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1.
杨平 《南京晓庄学院学报》2011,(6):80-84
运用CodonW程序对拟南芥NHX基因密码子组成、同义密码子使用频率和全长编码区密码子使用各项参数的计算和统计分析．结果表明：密码子适应指数（CAI值）与最优密码子使用频率（FOP）、密码子偏爱指数（CBI）均呈显著正相关（P〈0．05）;有效密码子数（ENC）与同义密码子第3位碱基含量（T3s）呈极显著负相关（P〈0．05）．拟南芥NHX基因RSCU值〉1的密码子多以A或T结尾． 相似文献
2.
肌动蛋白（actin）在维持细胞结构、细胞运动和细胞分裂等过程中发挥着重要的作用.为了克隆鳡（Elopichthys bambusa）β-肌动蛋白（β-actin）全长cDNA,采用反转录PCR（RT-PCR）和cDNA末端快速扩增（rapid amplification of cDNA ends,RACE）技术,从鳡肌肉获得全长为1775bp的β-actin cDNA序列,其中包含1128bp的开放性阅读框,编码375个氨基酸,5′-非翻译（UTR）区为98个核苷酸,3′-UTR区为549个核苷酸.核苷酸与氨基酸的同源性分析发现,鳡β-actin与鲤形目类硬骨鱼的同源性均在98%以上,其中与团头鲂（Megalobrama amblycephala）的同源性最高,分别为98.94%和99.73%,而与其他脊椎类动物如哺乳类、鸟类、两栖类的同源性也分别在85%和97%以上,说明该基因在生物的分子进化过程中具有很高的保守性.采用核苷酸系统发育分析结果显示鳡β-actin与鲤形目类硬骨鱼聚类在一起,且与团头鲂的亲缘关系最近.RT-PCR分析结果显示,β-actin基因在鳡的肝脏、肾、肠、脑、心脏、鳃和肌肉等7个组织均有表达. 相似文献
3.
茶树β-1,3-葡聚糖酶基因cDNA片段的克隆与序列分析 总被引：2，自引：0，他引：2
文章首次从茶树中克隆出-β1,3-葡聚糖酶基因cDNA1369bp连续序列。根据已发表的植物中β-1,3-葡聚糖酶基因的保守序列,设计一对简并引物,采用RT-PCR技术,从茶树中扩增出366bp的cDNA片段。根据此片段序列设计特异引物,利用3'RACE获得-β1,3-葡聚糖酶cDNA 3'端1252bp的cDNA片段。序列分析表明:该基因cDNA 3'端核苷酸序列及其推测的氨基酸序列与其他植物的-β1,3-葡聚糖酶基因家族的cDNA相应序列同源性为50%-90%,经序列拼接,本研究从茶树中克隆出-β1,3-葡聚糖酶基因cDNA3'端1369bp的连续序列,GenBank登录号为AF399920。 相似文献
4.
王丽珊 《闽西职业技术学院学报》2019,(1):101-106
运用生物信息学方法对拟南芥和水稻各25个Cel基因的系统进化、基因结构、蛋白质结构等进行分析。结果表明,50个Cel属于糖苷水解酶家族9,分为3个亚家族(GH9A、GH9B、GH9C),GH9C是进化的祖先;Cel基因编码的蛋白质均有保守的GH9催化结构域,GH9A有跨膜结构域和胞质结构域,GH9B有信号肽,GH9C有跨膜结构域、纤维素结合结构域和信号肽;GH9A和GH9C在基因结构和保守基序显示较高的保守性,GH9B具有多样性;Cel基因编码的蛋白质为两性稳定蛋白,二级结构主要是无规则卷曲和α-螺旋,亚细胞定位于细胞膜或细胞壁,大部分是分泌蛋白,有1个跨膜螺旋。 相似文献
5.
