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灰斑古毒蛾核型多角体病毒几丁质酶基因及其分子进化 总被引：5，自引：0，他引：5
通过对构建的灰斑古毒蛾Orgyia ericae单粒包埋型核型多角体病毒(OrerSNPV)基因组DNA的EcoRI酶切片段质粒文库的测序分析,在EcoRI—J片段(6．4kb)中鉴定出了编码几丁质酶(ChiA)基因开放阅读框(ORF),chiA基因编码区由1695bp组成,编码564个氨基酸,预计蛋白质分子量为62kD。这也是首次在基因序列水平上研究OrerSNPV。将OrerSNPV ChiA氨基酸序列与其它已知的18种杆状病毒ChiA氨基酸序列联配比较,结果表明OrerSNPV与其它杆状病毒ChiA氨基酸有60．3—69．5％同源性,其中与BmNPV、CfDEFNPV和LdMNPV的同源性最高。根据氨基酸序列绘制的分子进化树表明杆状病毒chiA基因至少可以分为SlMNPV、GV和其它NPV三个分支,OrerSNPV与LdMNPV在进化树上关系最为接近。 相似文献
2.
节肢动物几丁质酶及其在蜕皮中的生理作用 总被引：1，自引：0，他引：1
几丁质酶(EC 3.2.1.14)催化几丁质水解为几丁质单糖:N-乙酰-β-D-氨基葡萄糖,随着研究的不断深入,显示出越来越突出的生物学功能.本文介绍了节肢动物中甲壳动物和昆虫几丁质酶的产酶种类、酶学特性、酶结构、分子生物学及其几丁质酶在节肢动物蜕皮中生理作用的研究现状. 相似文献
3.
王丽珊 《闽西职业技术学院学报》2019,(1):101-106
运用生物信息学方法对拟南芥和水稻各25个Cel基因的系统进化、基因结构、蛋白质结构等进行分析。结果表明,50个Cel属于糖苷水解酶家族9,分为3个亚家族(GH9A、GH9B、GH9C),GH9C是进化的祖先;Cel基因编码的蛋白质均有保守的GH9催化结构域,GH9A有跨膜结构域和胞质结构域,GH9B有信号肽,GH9C有跨膜结构域、纤维素结合结构域和信号肽;GH9A和GH9C在基因结构和保守基序显示较高的保守性,GH9B具有多样性;Cel基因编码的蛋白质为两性稳定蛋白,二级结构主要是无规则卷曲和α-螺旋,亚细胞定位于细胞膜或细胞壁,大部分是分泌蛋白,有1个跨膜螺旋。 相似文献
4.
李艳花 《雁北师范学院学报》2011,27(3)
应用RT-PCR的方法从拟南芥cDNA中克隆了AFH14的全序列,并对其功能结构域进行分析。发现所克隆的目的基因编码区全长3 102 bp,与基因组序列比对发现该基因包含18个内含子和18个外显子,编码1 033个氨基酸残基。通过与其它formin成员的序列比对分析,发现AFH14是一个典型的拟南芥II型formin,包括PTEN结构域。 相似文献
5.
根据GenBank发布的几丁质酶基因序列设计PCR引物,从叶片cDNA中克隆到了番茄几丁质酶基因,并命名为LeCHI,基因在NCBI中的登陆号为FJ849060。测序结果表明,LeCHI编码区全长为762 bp,编码253个氨基酸。RT-PCR检测表明,LeCHI基因在根、茎、叶和花蕾中均有表达。序列比对结果表明,LeCHI编码的氨基酸序列与同科的马铃薯、辣椒有较高的同源性。 相似文献
6.
