集群式计算机系统在生物信息学中的应用     

周澄  郁松年 《上海大学学报(英文版)》2003,7(4):370-374

1　Introduction　SMP (symmetricmulti processing)andMPP (mas sivelyparallelprocessing)arethetwotypesofstruc tureofparallelcomputing .　Symmetricmulti processingsystemshavemultipleCPUsattachedtothesamebusandsharingRAM .Massivelyparallelprocessingisthecooperated pro cessingofaprogrambymultipleprocessorsthatworkondifferentpartsoftheprogram ,witheachprocessorusingitsownoperatingsystemandmemory .ThechoicebetweenSMPandMPPdependsonthenatureoftheproblembeingsolved .Iftheproblemcanbeeasilypartit…  相似文献   

群智能优化算法及其在生物信息学问题中的应用     

宁静  钟一文  林娟  宁正元 《三明高等专科学校学报》2013,(4):13-18

生物信息学研究需要使用先进的计算工具处理大量生物的模糊的和不确定的数据。群智能优化算法以低成本、快速和准确合理地解决复杂的搜索问题的优点,使其成为一族能用以较好地解决生物信息学中的问题的启发式算法。综述群智能优化算法及其在生物信息学问题中的应用。  相似文献   

GenBank数据库检索及其应用——Entrez检索功能     

李轶 《中华医学图书馆杂志》2008,(5):49-51

GenBank数据库是世界上著名的生物信息数据库,包含了目前所有已知的核苷酸序列和蛋白质序列以及与它们相关的文献著作和生物学注释。详细介绍了它的Entrez检索功能。  相似文献   

生物序列比对算法研究现状与展望   总被引：6，自引：0，他引：6  

张敏 《大连大学学报》2004,25(4):75-78,82

序列比对是生物信息学研究的一个基本方法,寻求更快更灵敏的序列比对算法一直是生物信息学研究的热点.本文给出了生物序列比对问题的定义,综述了目前常用的各类比对算法,并对每一类算法的优缺点以及应用范围进行了分析,最后指出序列比对算法目前存在的问题以及未来的发展方向.  相似文献   

菌物生物多样性与人类可持续发展   总被引：2，自引：0，他引：2       下载免费PDF全文

魏江春 《中国科学院院刊》2010,25(6):645-650

文章对菌物生物多样性从下列三个角度进行了论述。首先,在自然界生物圈中的生物多样性包括物种、基因和生态系统三个层次;而物种多样性则是最基础和关键的。菌物是自然界物种多样性最丰富的两大类生物之一。其次,菌物分类学是研究菌物物种多样性的重要工具。第三,生物信息、菌种以及菌物原型参证的三个存取系统,作为菌物分类学的研究成果,是人类可持续发展所需要的可再生的生物资源的重要支撑系统。最后,为了加强对菌物物种多样性和基因多样性的研究、保护和开发,作者提出了4点建议。  相似文献   

人类新基因HBVDNAPTP1结合蛋白的生物信息学分析     

伦永志  刘为国  朱莹  张国元  毛小强  司红敏  王琳 《大连大学学报》2006,27(6):80-83

[目的]应用生物信息学分析人类新基因乙型肝炎病毒(HBV)DNA聚合酶(Polym erase)反式调节蛋白(HBVDNAPTP1)结合蛋白(HBVDNAPTP1BP).[方法]利用生物信息学技术分析HBVDNAPTP1BP基因的染色体定位与组织表达,以及编码蛋白的化学物理性质与结构特征.[结果]HBVDNAPTP1BP基因染色体定位于1号染色体短臂3区5带1亚带,可在组织中低表达,但在多个组织中无表达.HBVD-NAPTP1BP的相对分子量为11 905.6,理论pI为7.72,不同条件下的消光系数为14 230 M-1cm-1或13 980M-1cm-1(280 nm),在体外哺乳动物网状细胞中的半寿期为30 h,并且无卷曲螺旋区域,但具有3个较强的疏水区域.HBVDNAPTP1BP无特殊二级结构,仅有1个蛋白激酶C磷酸化位点,不具有跨膜螺旋结构,无信号肽序列,定位于细胞核中.[结论]应用生物信息学对HBVDNAPTP1BP进行了分析,为进一步研究其生物学功能及其在乙型肝炎、肝细胞癌中的作用机制提供了依据和线索.  相似文献   

生物信息学序列库与文献库的整合模式浅析     

杨文  韩涛  孙志茹 《情报理论与实践》2008,31(1):112-115

在分析生物信息学领域已有数据库、整合平台的基础上,归结了目前生物学数据库融合的两种模式:交叉引用模式和集成模式,并总结了目前系统的不足及数据库融合面临的困难,为进一步研究序列库与文献库的整合打下基础.  相似文献   

拟南芥和水稻Cel基因家族的生物信息学分析     

王丽珊 《闽西职业技术学院学报》2019,(1):101-106

运用生物信息学方法对拟南芥和水稻各25个Cel基因的系统进化、基因结构、蛋白质结构等进行分析。结果表明,50个Cel属于糖苷水解酶家族9,分为3个亚家族(GH9A、GH9B、GH9C),GH9C是进化的祖先;Cel基因编码的蛋白质均有保守的GH9催化结构域,GH9A有跨膜结构域和胞质结构域,GH9B有信号肽,GH9C有跨膜结构域、纤维素结合结构域和信号肽;GH9A和GH9C在基因结构和保守基序显示较高的保守性,GH9B具有多样性;Cel基因编码的蛋白质为两性稳定蛋白,二级结构主要是无规则卷曲和α-螺旋,亚细胞定位于细胞膜或细胞壁,大部分是分泌蛋白,有1个跨膜螺旋。  相似文献   

GMOD:通用生物模型数据库     

陈疆  马炯 《现代情报》2012,32(5):172-177

近年来随着生物信息数据的爆炸性增长,管理数据的数据库建设就变得极为重要,甚至成为当代基于各种"组学"的生物学研究的瓶颈步骤。本文通过对通用生物模型数据库(GMOD)系统进行研究和分析,对其发展的过程、主要特点、结构框架等方面进行了系统的分析总结,并重点对该系统的3个重要应用模块:Chado、GBrowse和Apoll,从特点、结构、功能等各个方面进行了详细介绍。最后我们对GMOD应用模块在不同生物信息数据库中的使用情况进行了收集、整理和分类,以方便研究人员借鉴参考。通过以上工作,我们希望为国内广大生物科技研究人员介绍这套国际通用的数据库建立方法和工具,方便研究人员对生物信息数据进行管理和分析,推动GMOD在中国的使用以及生物信息学在中国的发展。  相似文献   

生命科学与体育   总被引：1，自引：0，他引：1  

丁伟 《山东体育学院学报》2004,20(4):59-61

生命科学的发展一日千里，人类基因组计划、生物芯片和分子克隆等技术犹如雨后春笋般呈现在人们面前，随之而兴起的生物信息学像一颗璀璨的明珠为生命科学揭开生命奥妙添光彩。作为更高、更快、更强的源泉，生命科学乃是体育的左膀右臂。在日益细化具体的学科分工和高度综合抽象的体育科学研究中，诸如运动中肌肉基因表达、应用生物芯片技术评价运动员身体机能等的价值越来越被人们所接受。  相似文献