共查询到20条相似文献，搜索用时 31 毫秒
1.
目的:基于网络药理学与分子对接技术探索抗病毒口服液在治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的作用机制.方法:使用TCMSP数据库对抗病毒口服液的中药活性成分进行检索并根据条件筛选.使用OM IM和Gene Cards数据库对疾病靶点进行筛选,构建活性成分-靶点网络图.将筛选得到的靶点用String数据库得到蛋白互作网络图.运用GO和KEGG富集分析,得到靶点-信号通路网络图.结果:共筛选得到中药活性成分靶点226个,疾病靶点256个,关联靶点21个,富集于22个生物过程及80条信号通路.根据中药-化合物-靶点网络图分析,得到排名前5的活性成分分别为槲皮素、β-谷甾醇、山奈酚、木犀草素和汉黄芩素.分子对接结果显示抗病毒口服液的核心化合物与疾病靶点SARS-CoV-23CL水解酶和血管紧张素转化酶Ⅱ(ACE2)能较好的结合.结论:抗病毒口服液中的主要活性成分通过与SARS-CoV-23CL和ACE2结合,作用于IL-6、PPARG、VEGFA等靶点,影响免疫调节、抗病毒、抗炎等途径发挥对C O V ID-19的治疗作用. 相似文献
2.
目的:基于网络药理学方法探讨威灵仙抗结直肠癌可能的分子机制。方法:通过TCMSP数据库挖掘获取威灵仙活性成分,限定口服利用度(OB)和类药性(DL)数值对威灵仙活性成分进行筛选。利用TCMSP搜索威灵仙相关靶基因,GeneCards数据库收集与结直肠癌相关的基因,采用Cytoscape Version 3.7.1软件,构建威灵仙活性成分-抗结直肠癌靶点网络。使用String数据库构建蛋白质相互作用网络。使用Bioconductor数据库对威灵仙抗结直肠癌作用靶点进行基因本体(GO)富集分析与KEGG通路分析,以探究威灵仙抗结直肠癌的作用机制。结果:收集到57种化合物,经筛选和分析获得威灵仙活性成分7个,涉及抗结直肠癌作用靶点30个,关键靶点包括CASP3、JUN、ADRA1B、MAOA等。GO功能富集分析得到GO条目55个,KEGG通路富集筛选得到61条信号通路,包括凋亡通路、p53信号通路、结直肠癌信号通路等。结论:威灵仙治疗结直肠癌具有多通路、多靶点作用的特点,其具体的调控机制及关键的靶标尚待通过进一步的实验研究加以探索及验证。 相似文献
3.
目的:基于网络药理学方法探讨宽叶山蒿的活性成分干预乳腺癌的作用机制。方法:在SciFinder等文献数据库中检索出已报道的宽叶山蒿化合物相关结构信息,再利用PubChem、swissADME和PharmMapper数据库筛选符合要求的活性化合物及其所对应的靶点信息。利用OMIM、DrugBank和GeneCards疾病数据库进行乳腺癌相关靶点的搜索及筛选。使用Cytoscape 3.7.2软件对宽叶山蒿活性成分-靶点网络进行构建,再利用String 11.5在线平台构建蛋白相互作用(Protein-protein interaction, PPI)网络,通过Cytoscape 3.7.2软件上的MCODE插件对干预乳腺癌的关键靶点进行预测,接着将宽叶山蒿活性成分靶点和乳腺癌的靶点取交集,通过DAVID 6.8数据库对交集的靶点进行GO富集分析和KEGG通路富集分析,最后将宽叶山蒿活性成分与核心靶标用AutoDock-Tools-1.5.7进行分子对接。结果:在文献数据库中得到45个宽叶山蒿化合物结构,筛选得到11个活性成分,对应58个靶点,在疾病数据库中获得1198个疾病靶点,其中宽叶... 相似文献
4.
