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1.
5’LongSAGE标签得自于全长mRNA分子的5’末端的前19 nt.该研究利用定位在西方蜜蜂基因组中的一个预测基因座LOC724521的2条5’LongSAGE标签序列作为5’引物,通过RT-PCR克隆了该预测基因座的2条长335 bp和337 bp的cDNA序列（GenBank登录号：GU358205,GU358204）.此cDNA编码一条长88个氨基酸残基的多肽.用所克隆的cDNA序列对基因座LOC724521进行功能注释发现,该基因含有3个外显子和2个＂GT-AG＂型内含子.5’LongSAGE标签序列的基因组定位结果显示：基因座LOC724521在雄蜂的头部中表达丰度很高,RNA PolⅡ可从5个转录起始位点（TSS）上以不同效率起始转录,该基因的59%和31%的转录是从2个优势TSS上起始.有趣的是,有一条5’LongSAGE标签序列被定位在内含子区,暗示该基因存在外显子的可变性选择现象.该研究结果不仅在转录水平上证实了软件预测的基因座LOC724521确实存在,同时揭示了该基因存在可变性转录起始位点和可变性外显子选择等转录调控机制. 相似文献
2.
肌动蛋白（actin）在维持细胞结构、细胞运动和细胞分裂等过程中发挥着重要的作用.为了克隆鳡（Elopichthys bambusa）β-肌动蛋白（β-actin）全长cDNA,采用反转录PCR（RT-PCR）和cDNA末端快速扩增（rapid amplification of cDNA ends,RACE）技术,从鳡肌肉获得全长为1775bp的β-actin cDNA序列,其中包含1128bp的开放性阅读框,编码375个氨基酸,5′-非翻译（UTR）区为98个核苷酸,3′-UTR区为549个核苷酸.核苷酸与氨基酸的同源性分析发现,鳡β-actin与鲤形目类硬骨鱼的同源性均在98%以上,其中与团头鲂（Megalobrama amblycephala）的同源性最高,分别为98.94%和99.73%,而与其他脊椎类动物如哺乳类、鸟类、两栖类的同源性也分别在85%和97%以上,说明该基因在生物的分子进化过程中具有很高的保守性.采用核苷酸系统发育分析结果显示鳡β-actin与鲤形目类硬骨鱼聚类在一起,且与团头鲂的亲缘关系最近.RT-PCR分析结果显示,β-actin基因在鳡的肝脏、肾、肠、脑、心脏、鳃和肌肉等7个组织均有表达. 相似文献
3.
《赣南师范学院学报》2019,(3):73-77
人WRAP53基因隶属于WD重复蛋白家族,被发现在端粒酶的组装、卡哈尔体的形成和DNA损伤的修复等过程中发挥着重要作用,但WRAP53基因表达调控的分子机制尚不明确.利用生物信息学软件对人WRAP53基因近端启动子-2 000 bp～-1 bp区域的结构特征、转录因子结合位点和CpG岛进行预测分析.Promotor 2.0和NNPP均预测出人WRAP53β基因有2个启动子;JASPAR和AliBaba 2.1发现有众多转录因子潜在结合位点存在该序列上;CpG Plot、CpG Finder和MethPrimer软件均预测出人WRAP53基因启动子-2 000 bp～-1 bp区域存在1个CpG岛.对人WRAP53基因启动子区开展的生物信息学分析,有助于了解该基因启动子区的结构和功能,为后续开展人WRAP53基因表达调控机制研究奠定了基础. 相似文献
4.
利用反转录聚合酶链式反应的方法，以单引物R2为引物，从水稻伴生菌中克隆到了一cDNA片段，长1029bp，其中开放阅读框部分共编码220个aa。NcBI核苷酸序列同源性比对结果表明：开放阅读框部分与大肠杆菌、志贺菌和沙门氏菌有较高的同源性，但在3’非翻译区几乎没有同源性；多肽序列的同源性比对结果显示，R2在N-端比目前已知的四氢叶酸脱氢酶/环化酶多肽序列少50个aa，C-端少18个aa。通过http://www.fruitfly.org网站下的启动子预测软件未发现转录起始位点，在3’端也无AATAAA加尾信号，因此我们克隆的cDNA不是完整的基因序列。通过功能结构域预测和三维结构分析表明：R2存在多个功能结构域，即FolD、KOG4230、THF_DHG_CYH_C、KOG0089和THF_DHG_CYH，其中KOG0089和THF_DHG_CYH_C为R2蛋白所包含的完整的功能结构域，晶体模型显示其分子表面凹凸不平，分子内存在间隙，总能为-5243．076kJ／mol，存在两个GROMOS程序修复点即Gly^53Gly^187，有7个类似于Aal^83和Leu^86的锚定连接形成两个环状结构。 相似文献
5.
