多序列渐进比对算法及其改进算法的研究与比较   总被引：1，自引：0，他引：1  

谷俊峰  王希诚  赵金城 《大连大学学报》2005,26(2):48-53

多序列比对是一种重要的生物信息学工具,在生物的进化分析以及蛋白质的结构预测方面有着积极的意义.以ClustalW为代表的渐进式多序列比对算法在这个领域取得了很大的成功,成为应用最为广泛的多序列比对程序.但其固有的缺陷阻碍了比对精度的进一步提高,近年来出现了许多渐进式比对算法的改进算法,并取得良好的效果.本文选取了其中比较有代表性的几种算法对其基本比对思想予以描述,并且利用多序列比对程序平台BAliBASE和仿真程序ROSE对它们的精度和速度分别进行了比较和评价.  相似文献   

基于小波包变换的多序列比对方法     

谷俊峰  王希诚  赵金城 《大连大学学报》2005,26(4):39-45

多序列比对是一种重要的生物信息学工具,在生物的进化分析以及蛋白质的结构预测方面有着积极的意义.以CLUSTAL W为代表的渐进式比对方法在此这个领域取得了很大的成功,但其固有的缺陷阻碍了其比对精度的进一步提高.本文提出了一种基于小波包变换的多序列比对方法,这种方法利用小波包对数字信号良好的分析能力来寻找序列之间的相似片断,从而达到提高精度、降低计算量的作用.最后,本文利用多序列比对平台BA lisBASE和仿真程序ROSE,给出了此方法与其他比对算法的效率比较结果和讨论.  相似文献   

基于信息论遗传算法药物分子对接设计     

李纯莲  王希诚  赵金城 《大连大学学报》2004,25(2):75-79

本文建立了一种约束优化的演化模型,并构造出求解此模型的多种群空间收缩遗传算法,将信息熵概念引入进化过程,控制各种群寻优搜索时解空间的收缩 本算法用种群的多样性避免遗传进化的早熟现象,并以空间收缩尺度作为停机判据,有效地控制了算法的收敛 利用基于小种群的多种群进化策略,在保证种群多样性的前提下,极大程度地减少了计算量,提高了计算效率 数值算例表明,熵的介入增强了随机搜索类进化算法的寻优目的性,使收敛过程平稳且迅速 算例表明此算法能有效地应用于药物分子对接设计  相似文献