鸭源WF01D株新城疫病毒HN蛋白基因的测序与序列分析     

胡元庆  路振香  张训海  金光明 《安徽科技学院学报》2009,23(5):7-10

用鸭源WF01D株新城疫病毒接种对9-10日龄SPF鸡胚尿囊腔,成功增殖了该病毒,采用一步法RT-PCR技术扩增WF01D病毒的HN基因,获得了1条约1.8kb的特异性条带。PCR产物回收纯化后测序。测序结果表明,扩增片段大小为1844bp,含有1个1716bp的开放性阅读框,编码571个氨基酸。核苷酸同源性分析表明：WF01D与国内外其他NDV HN基因的同源性为81.2%-95.0%,其中与国内标准强毒株F48E9的同源性为84.3%,说明WF01D与国内外的传统毒株有较大变异。与Taiwan95株和NL/96株的同源性为93.8%和95.0%,说明WF01D与Taiwan95株和NL/96株亲缘关系较近,具有较高的相似性。  相似文献   

鸡新城疫病毒ND-xx08株F基因的克隆及分析     

王选年  贾文科  银梅  岳峰  田献礼 《平原大学学报》2010,(1)

新城疫病毒(NDV)ND-xx08毒株经10 d龄SPF鸡胚增殖后,提取其基因组RNA并反转录成cDNA,用NDV F基因特异性引物,经PCR扩增后获得与F基因预期大小一致的DNA片段。将NDV F基因片段克隆到pMD18-T载体上,并进行EcoR I和Hind III双酶切鉴定和测序鉴定。结果显示,ND-xx08毒株F基因片段的长度为1 662 bp,共编码554个氨基酸,F蛋白的裂解位点为112R-R-Q-K-R-F117,是典型强毒株氨基酸序列结构。将NDV ND-xx08株F基因的47 bp到420 bp序列与新城疫病毒基因型I至基因型Ⅸ毒株的相同序列绘制病毒基因进化树,显示ND-xx08分离株属于基因Ⅶe型。将NDV ND-xx08株F全基因与国内外发表的23株NDV F基因核苷酸序列和氨基酸序列的同源性比较分析,结果表明,其核苷酸序列的同源性在82.7%~97.8%之间,氨基酸同源性在87.5%~97.7%之间。  相似文献   

鹅副粘病毒的分离与鉴定   总被引：5，自引：0，他引：5  

张训海  秦福根等 《安徽技术师范学院学报》2001,15(4):33-35

采用鸡胚接种法从安徽凤阳某患病鹅群中分离到一株病毒。经HA与HI试验、血清中和接种鸡胚试验、病毒回归试验确认为鹅副粘病毒，并命名为WF00G株，参照新城疫病毒毒力的判定的标准及其方法，测定该分离株的鸡胚最小致死量平均死亡时间（MDT）、1日龄鸡脑接种致病指数（ICPI）和6周龄鸡静脉内接种致病指数（IVPI）分别为44.8h、1.81和2.32，结果表明该分离株具有与新城疫病毒（NDV）速发型相类似的毒力，属强毒力毒株。  相似文献   

鹅副粘病毒的分离与鉴定     

张训海  秦福根  王成苗  童助云  王小红  王旋 《安徽科技学院学报》2001,(4)

采用鸡胚接种法从安徽凤阳某患病鹅群中分离到一株病毒。经HA与HI试验、血清中和接种鸡胚试验、病毒回归试验确认为鹅副粘病毒 ,并命名为WF0 0 G株。参照新城疫病毒毒力判定的标准及其方法 ,测定该分离株的鸡胚最小致死量平均死亡时间 (MDT)、1日龄鸡脑接种致病指数 (ICPI)和 6周龄鸡静脉内接种致病指数 (IVPI)分别为 4 4 8h、1 81和 2 32 ,结果表明该分离株具有与新城疫病毒 (NDV)速发型相类似的毒力 ,属强毒力毒株。  相似文献   

犬冠状病毒TN449株纤突蛋白基因的克隆、序列分析     

吕彩云  王权 《黄山学院学报》2007,9(5):71-74

通过对犬冠状病毒TN449株纤突蛋白基因的克隆测序,将获得的序列与GeneBank中登陆的犬冠状病毒不同毒株S基因序列进行比较,分析它们的同源性、差异程度,同时绘制核苷酸序列及其氨基酸序列的系统进化树.有助于了解犬冠状病毒的抗原变异、血清型和毒力变化规律.  相似文献   

鸡γ-干扰素的克隆和序列分析     

谢昆  王传铭  林丽飞  王栋  李河 《蒙自师范高等专科学校学报》2007,5(2):10-13

根据GenBank发表的鸡γ-干扰素核苷酸序列,使用primer 5设计一对特异性引物,通过RT-PCR技术从ConA诱导培养的鸡脾脏淋巴细胞中克隆出鸡γ-干扰素基因并对其进行测序,测序结果表明,鸡γ-干扰素基因全长495bp,具有一个完整的开放阅读框,编码164个氨基酸,与国外发表的序列比较,两序列间同源性为100%.计算机软件对鸡γ-干扰素编码的氨基酸序列进行了抗原性分析,结果表明鸡γ-干扰素具有良好的免疫原性.  相似文献   

