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1.
家驴具有很大的市场开发潜力和价值.本研究通过生物信息学技术分析了家驴CSN3基因的序列特征,为家驴向肉用或乳用方向选育初步提供一定的分子依据.经分析研究发现家驴CSN3基因共包含五个外显子和四个内含子.初始转录物的前81nt为5'UTR区,后205nt为3'UTR区,中间的549nt为CDS区.整个CDS区翻译出182个氨基酸构成的多肽.家驴的κ酪蛋白中的氨基酸以脯氨酸所占的比例最高(14.286%),其次为缬氨酸(10.989%),最低的为半胱氨酸、色氨酸和甘氨酸(所占比例都为0.5495%).各物种κ酪蛋白氨基酸序列间每个位点氨基酸替代数的平均值的大小能够较好反映物种间亲缘关系的远近.κ酪蛋白氨基酸序列能够很好地反映物种之间的亲缘关系,适合用于系统发育分析. 相似文献
2.
以牛的ANGPTL1基因为研究对象,利用生物信息学方法,对牛的ANGPTL1基因进行了电子克隆和序列分析,并对推导出的ANGPTL1蛋白结构与性质进行了初步分析。结果表明,牛的ANGPTL1基因序列长为2576 bp,该基因的编码序列长为1 476 bp,编码492个氨基酸,编码序列的两翼有135 bp的5’非编码区和785 bp的3’非编码区。DNA序列的G+C百分含量为44.31%,A+T百分含量为55.69%。该基因的核苷酸序列与人、黑猩猩、鼠和狗ANGPTL1基因的cDNA序列的相似性分别为91%、90%、82%和93%。在氨基酸序列上与人、黑猩猩、鼠和狗的相似性分别为95%、95%、92%和95%。用氨基酸序列构建的进化树显示,在人、牛、黑猩猩、狗、褐鼠、原鸡几种动物中,牛与狗的亲缘关系最近。 相似文献
3.
目的:研究青虾线粒体细胞色素氧化酶Ⅰ全序列。方法:以青虾肌肉组织为材料,采用苯酚-氯仿法提取青虾DNA,然后对青虾线粒体细胞色素氧化酶Ⅰ基因进行了PCR扩增和测序。结果:青虾线粒体细胞色素氧化酶Ⅰ全序列长度为1535bp,编码蛋白含511个氨基酸残基。其中A、T、C、G分别为30.0%、30.6%、22.5%和16.9%。T+A含量(60.6%)明显高于G+C含量(39.4%)。结论:青虾线粒体细胞色素氧化酶Ⅰ序列的碱基组成与含量与其他沼虾类相似。 相似文献
4.
Nan HONG Yan-hua CHEN Chen XIE Bai-sheng XU Hui HUANG Xin LI Yue-qing YANG Ying-ping HUANG Jian-lian DENG Ming QI Yang-shun GU 《Journal of Zhejiang University. Science. B》2014,(8)
研究目的:通过对一个中国Nance-Horan综合征家系的临床表型及基因突变分析,揭示本家系的致病遗传机制。研究方法:对该Nance-Horan综合征家系的一个男性患者进行全外显子组测序,结合此家系临床表型及遗传方式分析,选定X染色体上NHS基因上的一个无义突变c.322GT(E108X)为可疑致病突变。通过聚合酶链式反应(PCR)和Sanger测序,对该家系内其他成员进行NHS基因突变分析,同时对50名健康对照者的NHS基因的突变检测结果进行对比。另外,将该突变的位点第108位氨基酸残基进行多物种NHS蛋白内序列比对。最后,对该家系成员眼部及全身的临床特点进行全面检查和分析。重要结论:全外显子组测序结合Sanger测序发现NHS基因第一个外显子上的c.322GT(E108X)突变为引起该家系临床病变的突变位点;多物种NHS蛋白内序列比对发现该突变位点第108位氨基酸残基位于高度保守区;临床表型分析发现该家系内存在表型异质性。此家系为国内首次报道的无义突变引起的Nance-Horan综合征家系。 相似文献
5.