《常熟理工学院学报》2016,(4)
为揭示沙塘鳢(Odontobutis)线粒体基因组特征,采用PCR扩增和测序的方法获得沙塘鳢(Odontobutis)线粒体基因组全序列.通过生物信息学软件(t RNAscan-SE、RNAfold)定位沙塘鳢线粒体基因组基因结构及预测t RNA和r RNA的二级结构.沙塘鳢线粒体基因组全长16 930 bp,结构组成和其他硬骨鱼基本一致,包括13个蛋白质编码基因,22个t RNA,2个r RNA和1个D-loop区.13个蛋白质编码基因中,除了CO1是以GTG作为起始密码子,ND6以TTA作为起始密码子以外,其余都以ATG起始.沙塘鳢线粒体基因的终止密码子有3种类型,分别为完全密码子TAA、不完全密码子TA和T.除了t RNASer(AGN)和t RNACys外,其余20个t RNA基因的二级结构都是典型的三叶草结构.识别了沙塘鳢终止序列区、中央保守区D、E、F和保守序列区CSB-1、CSB-2和CSB-3.比较沙塘鳢cytb基因序列与其他物种同源性发现,沙塘鳢与平头沙塘鳢的同源性最高(87.03%),河川沙塘鳢次之(83.57%),与人的同源性最低(70.64%).该研究结果可为深入探讨沙塘鳢属及塘鳢科鱼类的系统分类提供依据,更真实地反映了沙塘鳢的分类地位和进化关系. 相似文献
6.
杉木CAD片段为信息探针,利用序列拼接方法获得了738bp的cDNA序列.利用MEGA4.0软件对不同进化层次的代表植物相应CAD基因进行比对,构建系统进化树.利用生物信息学方法分析了杉木CAD基因的结构与功能,其中包括核苷酸序列的组成、ORF识别、CpG岛、限制性酶切位点分析、卷曲螺旋、亲水性、糖基位点及二级结构.结果表明:杉木与铁杉的CAD基因具有99.00%的同源性;该序列在88～737bp片段上有一个开放性阅读框,该序列编码的是一个碱性蛋白,亲水性较强,疏水性较弱,信号肽序列为第1位～第11位,二级结构以α-螺旋(27.50%)与不规则盘绕(41.50%)为主,延伸链(22.50%)也是该蛋白的重要结构元件,β转角区域仅为8.50%. 相似文献
7.
根据物种间同源基因相对保守的特点,利用生物信息学的方法,以大豆液泡膜H+-ATPase A亚基基因cDNA序列为信息探针,通过电子克隆得到了蒺藜苜蓿液泡膜H+-ATPase A亚基cDNA,命名为MtVHA-A。该cD-NA长2750bp,其中含5’非翻译区220bp,开放阅读框1875bp,3’非翻译区655bp,其推断的编码产物由624个氨基酸组成,理论分子量为69kDa,与蜜柑、番茄、拟南芥、棉花等植物中液泡膜H+-ATPase A亚基氨基酸序列同源性高达90%以上,且有很高的功能区段保守性。 相似文献
8.
通过PCR扩增并克隆测序,获得了鳡（Elopichthys bambusa）线粒体ND5基因序列,该基因全长为1836bp,编码611个氨基酸残基的蛋白质,其起始密码子为ATG,终止密码子为TAA.分析该基因碱基组成及密码子使用情况,发现A＋T含量高于G＋C,并且在密码子第三位点存在明显的反G偏倚.将鳡ND5基因序列与GenBank中其他10个物种的ND5基因序列进行比对,结果表明鳡与鲢鱼的亲缘关系最近,青鱼次之.用NJ法构建11个物种的系统进化树,结果表明雅罗鱼亚科、鲌亚科和鲢亚科之间的亲缘关系很近,而鲤亚科与它们之间的亲缘关系相对较远. 相似文献
9.
根据物种间同源基因相对保守的特点,利用生物信息学的方法,以大豆液泡膜H^＋-ATPaseA亚基基因cDNA序列为信息探针,通过电子克隆得到了蒺藜苜蓿液泡膜H^＋-ATPaseA亚基cDNA,命名为MtVHA-A。该cDNA长2750bp,其中含5’非翻译区220bp,开放阅读框1875bp,3’非翻译区655bp,其推断的编码产物由624个氨基酸组成,理论分子量为69kDa,与蜜柑、番茄、拟南芥、棉花等植物中液泡膜H^＋-ATPaseA亚基氨基酸序列同源性高达90％以上,且有很高的功能区段保守性。 相似文献
10.