李裕红 《泉州师范学院学报》2012,30(6):36-42
根据已克隆得到的泉州湾可口革囊星虫MnSOD基因片段（GenBank登录号为EF 062359）,采用5’RACE和3’RACE技术从泉州湾可口革囊星虫体壁中克隆获得MnSOD的cDNA全长序列.该基因全长988bp（GenBank登录号为JX117903）,其中开放阅读框（ORF）长681bp,编码226个氨基酸,是不具跨膜区结构的亲水性稳定蛋白;预测分子量为25.15ku,理论等电点pI为5.96,分子式为C1 128H1 722N314O330S6;α螺旋是其蛋白质二级结构的主要元件,在氨基酸多肽链上有4个Mn结合位点,有3个二硫键位点.四聚体三维结构模型预测结果显示该MnSOD含12个α螺旋和3个β折叠构成一个篮子状的活性中心.泉州湾可口革囊星虫MnSOD基因与其他动物的胞质MnSOD在序列组成、结构及活性位点等方面存在高度相似性. 相似文献
6.
利用西方蜜蜂雄蜂头部5’LongSAGE文库中的一组标签序列,在蜜蜂基因组序列第9号连锁群上定位一个新的西方蜜蜂表皮蛋白基因转录起始位点,并克隆了该基因的eDNA序列,继而利用此cDNA序列分析了该基因的内含子和外显子结构．分析结果显示：该基因的DNA序列长1253bp,含有4个外显子和3个内含子,其cDNA长598bp,编码一个169AA的富含Val和Pro残基（23．67％,20．12％）多肽序列．BLAST分析发现,该蛋白与已知的4个昆虫表皮蛋白序列的相似性为47．54％,且其C末端有一个共有基序,说明这5个蛋白可能属于同一个表皮蛋白家族．该研究结果提供了一个新的蜜蜂表皮蛋白基因,且该基因在雄蜂头部表达水平较高． 相似文献
7.
通过PCR的方法,扩增了松江鲈Myostatin基因的内含子1和内含子2片段,测序后发现长度分别为325bp和835bp,具有典型的GT-AG序列特征,在内含子2中存在一个（AC）14的微卫星序列.通过线粒体控制区部分片段测序,对来自长江、丹东和葫芦岛三个地理群体的松江鲈线粒体D-loop序列分析,未发现它们之间存在特征性的序列差异,可能是三个地理群体松江鲈的分隔时间短. 相似文献
8.
丁雪梅 《赤峰学院学报(自然科学版)》2013,(4):5-7
选取69个含内含子的核糖体蛋白基因,抽取其中每个基因转录起始位点附近长度为100个碱基的序列,发现转录起始位点为碱基A的占92.8%,给出由位点状态转移到位点后与位点相邻状态的一步转移概率矩阵P以及由位点前与位点相邻状态转移到位点状态的一步转移概率矩阵.含内含子的核糖体蛋白基因中富含碱基A,T的序列可能有利于基因的转录. 相似文献
9.
从猪肝脏提取基因组作为模板,分别扩增了Klf4、Klf5和Egr2的第3、第2和第1内含子,长度分别为916、1027和1342bp,并通过其两端连接的部分外显子序列与Genbank序列比对加以确认,并和人相应基因内含子作长度和序列同源性比较。结果表明,由内含子比对得出的这些基因在人和猪间的保守程度与这些基因在氨基酸水平上比对得出的保守程度相一致。 相似文献
10.
《集宁师专学报》2016,(5):1-4
该文就农杆菌介导的vbp基因遗传转化调控机理进行研究。方法一:分析vpb1基因启动子序列;方法二:对探测载体中vpb1基因启动子的转录活性进行验证;方法三:设计vbpl基因启动子序列突变位点。结果:(1)基于荧光蛋白表达情况来看,在pRSET-A质粒中的vbpl基因启动子能够将荧光基因的表达予以正常启动。(2)能够正确构建pRSET-m1突变质粒,vbp1基因启动子的转录活性会随着SigmaA结合位点的去除而降低。(3)能够正确构建p RSET-m2突变质粒,vbp1基因启动子的转录活性会随着转录因子Fnr结合位点中-65位碱基的突变而增强。(4)能够正确构建pRSET-m3突变质粒,vbp1基因启动子的转录活性会随着转录因子Fnr结合位点中-66位和-68位碱基的突变而消失。结论:深入研究农杆菌介导的vbp基因遗传转化调控机理,能够找出影响农杆菌的VBP蛋白表达的相关因素,有可能使所获得的农杆菌菌株具有较高的转化效率,以便能够有效提高植物转基因效率。 相似文献
11.
