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1.
利用西方蜜蜂雄蜂头部5’LongSAGE文库中的一组标签序列,在蜜蜂基因组序列第9号连锁群上定位一个新的西方蜜蜂表皮蛋白基因转录起始位点,并克隆了该基因的eDNA序列,继而利用此cDNA序列分析了该基因的内含子和外显子结构．分析结果显示：该基因的DNA序列长1253bp,含有4个外显子和3个内含子,其cDNA长598bp,编码一个169AA的富含Val和Pro残基（23．67％,20．12％）多肽序列．BLAST分析发现,该蛋白与已知的4个昆虫表皮蛋白序列的相似性为47．54％,且其C末端有一个共有基序,说明这5个蛋白可能属于同一个表皮蛋白家族．该研究结果提供了一个新的蜜蜂表皮蛋白基因,且该基因在雄蜂头部表达水平较高． 相似文献
2.
以新牧1号苜蓿为研究材料,采用RT-PCR方法,设计特异引物,从新牧1号苜蓿中克隆获得MvDREB基因cDNA,测序结果该片段全长为651 bp,Genbank登录号为GU073286.生物信息学分析结果表明,该基因序列与紫花苜蓿核苷酸序列相似度达99%,编码216个氨基酸,MvDREB蛋白氨基酸序列分析比对显示该蛋白属于AP2/ERF家族的亲水性核蛋白,蛋白质分子量为24873.1,理论等电点pI为5.90,不稳定参数为45.07. 相似文献
3.
耐辐射异常球菌(D.radiodurans R1)osmC基因(DR_1538)编码的渗透诱导胁迫蛋白是一种在氧化胁迫中起重要作用的过氧化物酶.用PCR方法从耐辐射异常球菌中扩增出osmC基因的全长序列(441bp),采用原核表达系统对其进行表达纯化,获得了分子量大小约为18.7 kDa的带有His标签的融合蛋白.利用在线网站对OsmC蛋白的生物信息学分析,结果表明:OsmC蛋白由146个氨基酸组成,理论等电点为5.81,为亲水性蛋白;二级结构主要是由α-螺旋及不规则卷曲组成.OsmC蛋白的纯化及生物信息学分析为后续深入研究其功能奠定了基础. 相似文献
4.
以牛的ANGPTL1基因为研究对象,利用生物信息学方法,对牛的ANGPTL1基因进行了电子克隆和序列分析,并对推导出的ANGPTL1蛋白结构与性质进行了初步分析。结果表明,牛的ANGPTL1基因序列长为2576 bp,该基因的编码序列长为1 476 bp,编码492个氨基酸,编码序列的两翼有135 bp的5’非编码区和785 bp的3’非编码区。DNA序列的G+C百分含量为44.31%,A+T百分含量为55.69%。该基因的核苷酸序列与人、黑猩猩、鼠和狗ANGPTL1基因的cDNA序列的相似性分别为91%、90%、82%和93%。在氨基酸序列上与人、黑猩猩、鼠和狗的相似性分别为95%、95%、92%和95%。用氨基酸序列构建的进化树显示,在人、牛、黑猩猩、狗、褐鼠、原鸡几种动物中,牛与狗的亲缘关系最近。 相似文献
5.
李裕红 《泉州师范学院学报》2012,30(6):36-42
根据已克隆得到的泉州湾可口革囊星虫MnSOD基因片段（GenBank登录号为EF 062359）,采用5’RACE和3’RACE技术从泉州湾可口革囊星虫体壁中克隆获得MnSOD的cDNA全长序列.该基因全长988bp（GenBank登录号为JX117903）,其中开放阅读框（ORF）长681bp,编码226个氨基酸,是不具跨膜区结构的亲水性稳定蛋白;预测分子量为25.15ku,理论等电点pI为5.96,分子式为C1 128H1 722N314O330S6;α螺旋是其蛋白质二级结构的主要元件,在氨基酸多肽链上有4个Mn结合位点,有3个二硫键位点.四聚体三维结构模型预测结果显示该MnSOD含12个α螺旋和3个β折叠构成一个篮子状的活性中心.泉州湾可口革囊星虫MnSOD基因与其他动物的胞质MnSOD在序列组成、结构及活性位点等方面存在高度相似性. 相似文献
6.