五华三黄鸡线粒体DNA控制区全序列分析     

黄勋和  林雅媚  李威娜  姚琼凤  钟福生 《嘉应学院学报》2014,(2):58-61

采用PCR和直接测序的方法测定五华三黄鸡两个类群--丰华和太和类群的线粒体DNA(mtDNA)控制区(D-loop)全序列,比较分析其序列特征并构建系统进化树.结果表明:五华三黄鸡2个类群线粒体DNA控制区全序列长度分别为1232 bp、1231 bp.与原鸡相比,五华三黄鸡的丰华类群和太和类群都发现14个变异位点,其中丰华类群的变异均是基因转换,而太和类群有13个转换和1个缺失,没有观测到颠换;A+T碱基含量分别占60.4%和60.3%,G+C碱基含量都约占39.6%.五华三黄鸡与其它19种禽类的D-loop基因序列同源性的分子进化树聚类结果表明五华三黄鸡类群与中国红原鸡亲缘关系最近.  相似文献   

猪源溶血性大肠杆菌fedA的克隆与表达     

王洪波 《农业教育研究》2004,(1):72

根据Imbereehts等报道的EHEC F18菌毛主要亚单位(fedA)基因序列设计一对引物，以重庆地区仔猪水肿病流行强毒株W96基因组DNA为模板，采用聚合酶链式反应(PCR)技术扩增到约500bp的核酸片段。用常规DNA重组技术将该片段克隆到表达载体pET28b( )的SalI-Hindm位点之间构建重组表达质粒pET28fedA，序列测定结果显示该克隆片段长447bp，同源性分析表明该基因片段与GenBank报道的fedA核苷酸序列有99．4％的同源性，W96株fedA基因三处核苷酸发生变异，其中两个为无义突变，另一个导致Q100R突变。将pET28fedA转入BL21(DE3)中进行诱导表达，经SDS—PAGE电泳检测上清存在约20KD的蛋白，6xHis affinity tag IMAC亲和层析显示该蛋白能被亲和纯化，说明是含有组氨酸标签的融合目的蛋白。  相似文献   

珙桐rbcL基因的克隆与序列分析   总被引：1，自引：0，他引：1  

季红春  胡进耀  姜立春  邹利娟  贺静  苏智先 《绵阳师范学院学报》2009,28(8):54-59

根据已知植物rbcL基因设计引物,以珙桐叶片总DNA为模板,PCR扩增目的DNA片段,克隆入pDM19-T载体.阳性克隆鉴定后进行测序,序列分析结果表明:该基因片断长为1266 bp,包括1031 bp的编码区序列,编码343个氨基酸;其编码区氨基酸与烟草、菠菜、玉米、甘薯、拟南芥、水稻、葡萄、地钱和葡萄柚等9个物种的同源性94.13%以上,并构建了它们间的亲缘关系树.该基因片断的预测晶体结构与菠菜的最相近,推测Lys86、Lys60、Lys179等残基对酶的活性影响较大.  相似文献   

基于线粒体DNA D-loop序列的麒麟鸡遗传多样性与品种起源研究     

《嘉应学院学报》2016,(8):73-77

基于线粒体DNA D-loop序列研究麒麟鸡的遗传多样性,并探讨其起源进化.通过PCR扩增产物直接测序法对40份麒麟鸡样品线粒体DNA D-Loop序列进行分析,碱基平均含量为,A:27.5%、T:30.0%、C:30.1%、G:12.4%,A+T含量为57.5%,G+C含量为42.5%.共检测到19个核苷酸变异位点,占核苷酸总数的3.6%,其中T、C间转换13个,A、G间转换6个.单倍型多样度、核苷酸多样度与群体内序列核苷酸差异均值分别为0.70、0.0067和3.51.结果显示麒麟鸡遗传多样性处于中等多态水平,无根邻接树提示其可能起源于泰国红原鸡和中国红原鸡.  相似文献   

Molecular cloning and nucleotides sequence analysis of G1 genome segment of hantaan virus Z10 strain     

Liang Wei-feng  Shen Yue-hong  Ma Yi-lin  Zhao Nian-feng  Chen Ya-gang  Zhu Zhi-yong  Xu Xiao 《浙江大学学报(A卷英文版)》2000,1(2):207-211