进化是生物最本质的特征,一直以来,密码子偏好分析是基因组进化研究领域的热点命题之一.文中以极端嗜盐古菌Haloarcula hispanica基因组为研究对象,基于不同密码子偏好描述参数对该基因组大、小染色体及质粒的蛋白质编码基因中密码子使用特点进行了系统研究.结果表明Haloarcula hispanica基因组各组分蛋白质编码基因倾向使用以G/C结尾的密码子,在偏好的26个密码子中只有两个密码子的使用在大、小染色体和质粒之间存在差异.进一步基于多种描述参数的对应分析发现大、小染色体中各参数的相关系数存在相似性,而与质粒则出现了较大的差异,这可能与三者之间的进化关系有关,因而该工作为今后原核生物大小染色体与质粒之间进化关系的研究提供了可靠依据. 相似文献
11.
珙桐rbcL基因的克隆与序列分析 总被引：1，自引：0，他引：1
根据已知植物rbcL基因设计引物,以珙桐叶片总DNA为模板,PCR扩增目的DNA片段,克隆入pDM19-T载体.阳性克隆鉴定后进行测序,序列分析结果表明:该基因片断长为1266 bp,包括1031 bp的编码区序列,编码343个氨基酸;其编码区氨基酸与烟草、菠菜、玉米、甘薯、拟南芥、水稻、葡萄、地钱和葡萄柚等9个物种的同源性94.13%以上,并构建了它们间的亲缘关系树.该基因片断的预测晶体结构与菠菜的最相近,推测Lys86、Lys60、Lys179等残基对酶的活性影响较大. 相似文献
12.
根据已克隆的野桑蚕酚氧化酶原基因的cDNA序列,利用生物信息学工具对该基因编码蛋白质的部分性质进行了分析.结果表明:野桑蚕酚氧化酶原基因PPO1和PPO2编码蛋白质的分子量和等电点分别为78.703 kDa,80.075 kDa和6.28,5.62;氨基酸序列的C-末端均没有疏水跨膜区域,其基因编码蛋白质的三级结构分别具有12个α螺旋、16个β折叠和14个α螺旋、18个β折叠.对18个物种的基因进化进一步分析表明:野桑蚕与家蚕的亲缘关系最近,与其他物种的亲缘关系相对较远. 相似文献
13.
通过GC—MS研究了牡荆油中β-丁香烯的色谱组分,据此建立了牡荆油中β-丁香烯的GC含量测定方法．对不同厂家生产的牡荆油进行GC分析,发现β-丁香烯均能稳定出现且含量最高,因此β-丁香烯被确定为牡荆油含量测定的指标成分． 相似文献
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倪志华 《唐山师范学院学报》2012,34(5):54-57
采用高频密码子分析法,对人参属药用植物人参(PanaxginsengC.A.Mey.)和三七[Panax Notoginseng Burk.)F.H.Chen]的蛋白质编码基因序列(coding DNA sequence,CDS)进行了同义密码子相对使用频率(relative frequency of synonymous coden,RFSC)分析,确定了人参高频密码子6个和三七高频密码子7个.将人参和田七的密码子使用频率进行比较,结果显示两者的密码子偏爱性具有较高的一致性.分析结果为外源基因在人参和三七中的表达提供参考. 相似文献
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2000～2001年对河南省8个有代表性的小麦品种的戊聚糖进行了测定.不同品种戊聚糖的平均含量变化范围为6%～9%.不同品种和不同生态条件下小麦籽粒戊聚糖含量均有很大差异.5个试点小麦籽粒戊聚糖的平均含量与千粒重、降落值均成负相关关系(r=-0.83、r=-0.31),而与蛋白质的含量却呈正相关关系(r=0.35).所以说,戊聚糖含量很大程度上依赖于环境和生态因素. 相似文献