利用网络药理学和分子对接探究文旦柚皮精油的主要功效。首先,通过文献和数据库进行活性成分的收集与筛选、靶点的预测,构建成分-靶点数据集,导入Cytoscape 3.7.2软件构建网络,获取靶点信息;然后,筛选出主要靶点,利用Metascape系统进行富集和通路分析,利用Sybyl-x 2.0软件进行分子对接试验。最后,筛选得到文旦柚皮精油有效活性成分28个,共621个靶点,主要涉及化学致癌、雌激素信号、癌症和神经退行性等生物学过程中的多条信号通路。初步揭示了文旦柚皮精油的主要药理学机制和功效,为其进一步开发提供了理论参考。 相似文献
5.
目的:探究荆花胃康胶丸(Jinghua Weikang capsule,JWC)干预幽门螺杆菌(Helicobacter pylori,Hp)所致炎症反应的作用机制.方法:采用Schr?dinger(2018)平台的QikProp模块过滤不符合ADME参数的JWC成分,用R语言factoextra和Facto MineR包对剩余成分进行主成分分析.借助Pharm Mapper Server和SwissTarget Prediction平台预测阳性药的作用靶点,并与OMIM、Genecards和Dis-GeNET数据库获得的Hp感染靶点取交集,获得阳性药对Hp感染的治疗靶点.采用Schr?dinger软件探究潜在活性成分对Hp感染治疗靶点的作用效果,借助R语言的pheatmap包构建对接结果的聚类分析热图.利用Cytoscape软件构建"药效成分-疾病靶点"网络模型,借助CluoGO插件分析JWC治疗Hp感染的作用通路.将水团花主要成分与BabA进行分子对接,探究水团花对Hp粘附的抑制作用.结果:13个候选活性化合物主要来自于土荆芥,分别作用于核心靶点T A K1、T AB1、RELB、M A PK14、MAPK11、JNK1、IKKB和ERK1.靶点映射得到KEGG通路28条,其中NF-κB/MAPK信号通路的富集靶点数最多.对接结果显示,水团花可能通过竞争性抑制黏附素BabA发挥抗Hp疗效.结论:JWC可能通过调控黏附素-MAPK/NF-kB信号通路干预Hp感染所致炎症反应. 相似文献
6.
目的:本研究通过加权基因共表达网络分析(Weighted gene co-expression network analysis,WGCNA)揭示心力衰竭(心衰)相关脑卒中的发病机制,为临床防治心衰相关脑卒中提供关键靶点。创新点:本研究基于网络的研究策略,首次揭示了心衰相关脑卒中的潜在分子相互作用机制以及可能参与的生物学过程,并筛选出其中的关键基因。方法:我们从基因表达综合数据库(Gene Expression Omnibus database,GEO)中分别获得心衰和脑卒中相关的芯片数据,并通过WGCNA鉴定各自的关键模块与关键基因。然后我们将二者的关键模块与关键基因取交集后,得到心衰相关脑卒中的关键基因,并利用Reactome和Cytoscape数据库对关键基因进行功能注释。最后在多个数据集中对心衰相关脑卒中的关键基因进行验证。结果:我们在心衰和脑卒中相关芯片数据中分别鉴定出两个关键模块,随后功能富集分析发现两种疾病的关键模块中的基因均参与了蛋白质泛素化,Wnt信号通路和外泌体三个生物学过程。取交集后,我们共得到155个共同基因,他们可能参与了心衰相关脑卒中的发病机制。其中,OTULIN和NFIL3被识别为心衰相关脑卒中的关键基因。功能注释分析显示,OTULIN参与了蛋白质泛素化和Wnt信号通路,NFIL3参与了转录和翻译过程。最后,在多个心衰和脑卒中的芯片数据中均证实OTULIN和NFIL3表达显著上调。结论:蛋白质泛素化,Wnt信号通路和外泌体等生物学过程在心衰相关脑卒中的发病机制中发挥了重要作用。OTULIN和NFIL3通过调节这些通路因而可作为心衰相关脑卒中潜在的干预靶点。 相似文献
7.
