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1.
EST技术在植物基因克隆和基因表达谱研究中的应用 总被引：2，自引：0，他引：2
表达序列标签是cDNA的部分序列，是通过对cDNA库进行大规模上次性测序而获得．对于植物研究而言，该技术已成为一种高效、经济的克隆重要植物基因的工具．而且，通过分析来自特定组织的EST库可以定量地估计该组织中各类基因的表达丰度．这种组织基因表达谱可用于阐明植物的代谢调控网络或植物对生物、非生物胁迫反应的信号转导途径．章以几个典型的实例阐释如何利用EST技术来克隆重要的植物经济性状基因及以此技术进行表达谱研究． 相似文献
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通过3′RACE和5′RACE获得对虾Rab基因(命名为PjRab)的cDNA全长,其ORF为636bp,编码212个氨基酸.序列分析发现,PjRab具备Rab蛋白的基本特征,但在C-端与已知的Rab蛋白不同,可能是一种新的Rab蛋白,这是首次在海洋无脊椎动物体内克隆到该基因.对该基因进行了原核表达,并得到了有活性的表达产物. 相似文献
3.
以NCBI中的EST数据库为主要数据来源,以一系列生物信息学软件为工具,进行了超氧化物歧化酶（SOD）基因的电子克隆及生物信息学分析。结果表明：通过电子克隆方法获得了SOD基因的编码区全长序列,该预测的SOD蛋白质氨基酸序列与数据库中同类基因的蛋白质氨基酸序列具有极高的相似性,并且含有完整的保守结构域;电子克隆到的SOD基因编码的不是分泌蛋白,也不是膜蛋白,而是胞质蛋白。通过某个基因的一个EST序列采用电子克隆的手段进行基因全长的电子拼接是可行的。 相似文献
4.
增殖细胞核抗原(proliferating cell nuclear antigen,PCNA),也称周期蛋白或DNA聚合酶的辅助蛋白,是真核细胞合成所必需的核蛋白,在DNA复制中起重要作用。前期实验发现日本七鳃鳗肝脏cDNA文库的表达序列标签(Expressed Sequence Tag,EST)中存在与高等脊椎动物pcna基因同源的序列。提取日本七鳃鳗(Lampetra japonica)肝脏组织RNA,通过RT-PCR方法扩增七鳃鳗pcna基因,对其进行生物信息学分析,并将Lj-pcna基因成功构建到pGFP-N2真核表达载体上,重组质粒PGFP-N2-Lj-pcna转染人Hela细胞,荧光显微镜下观察有荧光蛋白的表达。日本七鳃鳗pcna基因的真核表达载体成功构建和转染,为探讨七鳃鳗pcna基因功能研究及其它七鳃鳗相关研究提供条件。 相似文献
5.
谷胱甘肽过氧化酶2(GPx2),是生物体内重要的一类抗氧化酶,能够通过酶解过氧化氢阻断活性氧(ROS)的有害作用。本研究从七鳃鳗的血液c DNA文库中克隆了GPx2 c DNA全长和基因组DNA序列。序列分析表明,其c DNA全长为868 bp(Gen Bank序列号KM211710),包括53bp 5′非编码区、251bp 3′非编码区和564 bp开放阅读框,编码由187个氨基酸组成的多肽。基因组DNA序列(Gen Bank序列号KM211711)揭示了基因组特征含有2个外显子和1个内含子结构。系统发育分析表明,七鳃鳗GPx2(Lj GPx2)与其它的GPx2具有很高的同源性。利用实时荧光定量PCR检测到GPx2基因在七鳃鳗各组织中广泛表达,其中在口腔腺、心脏、卵、生殖腺中表达量较高。此外,用脂多糖(LPS)体内刺激七鳃鳗后发现,Lj GPx2 m RNA在生殖腺中表达量显著升高。本研究为探讨GPx2在七鳃鳗的免疫应答中的作用提供了理论依据。 相似文献
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7.