Nan HONG ;Yan-hua CHEN ;Chen XIE ;Bai-sheng XU ;Hui HUANG ;Xin LI ;Yue-qing YANG ;Ying-ping HUANG ;Jian-lian DENG ;Ming QI ;Yang-shun GU 《Journal of Zhejiang University. Science. B》2014,15(8):727-734
研究目的：通过对一个中国Nance-Horan综合征家系的临床表型及基因突变分析,揭示本家系的致病遗传机制。研究方法：对该Nance—Horan综合征家系的一个男性患者进行全外显子组测序,结合此家系临床表型及遗传方式分析,选定x染色体上NHS基凶上的一个无义突变c．322G〉T（E108x）为可疑致病突变。通过聚合酶链式反应（PCR）和Sanger测序,对该家系内其他成员进行NHS基因突变分析,同时对50名健康对照者的NHS基因的突变检测结果进行对比。另外,将该突变的位点第108位氨基酸残基进行多物种NHS蛋白内序列比对。最后,对该家系成员眼部及全身的临床特点进行全面检查和分析。重要结论：全外显子组测序结合Sanger测序发现NHS基因第一个外显子上的c．322G〉T（E108X）突变为引起该家系临床病变的突变位点;多物种NHS蛋白内序列比对发现该突变位点第108位氨基酸残基位于高度保守区;临床表型分析发现该家系内存在表型异质性。此家系为国内首次报道的无义突变引起的Nance-Horan综合征家系。 相似文献
6.
目的:研究乌鳢线粒体DNA细胞色素b全序列。方法:以乌鳢的肌肉组织为材料,采用苯酚-氯仿法提取乌鳢DNA,然后将乌鳢线粒体DNA细胞色素b基因进行PCR扩增及其序列测定。结果:乌鳢线粒体细胞色素b全序列长度为1141 bp,编码蛋白含380个氨基酸残基。其T、C、A、G分别为26.0%,35.0%,24.1%和14.9%。A+T含量50.1%,高于G+C含量(49.9%)。结论:乌鳢线粒体DNA细胞色素b序列的碱基组成与含量与其他鱼类相似。 相似文献
7.
通过PCR和DNA测序技术,获得了大鳞副泥鳅(Paramisgurnus dabryanus)线粒体基因组的部分序列,所得4段序列长度共计11552 bp,包括5个蛋白质编码基因(ND1、ND2、ND4、ND4L、ND6和Cytb),14个t RNA基因.本研究获得序列的碱基组成为A 28.9%、C 27.7%、G 15.7%、T 27.7%,可看出(A+T)(C+G);测出的蛋白编码基因的碱基都有一个明显的现象,就是G的含量很明显的少于其他碱基,而C的含量都比较高,并且(A+T)(C+G),这样的结果表现出明显的反G偏倚和碱基组成偏好性.将大鳞副泥鳅Cytb序列与Gen Bank其他6种鱼类的Cytb序列进行%对,表明大鳞副泥鳅与洛东江高丽鳅和俄罗斯泥鳅亲缘关系最近.用NJ法构建7种鱼类的进化关系树,结果表明:大鳞副泥鳅与洛东江高丽鳅和俄罗斯泥鳅最先聚类,再与其他鳅科鱼类相聚,最后与鲤科鱼类斑马鱼相聚,结果与传统分类一致. 相似文献
8.
水稻内源木聚糖酶osx基因的克隆及表达分析 总被引：1，自引：0，他引：1
《实验室研究与探索》2013,(11)
为进一步了解植物内源木聚糖酶基因结构及其表达特性,从水稻中克隆和表达了一种内源木聚糖酶基因。通过序列比对分析确定保守区序列,以PCR扩增得到的保守区序列从众多水稻木聚糖酶预测序列中"钓取"可能的目标基因,并以此基因为模板设计引物,通过RT-PCR扩增得到一条长度为1 443 bp的基因片段osx,测序结果与水稻木聚糖酶基因预测序列NM_001061680一致性高达99%,该序列编码480个氨基酸,经预测不存在信号肽序列。构建表达载体pET28-a(+)-osx,导入大肠杆菌BL21进行IPTG诱导表达,该表达产物未检测到木聚糖酶活性。受大麦和玉米内源木聚糖酶基因表达的前体为无活性蛋白需要剪切加工的启示,进一步通过在线蛋白同源建模分析,设计引物去掉蛋白N端约120个氨基酸,C端约40个氨基酸,保留"Glyco-hydro-10"结构域,使其成功实现了原核活性表达,表达蛋白约40 kDa,木聚糖酶活性为11.53 IU/mL。 相似文献
9.