基于网络药理学探讨来自于民间偏方的黄连配伍山药治疗Ⅱ型糖尿病(T2DM)的物质基础及作用机制。通过构建“中药-成分-核心靶点-信号通路”、蛋白-蛋白相互作用等多种生物网络,证明黄连配伍山药治疗T2DM的核心成分有山药的荜茇宁(piperlonguminine)、(-)-白玉兰亭B(Denudatin B)、Kadsurenone, hancinol、薯蓣皂素(diosgenin)、CLR,和黄连的黄柏酮(Obacunone)、小檗浸碱(Berlambine)、槲皮素(quercetin)、黄连碱(coptisine)及反式阿魏酰酪胺(Moupinamide)等;核心靶点有TNF、AKT1、SRC、MAPK3、EGFR。这些核心成分可通过核心靶点调节经典炎症信号通路TNF信号通路、MAPK信号通路和PI3K-AKT信号通路,协同调控葡萄糖代谢,治疗Ⅱ型糖尿病及其并发症。同时,研究结果在证实黄连配伍山药治疗T2DM的作用基础上,挖掘出它们协同治疗的多成分、多靶点和多通路的多种分子机制,为进一步揭示黄连配伍山药治疗Ⅱ型糖尿病时所蕴含的配伍规律、作用机制及活性成分,为进一步开发治疗糖尿病的中药... 相似文献
8.
目的：采用计算药理学研究方法,研究血府逐瘀汤中红花、赤芍、川芎三味中药化合物活血作用靶点效应,阐释多靶点效应。方法：借助于分子对接和数据库搜索技术,探讨血府逐瘀汤活血类成分作用机制。结果：活血作用主要体现与4个活血类靶点Thrombin、TXA2R、PAI-1、factorIXa之间有较好的生物学效应,分别有88、18、59、3个分子与上述靶点有潜在生物学作用,其中羟基红黄色素A（saftlominA）对四个活血类靶点均有作用,并进行了方法学验证。结论：本试验从分子层次上阐释了该方中红花、赤芍、川芎活血作用机理,为该药的临床应用及深入研究提供参考。 相似文献
9.
肝癌是常见肿瘤之一,传统的治疗如手术、化疗、介入治疗在肝癌复发或转移中的治疗作用有限。随着肝癌研究中新的分子信号通路的发现,以这些通路为靶点的抗肿瘤治疗为肝癌治疗提供了新的前景。文章对肝癌的分子信号通路及当前的靶向治疗药物作一综述。 相似文献
10.
郭杰 《西安文理学院学报》2023,(1):59-67
基于网络药理学探究陈皮治疗心血管疾病的作用机制.依托TCMSP数据库、DTPS靶点预测系统筛选陈皮活性成分及其潜在作用靶点,从GeneCards、DisGeNET、OpenTargets等数据库收集心血管疾病治疗靶点,将2类靶点进行交互处理得到陈皮治疗心血管疾病的靶点;借助Cytoscape 3.7.2软件构建活性成分-靶点网络;应用String平台构建靶蛋白互作网络;利用ClueGO插件富集靶基因GO生物学类型;运用DAVID (Version 6.8)平台分析靶基因KEGG通路,结合Omicshare数据库绘制KEGG通路气泡图.陈皮11个药效成分作用于PPARG、IL1B、ICAM1、VCAM1、PLG、APOB、F2、SOD1等32个心血管疾病治疗靶点;参与活性氧生物合成、脂质代谢正调控、血液凝固、平滑肌细胞增殖调控、活性氮代谢、氧化还原酶活性调控、血压调节等,涉及血脂代谢、心血管调节、血凝调控、炎症、内分泌相关的16条通路.陈皮通过抗炎、抗氧化、抗凝、保护心肌以及调节血脂等药理作用治疗心血管疾病. 相似文献
11.
