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虎(Panthera tigris)、豹(Panthera pardus)、雪豹(Panthera uncia)、云豹(Neofelis nebulosa)、猎豹(Acinonyx jubatus)和家猫(Felis catus)线粒体基因组全序列全长分别为16990、16964、16773、16844、17011和17009bp,包括13个蛋白编码基因、22个tRNA,2个rRNA、一个非编码的控制区(D-loop)以及一个轻链复制起点(OLR),碱基含量A+T大于C+G。在蛋白编码基因中,AT偏向性在密码子的第二位点更加明显,这与大多数哺乳动物第三位点AT偏向性较高明显不同。蛋白质基因在密码子的使用上,ATG为多数基因的起始密码子,TAA为多数基因的终止密码子。预测的tRNA二级结构显示,除tRNASer(AGY)基因缺失"DHU"臂外,其余的tRNA基因序列都可以折叠成典型的"三叶草结构"。控制区位于tRNAPro和tRNAPhe之间,控制区结构为高变Ⅰ区、中央保守Ⅱ区和保守序列Ⅲ区三个结构域。 相似文献
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河北省淡水鰕虎鱼类形态特征和分类地位的研究 总被引：1，自引：0，他引：1
对河北省淡水鰕虎鱼类的形态特征进行了研究,确定河北省淡水鰕虎鱼有3科4属7种,即鰕虎鱼科:吻鰕虎鱼属4种,子陵吻鰕虎鱼(Rhinogobius giurinus(Rutter))、波氏吻鰕虎鱼(R.cliffordpopei(Nichols))、福岛吻鰕虎鱼(R.fukushimai(Mori))和林氏吻鰕虎鱼(R.lindbergi Berg);沙塘鳢科:小黄黝属1种小黄黝鱼(Micropercops swinhonis(Günther)),沙塘鳢属1种河川沙塘鳢(Odontobutis potamophila(Günther));塘鳢科:塘鳢属1种尖头塘鳢(Eleotris oxycephala Temminck et Schlegel).其中吻鰕虎鱼属及小黄黝属为河北省常见淡水鱼类,本文对其形态特征进行了描述,并制定了河北省淡水鰕虎鱼类的分类检索表. 相似文献
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《东南大学学报》2021,(2)
为探索同义密码子对RNA G-四联体(rG4)形成的适应效应,利用G4Hunter算法搜寻5类真核生物mRNA蛋白编码区的rG4结构.通过对比天然序列和随机序列,评估rG4结构对同义密码子的选择偏好,分析影响rG4形成的因素,检验基因特定区域rG4结构的选择压力,以揭示rG4在基因调控中的潜在作用.结果表明,在5类真核生物中,rG4结构区内的同义密码子普遍受到促使rG4形成的选择压力.在rG4结构区内的蛋白编码序列倾向于使用富含鸟嘌呤的密码子组合,不倾向于选择富含胞嘧啶的密码子组合.密码子使用偏好、碱基成分以及进化速率等因素和rG4对同义密码子的选择压力具有相关性.基因翻译起始区的序列受到更强的促使rG4结构形成的选择压力. 相似文献
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对沙塘鳢的基本形态特征和血液生理的红细胞数、白细胞分类计数进行研究并分析细胞间的相互关系,为沙塘鳢血液生理提供较为系统的资料,同时也为沙塘鳢人工养殖提供一定的理论依据。选用20尾沙塘鳢,雌雄各10尾,测定了形态指标,采用尾静脉取血和心脏取血法制作40张装片,在每张装片上随机选取100个细胞计数。结果显示,体重集中在24.0~40.0 g之间,体长集中在7.0~11.0 cm之间;共发现5种血细胞,其中,红细胞占84.10±7.27个,淋巴细胞占2.00±1.41个,嗜酸性粒细胞占5.75±3.92个,嗜中性粒细胞占6.78±4.35个,嗜碱性粒细胞占2.67±2.26个;雌雄鱼体间除了体重与体长具有显著相关性外,血细胞间并无显著性;在不做区分时,除了嗜酸性粒细胞与嗜中性粒细胞不具相关性外,其余四种细胞都具有相关性。 相似文献
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通过PCR扩增并克隆测序,获得了鳡（Elopichthys bambusa）线粒体ND5基因序列,该基因全长为1836bp,编码611个氨基酸残基的蛋白质,其起始密码子为ATG,终止密码子为TAA.分析该基因碱基组成及密码子使用情况,发现A＋T含量高于G＋C,并且在密码子第三位点存在明显的反G偏倚.将鳡ND5基因序列与GenBank中其他10个物种的ND5基因序列进行比对,结果表明鳡与鲢鱼的亲缘关系最近,青鱼次之.用NJ法构建11个物种的系统进化树,结果表明雅罗鱼亚科、鲌亚科和鲢亚科之间的亲缘关系很近,而鲤亚科与它们之间的亲缘关系相对较远. 相似文献