通过PCR扩增并克隆测序,获得了鳡（Elopichthys bambusa）线粒体ND5基因序列,该基因全长为1836bp,编码611个氨基酸残基的蛋白质,其起始密码子为ATG,终止密码子为TAA.分析该基因碱基组成及密码子使用情况,发现A＋T含量高于G＋C,并且在密码子第三位点存在明显的反G偏倚.将鳡ND5基因序列与GenBank中其他10个物种的ND5基因序列进行比对,结果表明鳡与鲢鱼的亲缘关系最近,青鱼次之.用NJ法构建11个物种的系统进化树,结果表明雅罗鱼亚科、鲌亚科和鲢亚科之间的亲缘关系很近,而鲤亚科与它们之间的亲缘关系相对较远. 相似文献
12.
根据GenBank发布的基因序列,设计PCR引物,分别从诸葛菜(Orychophragmus violaceus)的花瓣基因组DNA和cDNA克隆到查尔酮合成酶基因,并定名为OvCHS,序列已上传至NCBI数据库,登陆号为EF408918。序列分析表明,OvCHS基因的基因组全长为1263 bp,具一个75 bp的内含子,编码区全长为1188 bp,编码395个氨基酸。与模式植物拟南芥(Arabidopsis thaliana)查尔酮合成酶基因AtCHS比较发现,两基因编码区有135个碱基不同,相似性为88.64%,氨基酸序列中仅16个氨基酸残基的差异,相似性达95.95%。 相似文献
13.
谷胱甘肽过氧化酶2(GPx2),是生物体内重要的一类抗氧化酶,能够通过酶解过氧化氢阻断活性氧(ROS)的有害作用。本研究从七鳃鳗的血液c DNA文库中克隆了GPx2 c DNA全长和基因组DNA序列。序列分析表明,其c DNA全长为868 bp(Gen Bank序列号KM211710),包括53bp 5′非编码区、251bp 3′非编码区和564 bp开放阅读框,编码由187个氨基酸组成的多肽。基因组DNA序列(Gen Bank序列号KM211711)揭示了基因组特征含有2个外显子和1个内含子结构。系统发育分析表明,七鳃鳗GPx2(Lj GPx2)与其它的GPx2具有很高的同源性。利用实时荧光定量PCR检测到GPx2基因在七鳃鳗各组织中广泛表达,其中在口腔腺、心脏、卵、生殖腺中表达量较高。此外,用脂多糖(LPS)体内刺激七鳃鳗后发现,Lj GPx2 m RNA在生殖腺中表达量显著升高。本研究为探讨GPx2在七鳃鳗的免疫应答中的作用提供了理论依据。 相似文献
14.
用RT？PCR方法从云南省寻甸、嵩明、通海、芒市、沾益和陆良6个地区的水稻样品中扩增到水稻矮缩病毒S10片段部分序列,核苷酸测定及序列分析表明,6个地区水稻矮缩病毒分离物S10片段部分序列长度均为1 071个核苷酸,含1个1 059个核苷酸的ORF,编码352个氨基酸.云南分离物S10片段之间的核苷酸同源性约为97.9%~99.9%,其编码的氨基酸同源性为97.7%~100%;云南分离物与日本分离物的S10片段核苷酸同源性和氨基酸相似性分别为94.1%~95.4%和96.3%~99.2%,与中国分离物的S10片段核苷酸同源性和氨基酸相似性分别为94.8%~96.6%和95.2%~96.6%.云南分离物在亲缘关系上与日本分离物较中国分离物近. 相似文献
15.
伍慧兰 《湖南第一师范学报》2011,11(4):137-140
以从我国湖南长沙和湘西犬小肠中采集的2条泡状带绦虫作为研究对象,用引物JB11及JB12扩增泡状带绦虫的pnad1片段,应用ClustalX1．81程序对序列进行比对,同时利用DNAscar5．0中的Megalign程序进行同源性分析。结果显示来自湖南长沙和湘西的2条泡状带绦虫的pnad1序列均为391bp。研究结果为泡状带绦虫进一步的分类、鉴定和遗传变异研究奠定了基础。 相似文献