积雪草酸（asiaticacid,AA）,是积雪草提取物中的五环三萜烯类组分之一,具有多方面的药理作用,本文以积雪草酸为先导化合物,对积雪草酸C-2位,C-3位和C-28位进行结构修饰获得了积雪草酸衍生物3β,23-二羟基熊果-12-烯-28-醇,借助于IR、1HNMR和13CNMR对相关化合物的结构进行了表征,最后与积雪草酸（AA）、oxacillin（苯唑西林）和norfloxacin（诺氟沙星）三种物质进行了抗菌活性的对比。结果显示：积雪草酸的抑茵活性较好,而目标产物的抑菌活性不明显。 相似文献
12.
13.
《南阳师范学院学报》2015,(12):29-35
20世纪70年代,计算机辅助药物设计(Computer-Aided Drug Design,CADD)正式发展为一门新兴技术.分子对接技术(Molecular Docking)作为计算机辅助药物设计的一种主要方法,目前已被广泛应用于新药研发的多个环节.本文不仅介绍了分子对接的基本原理、分子对接常用方法和常用软件,还着重介绍了分子对接在新药研发中的具体应用,包括药物发现阶段的早期虚拟筛选、药物作用靶点发现、药物潜在作用机制研究以及药物代谢位点的预测.此外,还对分子对接技术在新药研发领域的应用前景进行展望. 相似文献
14.
为了研究血管内皮生长因子VEGF-A对肾脏促红细胞生成素EPO的表达调控以及相关基因和通路的影响,我们利用VEGF可逆抑制小鼠模型,将小鼠模型分为VEGF-A正常组(dox+)和VEGF-A抑制组(dox-)(n=8)。取小鼠肾脏组织提取总RNA,qPCR检测VEGF-A以及部分相关基因的mRNA表达量,进行转录组测序,通过FPKM和log2(FC)一值筛选差异基因进行GO和KEGG通路富集分析。结果发现,dox-组较dox+组VEGF-AmRNA水平明显降低;两组小鼠转录组测序数据分析发现共有1 282个差异基因,其中上调基因803个,下调基因479个;通过对差异基因进行GO和KEGG富集分析发现,差异基因主要参与T细胞活化、脂肪细胞分化产热等,主要定位在细胞外基质以及质膜外侧等位置,且富集于PI3K-AKT信号通路。因此我们得出结论,抑制小鼠VEGF-A的表达可以促进EPO表达上调,从而影响PI3K-AKT信号通路相关基因水平表达。 相似文献
15.
为探讨乳腺癌患者大概率患有不孕症的情况,本研究应用生物信息学方法来研究乳腺癌标志物对卵丘细胞基因表达的影响。从NCBI的GEO数据库下载有关乳腺癌标志物的基因芯片数据库和卵丘细胞基因表达的基因芯片数据库。利用在线GEO2R筛选出2个数据库的差异基因,在EXCEL表格中进行筛选,对2个结果作韦恩图获得2个数据库差异基因的交集,利用DAVID6.8数据库对差异基因进行GO功能分析和KEGG通路分析,运用String-db数据库构建蛋白之间的相互作用图（PPI）,导入Cytoscape3.6.1软件获取关键靶基因。本文通过生物信息学方法从不同角度揭示有关乳腺癌标志物对卵丘细胞差异基因表达的影响,为人类乳腺癌患者生育能力的提高带来新思路。 相似文献
16.
排斥导向分子（repulsive guidance molecule,RGM）家族包含RGMa、RGMb和RGMc三个成员.RGMb在神经、生殖、免疫系统及肾脏、肺、肌肉等重要器官均有表达,并可通过多种途径调节胚胎发育、免疫系统活性、细胞间黏附、肿瘤发生、损伤修复等重要生理过程.RGMb主要参与RGMb-neogenin-Rho信号通路和BMP信号通路,最近发现的PD-L2-RGMb结合作用提示以RGMb为中心的细胞信号网络与功能调节极为复杂.该文将以RGMb为重点,对与其相关的信号通路、生理功能调节及研究进展加以介绍. 相似文献
17.