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在对太湖水域鱼类寄生虫的调查研究中,分别从乌鳢Channa argus、沙塘鳢Odontobutis obcurus和大口黑鲈Micropterus salmoides检获到异齿车轮虫Trichodina heterodentata Duncan,1977三个种群;运用国际统一鉴定及描述方法对其进行研究,并首次采用SPSS统计软件对种群进行差异性检验.结果表明不同种群虽均具有异齿车轮虫典型的形态结构及稳定的统计学数据,但仍存在种内差异.本研究同时把太湖的种群与其它种群进行了对比分析,发现寄主不同不是造成异齿车轮虫齿体差异的原因,但对虫体的大小产生影响.沙塘鳢和大口黑鲈是异齿车轮虫的宿主新记录. 相似文献
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一、遗传密码子表的通用性此表的通用性表现在：除某些线粒体、叶绿体和原生生物外（如Barrell等在1979年发现人的线粒体中,通用的密码子AUA却是编码甲硫氨酸,而不是异亮氨酸,UGA不是作为终止密码子,而是编码色氨酸）,所有生物的遗传密码都是相同的．这也是基因工程得以实现的重要理论基础之一．解题时特别注意． 相似文献
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《常熟理工学院学报》2016,(4)
以人工受精的沙塘鳢受精卵为材料,研究洋葱、大蒜、生姜、辣椒等4种有刺激性和挥发性物质的农产品水溶性提取物对受精卵早期发育的影响.结果表明:(1)4种农产品提取物均对沙塘鳢胚胎发育无毒害作用;(2)15~20.5℃条件下沙塘鳢受精卵胚胎发育死亡高峰主要发生在器官形成前期,14 d后胚胎发育趋于稳定,18 d可见幼体出膜;(3)4种农产品提取物对水霉有一定的抑制作用,作用效果为大蒜生姜洋葱辣椒,且在每种农产品提取液的1%,3%,5%3个浓度中成活率与浓度呈正相关. 相似文献
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进化是生物最本质的特征,一直以来,密码子偏好分析是基因组进化研究领域的热点命题之一.文中以极端嗜盐古菌Haloarcula hispanica基因组为研究对象,基于不同密码子偏好描述参数对该基因组大、小染色体及质粒的蛋白质编码基因中密码子使用特点进行了系统研究.结果表明Haloarcula hispanica基因组各组分蛋白质编码基因倾向使用以G/C结尾的密码子,在偏好的26个密码子中只有两个密码子的使用在大、小染色体和质粒之间存在差异.进一步基于多种描述参数的对应分析发现大、小染色体中各参数的相关系数存在相似性,而与质粒则出现了较大的差异,这可能与三者之间的进化关系有关,因而该工作为今后原核生物大小染色体与质粒之间进化关系的研究提供了可靠依据. 相似文献
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基因重复是普遍存在的现象,与基因组进化密切相关,是基因组和遗传系统分化的重要推动力.目前针对原核基因组中蛋白质编码基因序列中的重复基因的系统研究还很少.本文以四种具有不同GC%含量的原核生物基因组为研究对象,用CodonW软件对各基因组中完全相同的功能基因的密码子使用偏好进行分析,用CD-hit软件对各基因组中以80%为阈值的重复蛋白编码基因进行分析.结果表明四个基因组的蛋白编码基因中普遍存在基因重复序列,其比例占到2.77%~7.03%.对序列完全相同的功能已知基因的分析表明其序列长度分布在50bp到1000bp左右的范围,多数长度在500bp以下;功能分析表明所研究基因组中大部分重复基因与转座酶有关,还有少量的编码转移酶、水解酶、跨膜蛋白、阻遏蛋白等.对各基因组中重复基因中序列完全相同的基因的密码子偏好性分析表明这些多拷贝基因坐落在基因组中某一特定区域并集中分布,展现出明显的共性特征.本文的尝试性工作将为今后原核基因组研究提供新思路. 相似文献
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1.信使RNA上密码子中的碱基一旦改变,其编码的氨基酸是否也随之改变? 答:除色氨酸和甲硫氨酸只有1个密码子外,其他18种氨基酸均有1个以上的密码子(例如UUU和UUC编码苯丙氨酸,UCU、UCC、UCA、UCG、AGU和AGC编码丝氨酸)其中有2～4个密码子的氨基酸密码子分布在同一方框内,即第一和第二个碱基相同,只有第三个碱基不同;有6个密码子的氨基酸(如亮氨酸、丝氨酸)密码子分别在不同方框内,它们的第一或第一和第二碱基不同.由于密码子的简并性,特别是第三位的C和U或G和A的简并性常常等同,所以在不同生物的DNA中的(A T)/(G C)比率会有很大的变异,而其氨基酸的相对比例却没有很大的变化,或者说信使RNA上的碱基只替换一个碱基(称为点突变),并不一定编码"错误"氨基酸.但是信使RNA上密码子中增加或减少一个碱基,就将引起后续密码子的改变,从而合成"错误"蛋白质. 相似文献
