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对家蚕中一未知基因进行生物信息学分析,结果显示:该基因开放阅读框大小为858 bp,编码285个氨基酸,预测分子量为31.1kD,等电点为4.75;该基因编码蛋白含有TPR(Tet ratrico Peptide Repeat)结构域,具有个蛋白激酶C磷酸化位点、酪蛋白激酶11磷酸化位点、肉豆蔻酰基化位点,糖基化位点及cAMP和cGMP依赖蛋白激酶磷酸化功能位点. 相似文献
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《安徽科技学院学报》2020,(3)
目的:采用生物信息学方法对人源P2Y12基因结构特征进行分析。方法:利用DNAstar、ProtParam、SOPMA、SignalP 4.1、MEGA等5个生物信息学平台,研究人源P2Y12基因和蛋白序列,及其理化性质、二级结构、跨膜结构、信号肽、疏水性、磷酸化和羰基化位点及B细胞抗原表位,并且对其蛋白作用功能和亲缘性进行分析。结果:人P2Y12基因编码区长1029 bp,编码342个氨基酸。人P2Y12蛋白分子式为C_(1836)H_(2868)N_(450)O_(476)S_(18),分子量为39438.78 u,理化性质稳定,二级结构以α螺旋和无规则卷曲为主,含7个跨膜结构,无信号肽,有33个磷酸化位点和2个N-糖基化位点,存在6个B细胞抗原表位。通过String数据库得到蛋白相关功能和通路,发现P2Y12蛋白在G蛋白偶联相关受体、cAMP信号调节、血小板活化等信号通路中发挥着重要作用,是血小板相关生物过程的重要部分。同源性分析和进化树显示黑猩猩和猕猴与人源P2Y12蛋白相似性最高。结论:利用生物信息学方法对人源P2Y12基因及其蛋白进行研究,为血栓、血小板出血性疾病8(BDPLT8)等疾病的研究和相关药物研发应用提供参考。 相似文献
3.
为进一步研究克隆到的鹅、鸭、鹌鹑、斑鸠Mel 1c基因,对该序列进行特征分析,为Mel 1c基因的功能研究打下基础。参考NCBI其它物种的序列设计引物,克隆得到鹅、鸭、鹌鹑、斑鸠Mel 1c基因的部分c DNA序列,并对其编码的蛋白进行生物信息学分析。鹌鹑、鸭、鹅和斑鸠的Mel 1c部分片段,长度为850bp,编码283个氨基酸。通过分析鹌鹑、鸭、鹅和斑鸠Mel 1c的结构表明符合褪黑素受体的结构特征,含有一N端在胞内六个跨膜结构域,属于G蛋白偶联受体家族。该蛋白质为分泌蛋白,包含一个信号肽,其剪切位点位于26和27之间(VVA-VY)。同源性比对结果表明不同物种间Mel 1c基因序列及氨基酸序列的同源性较高均大于71%,Mel 1c在进化过程中比较保守。鹅、鹌鹑、斑鸠、鸭和原鸡的核酸和氨基酸的同源性最高分别大于92%和96%。Mel 1c符合进化规律,斑鸠、鹌鹑、鹅和鸭属于高等的非哺乳类脊椎动物,处于分子进化树的最顶层。 相似文献
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《莆田学院学报》2017,(2):18-23
通过同源比对策略从"Angeleno"李果实转录组数据库中获取长1862bp的AP1M2同源核苷酸序列。该同源序列具有完整的ORF,长1287bp,编码428个氨基酸。使用生物信息学在线分析工具,对李AP1M2同源基因的核苷酸与氨基酸序列进行了组成、理化性质、保守结构域、疏水性、跨膜区、信号肽、磷酸化修饰位点、亚细胞定位及功能的预测分析。结果表明,李的AP1M2同源基因在物种间高度保守,其翻译的蛋白质较稳定,属于亲水性蛋白,结构内未发现跨膜结构及信号肽。在生物功能及途径上,该蛋白可能参与了细胞内蛋白转运、囊泡的介导运输,与网格蛋白衔接体、网格蛋白包被的囊泡膜、高尔基体等细胞组成有关。 相似文献
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王丽珊 《闽西职业技术学院学报》2019,(1):101-106
