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利用氨基酸理化性质中的等电点和疏水性,我们提出了一种新的蛋白质序列二维图形表示方法来刻画蛋白质序列.这种新的蛋白质序列图形表示方法可以有效地避免了图形曲线中可能出现的简并现象和图形任意性,而且蛋白质序列和它所对应的图形曲线是一一对应的. 相似文献
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基于氨基酸的五字母模型,提出蛋白质序列的一种二维图形表示方法,然后证明这种图是非退化的.最后用该方法给出了8个物种的β球蛋白序列的图形表示. 相似文献
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裴丽鹊 《赤峰学院学报(自然科学版)》2008,(7)
时间序列模式有利于提高时间序列数据挖掘的效率和准确率.本文在时间序列分段线性表示法的基础上,提出了一种FKD时间序列模式表示.该模式具有简单直观、拟合误差小等特点.通过实验验证,FKD时间序列模式表示是有效的,有利于时间序列的异常挖掘. 相似文献
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时间序列的相似性度量是时间序列数据挖掘研究中的一个重要问题,是进行序列查询、分类、预测的一项基础工作,寻求一种好的度量对提高挖掘任务的效率和准确性有着至关重要的意义.文章提出了基于关键点分段的KT分段线性模式表示和基于时间序列模式表示的KT动态模式匹配距离,采用1NN分类方法,设计了子序列查询实验,对欧氏距离、动态弯曲距离和基于KT模式的动态匹配距离进行了准确率和误报率的分析比较,结果显示该度量方法具有更高的准确性. 相似文献
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怎样由遍历序列确定二叉树 总被引：4，自引：0，他引：4
在文 [1 ]至文 [4]中都介绍了遍历一棵二叉树的三种方法 :先序遍历、中序遍历和后序遍历 .每棵二叉树的先序遍历序列、中序遍历序列和后序遍历序列都是唯一的 .但是不同的二叉树的先序遍历序列或中序遍历序列或后序遍历序列有可能是相同的 .就如我们已知一个关系要求能求出它的关系矩阵 ,已知一个关系的关系矩阵也能求出关系矩阵所表示的关系一样 ,要求我们不但能从二叉树求它的遍序序列 ,而且能从二叉树的遍历序列求出它们所表示的二叉树 .在文 [1 ]中只指出 :给定结点的先序序列和中序序列可唯一确定一棵二叉树 .但文 [1 ]没有给出证明 .本文指出了由后序遍历序列和中序遍历序列也可唯一确定一棵二叉树 ,并给出了相应的证明 相似文献
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药物靶标亲和力预测是一种筛选药物的新型方法，可以直观地根据蛋白质序列特点筛选候选药物，该方法不仅可以为临床提供指导，而且可以有效节省资源和时间。现代研究利用不同的编码方式对蛋白质或药物序列进行编码，进而提出不同深度学习模型。然而，在生物学上，蛋白质和药物的结合是通过序列中的模体和药物的子序列结合来实现的。为了更精确地模拟这一过程，论文提出了一种可以统一子序列的编码模型——Bert-DTA,旨在提取蛋白质和药物的二级结构特征，使特征更具有生物可解释性，并以此为基础挖掘蛋白质与药物之间的相互作用机理。Bert-DTA以双向Transformer作为骨架，并对蛋白质和药物使用联合编码，挖掘DTA在二级结构层面的相互作用信息。经实验验证，Bert-DTA在药物靶标亲和力预测方面有不错的效果。 相似文献
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多序列渐进比对算法及其改进算法的研究与比较 总被引：1，自引：0，他引：1
多序列比对是一种重要的生物信息学工具,在生物的进化分析以及蛋白质的结构预测方面有着积极的意义.以ClustalW为代表的渐进式多序列比对算法在这个领域取得了很大的成功,成为应用最为广泛的多序列比对程序.但其固有的缺陷阻碍了比对精度的进一步提高,近年来出现了许多渐进式比对算法的改进算法,并取得良好的效果.本文选取了其中比较有代表性的几种算法对其基本比对思想予以描述,并且利用多序列比对程序平台BAliBASE和仿真程序ROSE对它们的精度和速度分别进行了比较和评价. 相似文献
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盘青梅 《佳木斯教育学院学报》2011,(5):117-118
本文基于小波变换,提出了一种提取时间序列特征的方法,用小波变换的低频逼近信号表示原时间序列。与傅里叶变换降维比较,该方法更能体现原时间序列的细部特征。 相似文献
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运用图论中的一系列思想对生物序列、蛋白质结构和基因芯片数据进行综合分析,将多物种的序列进行聚类,为生物基因的功能研究提供了新的思路.其算法首先根据生物序列的相似度、蛋白质结构的相似度和基因芯片数据的相似度建立一级图,然后根据一级图建立二级图,进而通过二级图的分析来挖掘基因的聚类关系.算法聚类的结果可以对各种基因的功能进行预测,可广泛应用于后基因组计划的基因和蛋白质研究. 相似文献
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引入随机序列滑动似然比作为整值随机变量序列相对于服从负二项分布的独立随机变量序列的偏差的一种随机性度量,通过滑动相对熵限定了样本空间的一个子集．在此子集上得到了一类关于任意整值随机变量序列的用不等式表示的定理．即强偏差定理． 相似文献
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阐明HMM的基本理论与概念,进而总结介绍HMM应用的基本问题与算法;重点介绍并分析了可用于表示序列家族的几种HMM结构特点,并说明了利用已知家族Profile HMM构造多序列比对的方法;阐述了常用于基因发现的GHMM和目前常用于发现基因结构的HMM结构特点;最后介绍一种结合多种基因发现工具的HMM主要思想. 相似文献
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2004年高考理科综合能力测试中有这样一道生物学试题: 自然界中,一种生物某一基因及其三种突变基因决定的蛋白质的部分氨基酸序列如下: 相似文献
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固有无序蛋白质是一种新的蛋白质类型,具有显著的序列结构特征,尤其在与DNA相互作用中发挥着重要功能.分别统计分析了固有无序蛋白质有序区和无序区与DNA形成的复合物中,位于结合位点处脱氧核苷酸的结合偏好性以及与氨基酸组成结合对的偏好性.结果发现,参与这种相互作用的脱氧核苷酸类型具有显著差异,其中鸟嘌呤脱氧核苷酸和胸腺嘧啶脱氧核苷酸较受欢迎,而腺嘌呤脱氧核苷酸和胞嘧啶脱氧核苷酸不受欢迎.我们还发现四种脱氧核苷酸都偏好与精氨酸和赖氨酸组成结合对,而很少与天冬氨酸和谷氨酸结合.因此,本文将为今后DNA与其它分子相互作用研究提供可靠的数据和方法支持. 相似文献
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时间序列的异常检测的应用越来越广泛,本文是讨论在基于分段线性的FKD时间序列模式表示基础上时间序列的异常检测。文中提出了一种基于滑动窗口的时间序列模式偏离和窗口异常度的概念,并在此基础上提出了基于滑动窗口的时间序列模式异常的检测算法。通过实验证明了该算法是合理的、有效的。 相似文献