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越来越多证据表明RNA在生物系统中扮演着重要的角色,而这些发现支持了生命起源于RNA的假设。在人类基因组中,大部分的基因并不编码蛋白质,被称为非编码RNA基因。长非编码RNA(lncRNA)是其中最大的一类,其转录本长度大于200个核苷酸。虽然一些lncRNA已被证明是调控基因表达和3D基因组结构的重要元件,但是大部分lncRNA还未被研究和注释。本课题组利用大量基因组数据,提出一些基于数据挖掘和机器学习的方法,对人类lncRNA进行功能注释。我们与其他同领域课题组的近期研究结果表明,基因组数据挖掘可帮助加深对lnc RNA功能的理解,并为与疾病相关lncRNA的实验研究提供重要信息。 相似文献
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《赤峰学院学报(自然科学版)》2016,(14)
通过对黄粉虫(Tenebrio molitor)纤溶酶基因序列进行生物信息学分析,结果发现黄粉虫的纤溶酶基因共包含6个外显子和5个内含子.整个CDS区共翻译出258个氨基酸,这些氨基酸以丝氨酸的比例最高,其次为甘氨酸,最低的为谷氨酸.黄粉虫纤溶酶基因的编码存在明显的密码子使用偏好,其偏倚程度从天冬酰胺(N)的0%到谷氨酸(E)的100%.预测黄粉虫纤溶酶肽链的等电点p I在8.34左右,相对分子质量为26KD.黄粉虫纤溶酶多肽链是以亲水区和疏水区相互交错出现构成的.另外,黄粉虫纤溶酶蛋白质的二级结构多为β折叠,其次为无规卷曲,螺旋结构所占比重较轻. 相似文献
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基因组是一个高度结构化的蛋白质—RNA基因机器,非编码区以基因演化和基因表达的组织者或调控分子的身份参与几乎所有的细胞活动。本文介绍了基因组中非编码区在基因演化以及基因表达调控中的作用。 相似文献
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目的:研究与丙型肝炎病毒(HCV)基因RNA序列同源的人染色体外环状DNA(eccDNA)序列.创新点:首次从HCV阴性者eccDNA中检测到HCV 5’-非编码区(5’-NCR)基因组RNA序列,验证了我们的假设: HCV同源DNA序列存在于人的外周血单核细胞的eccDNA组分中.方法:用分离的eccDNA进行HCV特异的聚合酶链反应(PCR),采用核苷酸序列同源性搜索分析软件(BLASTn)对测序结果进行比对分析,并检测其甲基化模式.结论:实验结果证实了我们的假设:即部分HCV 5’-NCR基因组RNA序列存在于外周血单核细胞的eccDNA组分.同时,甲基化分析结果显示了个体间的甲基化模式所代表的受遗传调控的表观遗传特征. 相似文献
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原核细胞的基因结构由编码区和非编码区组成,编码区能够转录为相应的信使RNA,进而指导蛋白质的合成;非编码区虽然不能编码蛋白质,但有调控遗传信息表达的核苷酸序列. 相似文献
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5’LongSAGE标签得自于全长mRNA分子的5’末端的前19 nt.该研究利用定位在西方蜜蜂基因组中的一个预测基因座LOC724521的2条5’LongSAGE标签序列作为5’引物,通过RT-PCR克隆了该预测基因座的2条长335 bp和337 bp的cDNA序列（GenBank登录号：GU358205,GU358204）.此cDNA编码一条长88个氨基酸残基的多肽.用所克隆的cDNA序列对基因座LOC724521进行功能注释发现,该基因含有3个外显子和2个＂GT-AG＂型内含子.5’LongSAGE标签序列的基因组定位结果显示：基因座LOC724521在雄蜂的头部中表达丰度很高,RNA PolⅡ可从5个转录起始位点（TSS）上以不同效率起始转录,该基因的59%和31%的转录是从2个优势TSS上起始.有趣的是,有一条5’LongSAGE标签序列被定位在内含子区,暗示该基因存在外显子的可变性选择现象.该研究结果不仅在转录水平上证实了软件预测的基因座LOC724521确实存在,同时揭示了该基因存在可变性转录起始位点和可变性外显子选择等转录调控机制. 相似文献