目的:对猪胰岛素样生长因子结合蛋白(IGFBP3)基因的结构与功能进行生物信息学分析.方法:用分子生物学软件分析猪IGFBP 3基因序列和IGFBP3蛋白的理化性质、二级结构、结构域、信号肽、跨膜结构、磷酸化和糖基化位点,以及不同动物IGFBP3氨基酸序列的同源性和遗传进化.结果:猪IGFBP3基因编码区长882个碱基对(bp),编码293个氨基酸.猪IGFBP3蛋白分子式为C1359 H2182 N418 O411 S24,相对分子质量为31722.27,理论等电点为8.97,不稳定系数为48.17,脂肪系数为61.06,平均亲水系数为-0.592.IGFBP3蛋白存在1个长27个氨基酸残基的信号肽,但无跨膜结构,二级结构以无规卷曲(65.87％)和α螺旋(20.82％)为主,含1个胰岛素生长因子结合蛋白同源物(IB)结构域和1个甲状腺球蛋白Ⅰ型重复(T Y)结构域,有26个磷酸化位点(包括17个丝氨酸位点、5个苏氨酸位点和4个酪氨酸位点)和3个N-糖基化位点.序列同源性方面猪IGFBP3蛋白与水牛、黄牛、山羊、绵羊、猫、狗、小鼠、大鼠、鸡和鸭的氨基酸序列同源性分别为91.2％、90.8％、87.8％、87.8％、87.2％、86.9％、82.3％、81.2％、73.9％ 和73.3％.系统进化树构建显示,猪IGFBP3蛋白与水牛、黄牛、绵羊和山羊的亲缘关系最近.结论:预测结果为进一步研究猪IG FB P3基因及其编码蛋白的结构和生物学功能提供基础. 相似文献
10.
根据GenBank发布的基因序列,设计PCR引物,分别从诸葛菜(Orychophragmus violaceus)的花瓣基因组DNA和cDNA克隆到查尔酮合成酶基因,并定名为OvCHS,序列已上传至NCBI数据库,登陆号为EF408918。序列分析表明,OvCHS基因的基因组全长为1263 bp,具一个75 bp的内含子,编码区全长为1188 bp,编码395个氨基酸。与模式植物拟南芥(Arabidopsis thaliana)查尔酮合成酶基因AtCHS比较发现,两基因编码区有135个碱基不同,相似性为88.64%,氨基酸序列中仅16个氨基酸残基的差异,相似性达95.95%。 相似文献
11.
《赣南师范学院学报》2021,(3):125-129
为探讨高感溃疡病‘纽荷尔’脐橙CsLOB1基因序列特征及其响应柑橘溃疡菌侵染表达特点,利用同源序列法从‘纽荷尔’脐橙叶片中克隆得到CsLOB1基因CDS全长并进行序列分析.实时荧光定量法检测‘纽荷尔’脐橙叶片接种溃疡菌后CsLOB1基因表达变化.结果表明,CsLOB1基因CDS序列全长714 bp,编码237个氨基酸.理化性质预测分析表明CsLOB1蛋白为亲水性蛋白质;保守域预测表明,CsLOB1蛋白含有LBD基因家族LOB保守结构域.系统进化树分析表明,‘纽荷尔’脐橙与克里曼丁橘CsLOB1蛋白同源性高于其它非柑橘类植物.实时荧光定量PCR分析显示,柑橘溃疡菌接种后,‘纽荷尔’脐橙叶片CsLOB1基因表达显著上调.采用gateway克隆技术进一步构建CsLOB1基因RNAi干涉载体,为柑橘抗溃疡病种质的创建建立基础. 相似文献
12.