The molecular cloning of the G₁ genome segment of the Z₁₀ strain of Hantaan virus and analysis of the first gene data on the currently widely used Hantavirus vaccine strain in China are presented. The G₁ genome segment of Z₁₀ virus was amplified by the method of RT-PCR, and the products were cloned into the pGEM-T vector after identification and purification. The clone was sequenced by Sanger’s dideoxy chain termination method. The 1449 bases of the Z₁₀ G₁ genome segment, and the coding for 483 amino acids were determined. The base compositions for the G₁ segment RNA determined from cDNA sequence information, were 20.6% A, 21.6% G, 18.8% C and 30.0% U. These values are similar to those of the 76/118, Lee and SR virus. As compared to the Z₁₀ G₁ segment, the sequence homology at the nucleotide level is 87% (76/118, type I), 86% (Lee, type I), 86% (Hojo, type I), 67% (R22, type II), and 59% (K22, type III). The Z₁₀ virus G₁ protein amino acid sequence identity with other Hantaan viruses (94–95% homology) was higher than that with Seoul type viruses (77–80%). More amino acid sequence heterogeneity between the Z₁₀ and 76/118 was observed in the N terminal, especially the diverging cluster of ten amino acids at position 84 to 93 of the Z₁₀ virus G₁ protein. Conclusion: (1) The Z₁₀ strain is one of the Hantaan viruses. (2) The important region of the Z₁₀ G₁ segment was conservative. (3) Although substantial divergence of nucleotide sequences of the G₁ genome segment was found between the Z₁₀ strain and other type I Hantaviruses, relatively high amino acid sequence homology was shown among them. Thus, good immune protection could be obtained with the inactivated Meriones unguiculatus kidney cell vaccine against other strains of Hantaviruses.  相似文献   

马疯树硬酯酰-酰基载体蛋白脱饱和酶基因的克隆及特征     

罗通  马丹炜  徐莺  邓骛远  肖猛  卿人韦  陈放 《上海大学学报(英文版)》2007,11(2):182-188

Using degenerate primers and RT-PCR,RACE techniques,a 1491 bp cDNA segment of stearoyl-acyl carrier protein desaturase(SAD)is cloned from developing seeds of Jatropha curcas L.The segment contains a 1191 bp of complete open reading frame(ORF).Analysis in the BLAST on NCB! shows that Jatropha curcas SAD(JSAD)gene encodes a protein precursor composed of a signal peptide of 33 amino acids and a mature peptide of 363 amino acids.The homological analysis shows that JSAD has high level of homology both in nucleotide sequence and in amino acid sequence to other plants SADs.The nucleotide and peptide identity of JSAD to Ricinus communis SAD(RSAD)is up to 89% and 96.2% respectively.Molecular modeling of JSAD indicates that its three-dimensional structure strongly resembled the crystal structure of RSAD.  相似文献   

家蚕核型多角体病毒p35基因的核苷酸序列分析   总被引：1，自引：0，他引：1  

贡成良  魏育红 《常熟理工学院学报》2000,14(4):68-71

对家蚕核型多角体病毒苏州株（ＢｍＮＰＶｓｕ）ｐ３５基因的序列分析表明：ＢｍＮＰＶｓｕ ｐ３５编码序列为８９７ｍｔ,编码２９８ａａ。同源性分析表明：ＢｍＮＰＶｓｕ ｐ３５与ＢｍＮＰＶＴ３、ＡｃＮＰＶ 、ＳＩＮＰＶ在核苷酸水平上同源性分别为９９．５％、９５．１％、８９．３％,在氨基酸水平上的 性分别为９８．７％、８９．４％、７６．４％,显示了杆状病毒ｐ３５基因在进化上的保守性。ＢｍＮＰＶＴ３中位的Ｎ１  相似文献   

23种昆虫Cyt b基因序列同源性分析与分子进化研究     

李爱玲 《陕西教育学院学报》2009,25(4):68-71

本文利用生物信息学软件分析了23种昆虫线粒体Cytb基因序列的同源性,并构建分子进化树。序列同源性分析表明：蚕蛾科昆虫间的序列相似性较高,其次是螟蛾科,再次是大蚕蛾科;意大利蜜蜂与其它22种序列的相似性最低,东亚飞蝗与其它22种序列的相似性也较低。分子进化树分析表明：膜翅目的意大利蜜蜂与作为外群的斑节对虾聚为一支（A群）;直翅目的东亚飞蝗与鳞翅目昆虫聚为一支（B群）,双翅目昆虫聚为一支（C群）。  相似文献   

一种纳豆芽孢杆菌的分子鉴定及纳豆激酶基因克隆     

李建强  石洪凌  肖冬光 《唐山师范学院学报》2013,(2):37-40

以实验室保藏的一株具有溶解血栓能力的芽孢杆菌（LJQ—NK）为出发菌株,通过形态学分析和16SrRNA比对,对菌株进行鉴定,更进一步利用聚合酶链式反应（PCR）克隆纳豆激酶DNA片段⑤16SrRNA比对。结果表明LJQ-NK与已报道的纳豆激酶16SrRNA序列有99．9％以上的同源性,初步认定为一株纳豆芽孢杆菌。克隆获得1120bp的DNA片段,应用DNAMAN软件分析,与已报道的纳豆激酶编码基因（G129164926）存在两个碱基的差异,编码纳豆激酶开放阅读框区域序列完全相同。  相似文献