利用反转录聚合酶链式反应的方法，以单引物R2为引物，从水稻伴生菌中克隆到了一cDNA片段，长1029bp，其中开放阅读框部分共编码220个aa。NcBI核苷酸序列同源性比对结果表明：开放阅读框部分与大肠杆菌、志贺菌和沙门氏菌有较高的同源性，但在3’非翻译区几乎没有同源性；多肽序列的同源性比对结果显示，R2在N-端比目前已知的四氢叶酸脱氢酶/环化酶多肽序列少50个aa，C-端少18个aa。通过http://www.fruitfly.org网站下的启动子预测软件未发现转录起始位点，在3’端也无AATAAA加尾信号，因此我们克隆的cDNA不是完整的基因序列。通过功能结构域预测和三维结构分析表明：R2存在多个功能结构域，即FolD、KOG4230、THF_DHG_CYH_C、KOG0089和THF_DHG_CYH，其中KOG0089和THF_DHG_CYH_C为R2蛋白所包含的完整的功能结构域，晶体模型显示其分子表面凹凸不平，分子内存在间隙，总能为-5243．076kJ／mol，存在两个GROMOS程序修复点即Gly^53Gly^187，有7个类似于Aal^83和Leu^86的锚定连接形成两个环状结构。 相似文献
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目的:对猪胰岛素样生长因子结合蛋白(IGFBP3)基因的结构与功能进行生物信息学分析.方法:用分子生物学软件分析猪IGFBP 3基因序列和IGFBP3蛋白的理化性质、二级结构、结构域、信号肽、跨膜结构、磷酸化和糖基化位点,以及不同动物IGFBP3氨基酸序列的同源性和遗传进化.结果:猪IGFBP3基因编码区长882个碱基对(bp),编码293个氨基酸.猪IGFBP3蛋白分子式为C1359 H2182 N418 O411 S24,相对分子质量为31722.27,理论等电点为8.97,不稳定系数为48.17,脂肪系数为61.06,平均亲水系数为-0.592.IGFBP3蛋白存在1个长27个氨基酸残基的信号肽,但无跨膜结构,二级结构以无规卷曲(65.87％)和α螺旋(20.82％)为主,含1个胰岛素生长因子结合蛋白同源物(IB)结构域和1个甲状腺球蛋白Ⅰ型重复(T Y)结构域,有26个磷酸化位点(包括17个丝氨酸位点、5个苏氨酸位点和4个酪氨酸位点)和3个N-糖基化位点.序列同源性方面猪IGFBP3蛋白与水牛、黄牛、山羊、绵羊、猫、狗、小鼠、大鼠、鸡和鸭的氨基酸序列同源性分别为91.2％、90.8％、87.8％、87.8％、87.2％、86.9％、82.3％、81.2％、73.9％ 和73.3％.系统进化树构建显示,猪IGFBP3蛋白与水牛、黄牛、绵羊和山羊的亲缘关系最近.结论:预测结果为进一步研究猪IG FB P3基因及其编码蛋白的结构和生物学功能提供基础. 相似文献
8.
超长链脂肪酸延伸酶（Elongation of very long chain fatty acids protein;ELO)是决定长足大竹象(Cyrtotrachelus buqueti)脂肪酸生物合成的关键酶。利用生物信息学方法对长足大竹象ELO基因家族的基因结构特征及其编码蛋白序列进行详细的分析以期探究长足大竹象ELO基因家族调控其脂肪酸生物合成的分子机制。结果表明,从长足大竹象基因组序列中共鉴定出15个ELO基因家族成员,分别位于四条染色体上。其等电点9.22～9.68、呈碱性。该家族蛋白具有稳定性、疏水性、具有跨膜现象、且有多个磷酸化位点、二级结构以α-螺旋为主。Cbu ELO蛋白家族共鉴定出10个保守基序。通过构建Cbu ELO蛋白家族进化树分析,长足大竹象与赤拟谷盗的ELO蛋白家族亲缘关系最近。该研究结果为深入探索长足大竹象ELO基因的功能提供了参考依据。 相似文献
9.
虎(Panthera tigris)、豹(Panthera pardus)、雪豹(Panthera uncia)、云豹(Neofelis nebulosa)、猎豹(Acinonyx jubatus)和家猫(Felis catus)线粒体基因组全序列全长分别为16990、16964、16773、16844、17011和17009bp,包括13个蛋白编码基因、22个tRNA,2个rRNA、一个非编码的控制区(D-loop)以及一个轻链复制起点(OLR),碱基含量A+T大于C+G。在蛋白编码基因中,AT偏向性在密码子的第二位点更加明显,这与大多数哺乳动物第三位点AT偏向性较高明显不同。蛋白质基因在密码子的使用上,ATG为多数基因的起始密码子,TAA为多数基因的终止密码子。预测的tRNA二级结构显示,除tRNASer(AGY)基因缺失"DHU"臂外,其余的tRNA基因序列都可以折叠成典型的"三叶草结构"。控制区位于tRNAPro和tRNAPhe之间,控制区结构为高变Ⅰ区、中央保守Ⅱ区和保守序列Ⅲ区三个结构域。 相似文献