《赤峰学院学报(自然科学版)》2016,(14)
通过对黄粉虫(Tenebrio molitor)纤溶酶基因序列进行生物信息学分析,结果发现黄粉虫的纤溶酶基因共包含6个外显子和5个内含子.整个CDS区共翻译出258个氨基酸,这些氨基酸以丝氨酸的比例最高,其次为甘氨酸,最低的为谷氨酸.黄粉虫纤溶酶基因的编码存在明显的密码子使用偏好,其偏倚程度从天冬酰胺(N)的0%到谷氨酸(E)的100%.预测黄粉虫纤溶酶肽链的等电点p I在8.34左右,相对分子质量为26KD.黄粉虫纤溶酶多肽链是以亲水区和疏水区相互交错出现构成的.另外,黄粉虫纤溶酶蛋白质的二级结构多为β折叠,其次为无规卷曲,螺旋结构所占比重较轻. 相似文献
13.
目的获得重组TsARG2基因蛋白,为进一步研究其功能和制备特异抗体奠定基础.方法根据已报道的TsARG2基因序列,采用RT-PCR的方法获得TsARG2基因.将所得的PCR产物插入原核表达载体pQE30中,得重组质粒(pQE/TSARG2)并转化大肠杆菌(E.coli)M15,通过IPTG诱导表达出带有六个组氨酸的融合蛋白,采用镍固定金属亲和层析法纯化.结果序列分析表明TSARG2基因成熟肽编码区含有918bp,编码305个氨基酸;与GenBank(AY040204)中已报道的TSARG2分离物的核苷酸序列有100%同源性.经IPTG诱导表达,SDS-PAGE电泳分析显示,表达的融合蛋白占菌体蛋白总量的66%,分子质量约为35kDa.经Ni2 -NTAagarose纯化获得SDS-PAGE电泳下单一条带.结论在大肠杆菌中获得了TsARG2基因蛋白的高效表达,为研究其生物学功能和制备单克隆抗体奠定了基础. 相似文献
14.
以大银鱼的肌肉组织为材料,采用苯酚-氯仿法提取大银鱼 DNA,然后将大银鱼线粒体 DNA 细胞色素 b 进行了 PCR 扩增及其序列测定。结果表明,大银鱼线粒体细胞色素 b 全序列长度为1141bp,编码蛋白含380个氨基酸残基。其 T、C、A、G 分别为29.3%,32.3%,21.7%和16.7%。A ﹢ T 含量51.0%明显高于 G ﹢ C 含量49.0%。 相似文献
15.
虎(Panthera tigris)、豹(Panthera pardus)、雪豹(Panthera uncia)、云豹(Neofelis nebulosa)、猎豹(Acinonyx jubatus)和家猫(Felis catus)线粒体基因组全序列全长分别为16990、16964、16773、16844、17011和17009bp,包括13个蛋白编码基因、22个tRNA,2个rRNA、一个非编码的控制区(D-loop)以及一个轻链复制起点(OLR),碱基含量A+T大于C+G。在蛋白编码基因中,AT偏向性在密码子的第二位点更加明显,这与大多数哺乳动物第三位点AT偏向性较高明显不同。蛋白质基因在密码子的使用上,ATG为多数基因的起始密码子,TAA为多数基因的终止密码子。预测的tRNA二级结构显示,除tRNASer(AGY)基因缺失"DHU"臂外,其余的tRNA基因序列都可以折叠成典型的"三叶草结构"。控制区位于tRNAPro和tRNAPhe之间,控制区结构为高变Ⅰ区、中央保守Ⅱ区和保守序列Ⅲ区三个结构域。 相似文献
16.