随着人类基因组计划顺利实施，生命科学已大踏步地进入了基因组时代，随之而来的是大量生物分子数据的产生。生物分子数据的增长速度极快，DNA碱基数目呈指数方式增加，大约每14个月增加一倍，这一速度已超过了半导体芯片上的晶体管数量每18个月翻一番的“摩尔定律”。1999年12月国际核酸数据库GenBank中的DNA碱基数目只有30亿，它们来自47000种生物，2000年4月DNA碱基数目已达60亿，2001年初这一数目已达110亿，目前已超过1000亿，各种生物的EST序列已达1600多万条，其中人类的EST（表达序列标签）序列已超过300万条，估计覆盖人类基因90％以上；单基因的数目约达9万个以上。自全长1．8Mb的嗜血流感杆菌基因组序列于1995年发表以来，已有包括古细菌、真细菌和真核生物等在内的300多个模式生物的完整基因组被测序完成，还有很多生物的基因组也在测试当中。分子数据仍将继续快速增长。这些生物分子数据具有丰富的内涵，其背后隐藏着人类目前尚不知道的生物学知识。充分利用这些数据，通过数据分析、处理，揭示这些数据的内涵，从而得到对人类有用的信息，是生物学家、数学家和计算机科学家的研究目的。生物信息学就是为迎接这种挑战而发展起来的一门新型学科，它是由生物学、应用数学、计算机科学相互交叉所形成的学科，是当今生命科学和自然科学的重大前沿领域之一，也是21世纪自然科学的核心领域之一。[第一段] 相似文献
8.
以cDNA微阵列检测313个已知基因在萌发期水稻幼苗中的表达谱 总被引：1，自引：0，他引：1
使用含512个已知水稻基因3′表达序列标签的cDNA微阵列检测了萌发期水稻幼苗的基因表达谱，313个基因产生了可靠的杂交信号．其中，天冬氨酸氨基转移醇基因和4个具有核糖体功能的基因表达丰度非常高，表明萌发期幼苗中的氨基酸和蛋白质的合成代谢很活跃．β—l，3一葡聚糖酶基因是一种典型的病程相关基因，该基因的高水平表达，表明幼苗中存在着一种高度发育的抗病机制．实验也发现编码一种重要的抑制细胞凋亡的基因-Bax inhibitor-1，在幼苗中的表达丰度很高；该结果可解释为什么正常的幼苗中很少发生细胞程序性死亡现象．实验所测定的大量基因的表达丰度有助于从基因组转录水平理解萌发幼苗的生理特点． 相似文献
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以含翻译起始密码子ATG的质粒pSⅪⅤⅥ Ⅹ3/4为转移载体,将多角体蛋白及切除部分5′和3′端的乙型肝炎核心抗原(HBcAg)基因同时插入粉纹夜蛾核型多角体病毒(TnNPV)基因组中,构建了形成多角体的重组毒株。该毒株能利用合成—多角体ⅪⅤ串联启动子,表达由截短的HBcAg序列及其上下游多接头与杆状病毒DNA部分序列组成的融合蛋白基因。SDS-聚丙烯酰胺凝胶电泳、Wcstern印迹与免疫电镜观察的结果表明,融合蛋白基因表达产物的分子量约20.5KD,与理论计算值相符,并保留了HBcAg的抗原性,亦能形成典型的HBcAg颗粒。组建含多克隆点及截去两端序列的HBcAg基因转移载体质粒,使编码多肽抗原的寡聚核苷酸易于克隆,以HBcAg融合蛋白方式在杆状病毒载体系统中表达,并能形成HBcAg为蛋白载体的抗原颗粒结构。 相似文献
10.
孙亮先 《泉州师范学院学报》2004,22(2):94-99
对GenBank中9215条来源于水稻(Oryza sativa L.ssp．Indica)胚乳cDNA库的3’EST进行了分析，获得20个淀粉合成相关基因的表达丰度信息，研究发现淀粉合成的5个关键酶的编码基因，ADPG焦磷酸化酶基因、ADP—葡萄糖淀粉合成酶、淀粉分支酶、淀粉去分支酶、蜡质基因的表达丰度极高，表明该时期水稻胚乳内淀粉合成反应非常强烈，研究发现在淀粉合成途径中存在功能相关的基因协同表达的现象，章结合所获得的基因表达信息对淀粉合成的分子机理进行了探讨。 相似文献