目的:基于TCMSP网络药理学及动物试验,探讨青蒿治疗弓形虫病的活性成分及其抗病机制。方法:通过TCMSP获取青蒿活性成分,Pub Chem数据库获取活性成分的SMILES文件,在Swiss Target Prediction数据库中预测活性成分的作用靶点;在Gene cards数据库中获取弓形虫感染靶点;使用Venn分析获取青蒿和弓形虫感染共表达靶点,使用String数据库进行共表达靶点互作分析,使用MCODE对靶点互作网络图进行富集并获得高相关性靶点;使用高相关性靶点构建成分-靶点网络图,并在David数据库中进行GO和KEGG功能富集,获得弓形虫病特异性靶点和网络图。选取30只ICR雌性小鼠,随机分成空白组、模型组和青蒿治疗组,每组10只。模型组和青蒿治疗组小鼠腹腔注射接种弓形虫RH株速殖子,空白组小鼠注射等量生理盐水,24 h后青蒿治疗组小鼠灌胃生药1.2 g/kg体质量剂量,空白组和模型组小鼠灌胃等量生理盐水,连续治疗7 d,计算小鼠的存活率并对肝脏特异性靶点进行qRT-PCR验证。结果:TCMSP数据库筛选到OB≥30且DL≥0.18的代表性的青蒿成分20个,Swiss T... 相似文献
18.
目的:B细胞淋巴瘤-2(Bcl-2)基因除了广为人知的抗凋亡功能之外,还具有调控细胞周期的非凋亡功能,但是机制却不清楚。作者前期研究发现Bcl-2可以通过阻滞G0/G1期进入S期的进程调控细胞周期,可能与低水平的三磷酸腺苷(ATP)和活性氧自由基(ROS)有关。因此,本研究旨在探究其潜在调控机制。创新点:基于Bcl-2通过ATP和ROS调控细胞周期的前期发现,本研究首次利用蛋白组学方法系统研究了Bcl-2调控细胞周期的潜在机制。方法:联合利用蛋白质印迹(western blotting)和蛋白质组学方法研究血清饥饿同步化处理的Bcl-2过表达和对照组细胞株,并结合蛋白组学中差异蛋白的基因本体(Gene Ontology,GO)和Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes(KEGG)分析,进一步明确Bcl-2调控细胞周期的潜在机制。结论:蛋白组学结果显示,在1.5倍差异下共有169个蛋白发生了上调,120个蛋白发生了下调。通过GO和KEGG分析,这些差异蛋白富集到多个通路,主要集中在呼吸链和核糖体相关信号通路。这些结果表明Bcl-2可能在翻译水平影响核糖体和氧化磷酸化进而调控细胞周期。本研究为进一步靶向Bcl-2调控细胞周期抗癌药物研究了提供重要的理论基础。 相似文献
19.
目的:研究和探讨反复瞬时高眼压对视网膜的损伤作用及其潜在的分子机制。创新点:模拟临床上青光眼患者夜间难以检测到的眼压峰值波动对视网膜的影响,首次证明反复的瞬时高眼压对视网膜具有直接损伤效应,其损伤机制与内质网应激通路激活有关。方法:通过眼前房生理盐水灌注,建立小鼠反复瞬时高眼压模型(50 mm Hg,1 min×7次),连续灌注处理1、3和7天后,采用视网膜铺片(Whole-mount retina)评估视网膜神经节细胞(RGC)损伤情况;用TUNEL法检测视网膜全层细胞凋亡;用转录组测序(RNA-seq)筛选参与视网膜损伤的分子通路;用实时荧光定量聚合酶链式反应(q RT-PCR)和蛋白免疫印迹(Western blot)进一步检测内质网应激通路相关分子的表达。结论:反复瞬时高眼压可以损伤视网膜全层,并呈时间依赖性的由外核层细胞(ONL)死亡进展至视网膜神经节细胞层(GCL)死亡。内质网应激相关信号通路中肌醇酶1(IRE1)信号通路激活参与了视网膜的损伤过程。 相似文献
20.
本文从细胞凋亡的基本分子机制、凋亡信号的跨膜传导和细胞内凋亡信号传导三个方面综述了细胞凋亡的细胞外和细胞内的信号传导通路。 相似文献