运用生物信息学方法对拟南芥和水稻各25个Cel基因的系统进化、基因结构、蛋白质结构等进行分析。结果表明,50个Cel属于糖苷水解酶家族9,分为3个亚家族(GH9A、GH9B、GH9C),GH9C是进化的祖先;Cel基因编码的蛋白质均有保守的GH9催化结构域,GH9A有跨膜结构域和胞质结构域,GH9B有信号肽,GH9C有跨膜结构域、纤维素结合结构域和信号肽;GH9A和GH9C在基因结构和保守基序显示较高的保守性,GH9B具有多样性;Cel基因编码的蛋白质为两性稳定蛋白,二级结构主要是无规则卷曲和α-螺旋,亚细胞定位于细胞膜或细胞壁,大部分是分泌蛋白,有1个跨膜螺旋。 相似文献
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《大连大学学报》2015,(6):60-65
从假交替单胞菌(Pseudoalteromonas sp.DL-6)中克隆低温几丁质酶chiA基因(Gen Bank登录号KF234015)。该序列全长3160个核苷酸,编码1053个氨基酸,预测相对分子质量113.5 KDa,等电点(pI)4.49,命名为chiA。功能结构域分析显示其编码区包含信号肽、2个几丁质结合域、2个成人多囊肾病结构域、18家族几丁质酶催化域与18家族糖苷水解酶C端部分序列。利用Discovery Studio平台以同源建模的方法构建低温几丁质酶chi A的催化域三维结构模型,并对其进行结构优化和评估,Ramachandram图谱检测和Verify-3D评估显示模拟出的模型结构合理,整体的相容性较为可信。本结果拟为后期低温几丁质酶chiA的催化机理研究提供理论依据。 相似文献
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灰斑古毒蛾核型多角体病毒几丁质酶基因及其分子进化 总被引：5，自引：0，他引：5
通过对构建的灰斑古毒蛾Orgyia ericae单粒包埋型核型多角体病毒(OrerSNPV)基因组DNA的EcoRI酶切片段质粒文库的测序分析,在EcoRI—J片段(6．4kb)中鉴定出了编码几丁质酶(ChiA)基因开放阅读框(ORF),chiA基因编码区由1695bp组成,编码564个氨基酸,预计蛋白质分子量为62kD。这也是首次在基因序列水平上研究OrerSNPV。将OrerSNPV ChiA氨基酸序列与其它已知的18种杆状病毒ChiA氨基酸序列联配比较,结果表明OrerSNPV与其它杆状病毒ChiA氨基酸有60．3—69．5％同源性,其中与BmNPV、CfDEFNPV和LdMNPV的同源性最高。根据氨基酸序列绘制的分子进化树表明杆状病毒chiA基因至少可以分为SlMNPV、GV和其它NPV三个分支,OrerSNPV与LdMNPV在进化树上关系最为接近。 相似文献
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克隆并分析了绵羊尿鸟苷素（uroguanylin）基因。根据同源序列克隆原理设计一对克隆引物,对绵羊十二指肠黏膜组织提取的总RNA进行RT—PCR,将PCR产物克隆、测序。绵羊尿鸟苷素基因与人、小鼠和猪的同源性分别为83％,77％和88％,推测的氨基酸构成一个模域。克隆了绵羊尿鸟苷素基因片断,为进一步研究绵羊尿鸟苷素基因的生物学功能提供了理论基础。 相似文献
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利用反转录聚合酶链式反应的方法，以单引物R2为引物，从水稻伴生菌中克隆到了一cDNA片段，长1029bp，其中开放阅读框部分共编码220个aa。NcBI核苷酸序列同源性比对结果表明：开放阅读框部分与大肠杆菌、志贺菌和沙门氏菌有较高的同源性，但在3’非翻译区几乎没有同源性；多肽序列的同源性比对结果显示，R2在N-端比目前已知的四氢叶酸脱氢酶/环化酶多肽序列少50个aa，C-端少18个aa。通过http://www.fruitfly.org网站下的启动子预测软件未发现转录起始位点，在3’端也无AATAAA加尾信号，因此我们克隆的cDNA不是完整的基因序列。通过功能结构域预测和三维结构分析表明：R2存在多个功能结构域，即FolD、KOG4230、THF_DHG_CYH_C、KOG0089和THF_DHG_CYH，其中KOG0089和THF_DHG_CYH_C为R2蛋白所包含的完整的功能结构域，晶体模型显示其分子表面凹凸不平，分子内存在间隙，总能为-5243．076kJ／mol，存在两个GROMOS程序修复点即Gly^53Gly^187，有7个类似于Aal^83和Leu^86的锚定连接形成两个环状结构。 相似文献