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比较分析了甲烷八叠球古菌(Methanosarcina mazei str.Goe1)和其他2种系统发育相关的广古细菌(嗜苦古菌(Picrophilus torridus str.DSM 9790)和盐碱古菌(Natronomonas pharaonis str.DSM 2160))的同义密码子使用偏好性.结果表明甲烷八叠球古菌的密码子使用偏好性很小,并且与GC3S值有很高的相关性.这3种广古细菌的密码子使用模式在进化上很保守.通过分层聚类分析,得出较之基因功能对密码子使用的影响,这些广古菌密码子的使用更是由其物种所决定的.考虑到这3个物种生活在pH值差异很大的环境中,推测其生活环境在很大程度上决定了这些微生物密码子的使用方式. 相似文献
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基因重复是普遍存在的现象,与基因组进化密切相关,是基因组和遗传系统分化的重要推动力.目前针对原核基因组中蛋白质编码基因序列中的重复基因的系统研究还很少.本文以四种具有不同GC%含量的原核生物基因组为研究对象,用CodonW软件对各基因组中完全相同的功能基因的密码子使用偏好进行分析,用CD-hit软件对各基因组中以80%为阈值的重复蛋白编码基因进行分析.结果表明四个基因组的蛋白编码基因中普遍存在基因重复序列,其比例占到2.77%~7.03%.对序列完全相同的功能已知基因的分析表明其序列长度分布在50bp到1000bp左右的范围,多数长度在500bp以下;功能分析表明所研究基因组中大部分重复基因与转座酶有关,还有少量的编码转移酶、水解酶、跨膜蛋白、阻遏蛋白等.对各基因组中重复基因中序列完全相同的基因的密码子偏好性分析表明这些多拷贝基因坐落在基因组中某一特定区域并集中分布,展现出明显的共性特征.本文的尝试性工作将为今后原核基因组研究提供新思路. 相似文献
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β-淀粉酶广泛存在于植物和微生物中,植物β-淀粉酶性能优于微生物β-淀粉酶,其在酶制剂行业应用广泛.主要介绍植物β-淀粉酶对底物的作用机理、来源及在植物中的分布、在食品加工领域及发酵行业中的应用及从植物中分离纯化方法的研究新进展,并对今后该领域的研究进行展望.对植物β-淀粉酶的研究进展进行综述将对β-淀粉酶行业有重要的实践及理论意义. 相似文献
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β-淀粉酶广泛存在于植物和微生物中,植物β-淀粉酶性能优于微生物β-淀粉酶,其在酶制剂行业应用广泛.主要介绍植物β-淀粉酶对底物的作用机理、来源及在植物中的分布、在食品加工领域及发酵行业中的应用及从植物中分离纯化方法的研究新进展,并对今后该领域的研究进行展望.对植物β-淀粉酶的研究进展进行综述将对β-淀粉酶行业有重要的... 相似文献
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虎(Panthera tigris)、豹(Panthera pardus)、雪豹(Panthera uncia)、云豹(Neofelis nebulosa)、猎豹(Acinonyx jubatus)和家猫(Felis catus)线粒体基因组全序列全长分别为16990、16964、16773、16844、17011和17009bp,包括13个蛋白编码基因、22个tRNA,2个rRNA、一个非编码的控制区(D-loop)以及一个轻链复制起点(OLR),碱基含量A+T大于C+G。在蛋白编码基因中,AT偏向性在密码子的第二位点更加明显,这与大多数哺乳动物第三位点AT偏向性较高明显不同。蛋白质基因在密码子的使用上,ATG为多数基因的起始密码子,TAA为多数基因的终止密码子。预测的tRNA二级结构显示,除tRNASer(AGY)基因缺失"DHU"臂外,其余的tRNA基因序列都可以折叠成典型的"三叶草结构"。控制区位于tRNAPro和tRNAPhe之间,控制区结构为高变Ⅰ区、中央保守Ⅱ区和保守序列Ⅲ区三个结构域。 相似文献