一、解释DNA的多样性例:由240个碱基组成的DNA分子片段中,可因其碱基对的组成和序列的不同而携带不同的遗传信息,其种类最多可达()。A.4120种B.2404种C.4240种D.604种解析:遗传信息是指基因中4种脱氧核苷酸的不同排列顺序。有n对碱基组成的DNA分子片段,就有n个不同位置,每个位置的概率分别是C41(A、T、G、C),因此种类为n个C41的乘积等于4n。本题n为120,故选A。二、解释蛋白质的多样性例:有5种氨基酸,假设每种氨基酸只有一个,最多能合成几种不同结构的三肽?假设每种氨基酸不限,又最多能合成几种不同结构的三肽?解析:决定多肽结构不同… 相似文献
17.
目的:探究MARVELD2在中国非综合征耳聋(NSHL)人群中的突变频谱和突变频率。创新点:发现MARVELD2突变频谱具有明显种族特异性。中国NSHL人群中的突变位点及频率不同于已报道的其他人群,并首次筛选到新致聋候选突变MARVELD2 c.730GA。本研究有助于进一步阐释MARVELD2在NSHL中的作用。方法:收集283例NSHL患者外周血,提取基因组DNA,涉及9对引物覆盖MARVELD2基因编码区,经聚合酶链反应(PCR)扩增后Sanger测序。测序结果与参考序列比对,获得的MARVELD2变异位点通过正常人群频率比较、氨基酸保守性分析、氨基酸性质分析、SIFT和PolyPhen有害性预测及蛋白结构功能预测分析等进一步筛选得到耳聋候选突变位点。结论:中国NSHL人群的MARVELD2突变位点与巴基斯坦人群,以及斯洛伐克、匈牙利和捷克罗马人群不同,具有明显的种族特异性。本研究在283个NSHL病例中共鉴定了11个变异位点。其中,c.730GA突变可能影响MARVELD2蛋白的正常功能,与NSHL致病有较高的相关性,是一个候选致聋突变。 相似文献
18.
通过3′RACE和5′RACE获得对虾Rab基因(命名为PjRab)的cDNA全长,其ORF为636bp,编码212个氨基酸.序列分析发现,PjRab具备Rab蛋白的基本特征,但在C-端与已知的Rab蛋白不同,可能是一种新的Rab蛋白,这是首次在海洋无脊椎动物体内克隆到该基因.对该基因进行了原核表达,并得到了有活性的表达产物. 相似文献
19.
灰斑古毒蛾核型多角体病毒几丁质酶基因及其分子进化 总被引：5，自引：0，他引：5
通过对构建的灰斑古毒蛾Orgyia ericae单粒包埋型核型多角体病毒(OrerSNPV)基因组DNA的EcoRI酶切片段质粒文库的测序分析,在EcoRI—J片段(6．4kb)中鉴定出了编码几丁质酶(ChiA)基因开放阅读框(ORF),chiA基因编码区由1695bp组成,编码564个氨基酸,预计蛋白质分子量为62kD。这也是首次在基因序列水平上研究OrerSNPV。将OrerSNPV ChiA氨基酸序列与其它已知的18种杆状病毒ChiA氨基酸序列联配比较,结果表明OrerSNPV与其它杆状病毒ChiA氨基酸有60．3—69．5％同源性,其中与BmNPV、CfDEFNPV和LdMNPV的同源性最高。根据氨基酸序列绘制的分子进化树表明杆状病毒chiA基因至少可以分为SlMNPV、GV和其它NPV三个分支,OrerSNPV与LdMNPV在进化树上关系最为接近。 相似文献
20.
丁雪梅 《赤峰学院学报(自然科学版)》2013,(4):5-7
选取69个含内含子的核糖体蛋白基因,抽取其中每个基因转录起始位点附近长度为100个碱基的序列,发现转录起始位点为碱基A的占92.8%,给出由位点状态转移到位点后与位点相邻状态的一步转移概率矩阵P以及由位点前与位点相邻状态转移到位点状态的一步转移概率矩阵.含内含子的核糖体蛋白基因中富含碱基A,T的序列可能有利于基因的转录. 相似文献