《赣南师范学院学报》2019,(3):73-77
人WRAP53基因隶属于WD重复蛋白家族,被发现在端粒酶的组装、卡哈尔体的形成和DNA损伤的修复等过程中发挥着重要作用,但WRAP53基因表达调控的分子机制尚不明确.利用生物信息学软件对人WRAP53基因近端启动子-2 000 bp～-1 bp区域的结构特征、转录因子结合位点和CpG岛进行预测分析.Promotor 2.0和NNPP均预测出人WRAP53β基因有2个启动子;JASPAR和AliBaba 2.1发现有众多转录因子潜在结合位点存在该序列上;CpG Plot、CpG Finder和MethPrimer软件均预测出人WRAP53基因启动子-2 000 bp～-1 bp区域存在1个CpG岛.对人WRAP53基因启动子区开展的生物信息学分析,有助于了解该基因启动子区的结构和功能,为后续开展人WRAP53基因表达调控机制研究奠定了基础. 相似文献
7.
《莆田学院学报》2017,(2):18-23
通过同源比对策略从"Angeleno"李果实转录组数据库中获取长1862bp的AP1M2同源核苷酸序列。该同源序列具有完整的ORF,长1287bp,编码428个氨基酸。使用生物信息学在线分析工具,对李AP1M2同源基因的核苷酸与氨基酸序列进行了组成、理化性质、保守结构域、疏水性、跨膜区、信号肽、磷酸化修饰位点、亚细胞定位及功能的预测分析。结果表明,李的AP1M2同源基因在物种间高度保守,其翻译的蛋白质较稳定,属于亲水性蛋白,结构内未发现跨膜结构及信号肽。在生物功能及途径上,该蛋白可能参与了细胞内蛋白转运、囊泡的介导运输,与网格蛋白衔接体、网格蛋白包被的囊泡膜、高尔基体等细胞组成有关。 相似文献
8.
通过3′RACE和5′RACE获得对虾Rab基因(命名为PjRab)的cDNA全长,其ORF为636bp,编码212个氨基酸.序列分析发现,PjRab具备Rab蛋白的基本特征,但在C-端与已知的Rab蛋白不同,可能是一种新的Rab蛋白,这是首次在海洋无脊椎动物体内克隆到该基因.对该基因进行了原核表达,并得到了有活性的表达产物. 相似文献
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《赣南师范学院学报》2021,(3):125-129
为探讨高感溃疡病‘纽荷尔’脐橙CsLOB1基因序列特征及其响应柑橘溃疡菌侵染表达特点,利用同源序列法从‘纽荷尔’脐橙叶片中克隆得到CsLOB1基因CDS全长并进行序列分析.实时荧光定量法检测‘纽荷尔’脐橙叶片接种溃疡菌后CsLOB1基因表达变化.结果表明,CsLOB1基因CDS序列全长714 bp,编码237个氨基酸.理化性质预测分析表明CsLOB1蛋白为亲水性蛋白质;保守域预测表明,CsLOB1蛋白含有LBD基因家族LOB保守结构域.系统进化树分析表明,‘纽荷尔’脐橙与克里曼丁橘CsLOB1蛋白同源性高于其它非柑橘类植物.实时荧光定量PCR分析显示,柑橘溃疡菌接种后,‘纽荷尔’脐橙叶片CsLOB1基因表达显著上调.采用gateway克隆技术进一步构建CsLOB1基因RNAi干涉载体,为柑橘抗溃疡病种质的创建建立基础. 相似文献
11.
根据物种间同源基因相对保守的特点,利用生物信息学的方法,以大豆液泡膜H+-ATPase A亚基基因cDNA序列为信息探针,通过电子克隆得到了蒺藜苜蓿液泡膜H+-ATPase A亚基cDNA,命名为MtVHA-A。该cD-NA长2750bp,其中含5’非翻译区220bp,开放阅读框1875bp,3’非翻译区655bp,其推断的编码产物由624个氨基酸组成,理论分子量为69kDa,与蜜柑、番茄、拟南芥、棉花等植物中液泡膜H+-ATPase A亚基氨基酸序列同源性高达90%以上,且有很高的功能区段保守性。 相似文献
12.
