化合物活血作用靶点效应,阐释多靶点效应。方法：借助于分子对接和数据库搜索技术,探讨血府逐瘀汤活血类成分作用机制。结果：活血作用主要体现与4个活血类靶点Thrombin、TXA2R、PAI-1、factorIXa之间有较好的生物学效应,分别有88、18、59、3个分子与上述靶点有潜在生物学作用,其中羟基红黄色素A（saftlominA）对四个活血类靶点均有作用,并进行了方法学验证。结论：本试验从分子层次上阐释了该方中红花、赤芍、川芎活血作用机理,为该药的临床应用及深入研究提供参考。 相似文献
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目的：通过丹参七种水溶性有效成分多水平均匀设计配伍的血管内皮细胞保护作用筛选研究,评价中药有效成分的均匀设计-高通量筛选技术（uniform design-high throughput screening,UD-HTS）的应用.方法：选取原儿茶醛、原儿茶酸、咖啡酸、丹参素钠、迷迭香酸、丹酚酸A、丹酚酸B七种丹参水溶性单体有效成分七个水平（1×10-4～1×10-10 mol·L-1）进行均匀设计配伍组合,通过H2O2诱导的氧化应激损伤血管内皮细胞模型、血管内皮细胞营养剥夺模型评价各种有效成分配伍组合对药效的影响.结果：经过初筛和复筛,初步得到了2个最佳配伍组合样品（A2、B4）,其细胞存活率分别为（70±4）％,（76±3）％.不同的细胞损伤模型筛选出不同的最优配比.结论：均匀设计配伍与中药复方配伍有相似之处,均匀设计-高通量筛选技术是适用于传统多因素多水平组合特点的大规模药效筛选研究新方法. 相似文献
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对中国云南大理主栽品种红大和K326以及自选品种（系）DL01和DL02烤后烟叶的香味物质进行了分析比较，结果表明：香味物质品种差异性较大，其中总香味物质、类胡萝卜素及其降解物、有机酸、潜香物质的含量DL02居首位，当地栽培具有丰富的香气物质，优于亲本红大及其它品种；DL01在美拉德反应物、西柏烷类降解物及含量高的重要香味物质等方面优于其它品种，具有一定的推广价值． 相似文献