根据物种间同源基因相对保守的特点,利用生物信息学的方法,以大豆液泡膜H^＋-ATPaseA亚基基因cDNA序列为信息探针,通过电子克隆得到了蒺藜苜蓿液泡膜H^＋-ATPaseA亚基cDNA,命名为MtVHA-A。该cDNA长2750bp,其中含5’非翻译区220bp,开放阅读框1875bp,3’非翻译区655bp,其推断的编码产物由624个氨基酸组成,理论分子量为69kDa,与蜜柑、番茄、拟南芥、棉花等植物中液泡膜H^＋-ATPaseA亚基氨基酸序列同源性高达90％以上,且有很高的功能区段保守性。 相似文献
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Using degenerate primers and RT-PCR,RACE techniques,a 1491 bp cDNA segment of stearoyl-acyl carrier protein desaturase(SAD)is cloned from developing seeds of Jatropha curcas L.The segment contains a 1191 bp of complete open reading frame(ORF).Analysis in the BLAST on NCB! shows that Jatropha curcas SAD(JSAD)gene encodes a protein precursor composed of a signal peptide of 33 amino acids and a mature peptide of 363 amino acids.The homological analysis shows that JSAD has high level of homology both in nucleotide sequence and in amino acid sequence to other plants SADs.The nucleotide and peptide identity of JSAD to Ricinus communis SAD(RSAD)is up to 89% and 96.2% respectively.Molecular modeling of JSAD indicates that its three-dimensional structure strongly resembled the crystal structure of RSAD. 相似文献
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根据GenBank发表的鸡γ-干扰素核苷酸序列,使用primer 5设计一对特异性引物,通过RT-PCR技术从ConA诱导培养的鸡脾脏淋巴细胞中克隆出鸡γ-干扰素基因并对其进行测序,测序结果表明,鸡γ-干扰素基因全长495bp,具有一个完整的开放阅读框,编码164个氨基酸,与国外发表的序列比较,两序列间同源性为100%.计算机软件对鸡γ-干扰素编码的氨基酸序列进行了抗原性分析,结果表明鸡γ-干扰素具有良好的免疫原性. 相似文献
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肌动蛋白（actin）在维持细胞结构、细胞运动和细胞分裂等过程中发挥着重要的作用.为了克隆鳡（Elopichthys bambusa）β-肌动蛋白（β-actin）全长cDNA,采用反转录PCR（RT-PCR）和cDNA末端快速扩增（rapid amplification of cDNA ends,RACE）技术,从鳡肌肉获得全长为1775bp的β-actin cDNA序列,其中包含1128bp的开放性阅读框,编码375个氨基酸,5′-非翻译（UTR）区为98个核苷酸,3′-UTR区为549个核苷酸.核苷酸与氨基酸的同源性分析发现,鳡β-actin与鲤形目类硬骨鱼的同源性均在98%以上,其中与团头鲂（Megalobrama amblycephala）的同源性最高,分别为98.94%和99.73%,而与其他脊椎类动物如哺乳类、鸟类、两栖类的同源性也分别在85%和97%以上,说明该基因在生物的分子进化过程中具有很高的保守性.采用核苷酸系统发育分析结果显示鳡β-actin与鲤形目类硬骨鱼聚类在一起,且与团头鲂的亲缘关系最近.RT-PCR分析结果显示,β-actin基因在鳡的肝脏、肾、肠、脑、心脏、鳃和肌肉等7个组织均有表达. 相似文献
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生肌决定因子 MyoD 是生肌调节因子 MRFs 家族的一个重要成员,在基因转录调控中起着重要的作用.本实验通过 RT-PCR 和3’-RACE 等方法,以松江鲈肌肉总 RNA 为模板,扩增出957 bp 的 MyoD 基因部分序列,包含部分编码区长567 bp,编码翻译188个氨基酸残基,3’-UTR 区长390 bp.系统发育分析表明,松江鲈 MyoD 与奥尼罗非鱼亲缘关系最近.不同组织半定量分析显示,松江鲈 MyoD 在各种组织中均有表达,在心脏中表达量最高,预示着在不同组织中该基因的功能广泛 相似文献
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以实验室保藏的一株具有溶解血栓能力的芽孢杆菌（LJQ—NK）为出发菌株,通过形态学分析和16SrRNA比对,对菌株进行鉴定,更进一步利用聚合酶链式反应（PCR）克隆纳豆激酶DNA片段⑤16SrRNA比对。结果表明LJQ-NK与已报道的纳豆激酶16SrRNA序列有99．9％以上的同源性,初步认定为一株纳豆芽孢杆菌。克隆获得1120bp的DNA片段,应用DNAMAN软件分析,与已报道的纳豆激酶编码基因（G129164926）存在两个碱基的差异,编码纳豆激酶开放阅读框区域序列完全相同。 相似文献