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1.
目的:对猪胰岛素样生长因子结合蛋白(IGFBP3)基因的结构与功能进行生物信息学分析.方法:用分子生物学软件分析猪IGFBP 3基因序列和IGFBP3蛋白的理化性质、二级结构、结构域、信号肽、跨膜结构、磷酸化和糖基化位点,以及不同动物IGFBP3氨基酸序列的同源性和遗传进化.结果:猪IGFBP3基因编码区长882个碱基对(bp),编码293个氨基酸.猪IGFBP3蛋白分子式为C1359 H2182 N418 O411 S24,相对分子质量为31722.27,理论等电点为8.97,不稳定系数为48.17,脂肪系数为61.06,平均亲水系数为-0.592.IGFBP3蛋白存在1个长27个氨基酸残基的信号肽,但无跨膜结构,二级结构以无规卷曲(65.87％)和α螺旋(20.82％)为主,含1个胰岛素生长因子结合蛋白同源物(IB)结构域和1个甲状腺球蛋白Ⅰ型重复(T Y)结构域,有26个磷酸化位点(包括17个丝氨酸位点、5个苏氨酸位点和4个酪氨酸位点)和3个N-糖基化位点.序列同源性方面猪IGFBP3蛋白与水牛、黄牛、山羊、绵羊、猫、狗、小鼠、大鼠、鸡和鸭的氨基酸序列同源性分别为91.2％、90.8％、87.8％、87.8％、87.2％、86.9％、82.3％、81.2％、73.9％ 和73.3％.系统进化树构建显示,猪IGFBP3蛋白与水牛、黄牛、绵羊和山羊的亲缘关系最近.结论:预测结果为进一步研究猪IG FB P3基因及其编码蛋白的结构和生物学功能提供基础. 相似文献
2.
《安徽科技学院学报》2020,(3)
目的:采用生物信息学方法对人源P2Y12基因结构特征进行分析。方法:利用DNAstar、ProtParam、SOPMA、SignalP 4.1、MEGA等5个生物信息学平台,研究人源P2Y12基因和蛋白序列,及其理化性质、二级结构、跨膜结构、信号肽、疏水性、磷酸化和羰基化位点及B细胞抗原表位,并且对其蛋白作用功能和亲缘性进行分析。结果:人P2Y12基因编码区长1029 bp,编码342个氨基酸。人P2Y12蛋白分子式为C_(1836)H_(2868)N_(450)O_(476)S_(18),分子量为39438.78 u,理化性质稳定,二级结构以α螺旋和无规则卷曲为主,含7个跨膜结构,无信号肽,有33个磷酸化位点和2个N-糖基化位点,存在6个B细胞抗原表位。通过String数据库得到蛋白相关功能和通路,发现P2Y12蛋白在G蛋白偶联相关受体、cAMP信号调节、血小板活化等信号通路中发挥着重要作用,是血小板相关生物过程的重要部分。同源性分析和进化树显示黑猩猩和猕猴与人源P2Y12蛋白相似性最高。结论:利用生物信息学方法对人源P2Y12基因及其蛋白进行研究,为血栓、血小板出血性疾病8(BDPLT8)等疾病的研究和相关药物研发应用提供参考。 相似文献
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[目的]应用生物信息学分析人类新基因乙型肝炎病毒(HBV)DNA聚合酶(Polym erase)反式调节蛋白(HBVDNAPTP1)结合蛋白(HBVDNAPTP1BP).[方法]利用生物信息学技术分析HBVDNAPTP1BP基因的染色体定位与组织表达,以及编码蛋白的化学物理性质与结构特征.[结果]HBVDNAPTP1BP基因染色体定位于1号染色体短臂3区5带1亚带,可在组织中低表达,但在多个组织中无表达.HBVD-NAPTP1BP的相对分子量为11 905.6,理论pI为7.72,不同条件下的消光系数为14 230 M-1cm-1或13 980M-1cm-1(280 nm),在体外哺乳动物网状细胞中的半寿期为30 h,并且无卷曲螺旋区域,但具有3个较强的疏水区域.HBVDNAPTP1BP无特殊二级结构,仅有1个蛋白激酶C磷酸化位点,不具有跨膜螺旋结构,无信号肽序列,定位于细胞核中.[结论]应用生物信息学对HBVDNAPTP1BP进行了分析,为进一步研究其生物学功能及其在乙型肝炎、肝细胞癌中的作用机制提供了依据和线索. 相似文献
4.
以观音竹（Bambusamultiplexvar．riviereorum）基因组DNA为模板,通过PCR扩增获得蛋白激酶基因BmPtil的启动子片段,长度为1466bp,通过HamCARE启动子预测工具分析表明：该序列中除含有TATA-box、CAAT-box等基本顺武作用元件外,还发现1个参与生理周期调控的元件、1个厌氧诱导的顺式元件,1个干旱诱导的MYB结合位点、1个光诱导MYB位点、1个水杨酸响应元件、1个赤霉素响应元件、1个低温响应元件、2个ABA与VPl响应元件和2个激素响应元件．表明BmPtil基因的表达可能受干旱、光照、氧气、低温等环境因子以及脱落酸、水杨酸、赤霉素等激素的调控．此外,推测BmPtil基因的表达可能与植株的生理周期相关． 相似文献
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虎(Panthera tigris)、豹(Panthera pardus)、雪豹(Panthera uncia)、云豹(Neofelis nebulosa)、猎豹(Acinonyx jubatus)和家猫(Felis catus)线粒体基因组全序列全长分别为16990、16964、16773、16844、17011和17009bp,包括13个蛋白编码基因、22个tRNA,2个rRNA、一个非编码的控制区(D-loop)以及一个轻链复制起点(OLR),碱基含量A+T大于C+G。在蛋白编码基因中,AT偏向性在密码子的第二位点更加明显,这与大多数哺乳动物第三位点AT偏向性较高明显不同。蛋白质基因在密码子的使用上,ATG为多数基因的起始密码子,TAA为多数基因的终止密码子。预测的tRNA二级结构显示,除tRNASer(AGY)基因缺失"DHU"臂外,其余的tRNA基因序列都可以折叠成典型的"三叶草结构"。控制区位于tRNAPro和tRNAPhe之间,控制区结构为高变Ⅰ区、中央保守Ⅱ区和保守序列Ⅲ区三个结构域。 相似文献
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《莆田学院学报》2017,(2):18-23
通过同源比对策略从"Angeleno"李果实转录组数据库中获取长1862bp的AP1M2同源核苷酸序列。该同源序列具有完整的ORF,长1287bp,编码428个氨基酸。使用生物信息学在线分析工具,对李AP1M2同源基因的核苷酸与氨基酸序列进行了组成、理化性质、保守结构域、疏水性、跨膜区、信号肽、磷酸化修饰位点、亚细胞定位及功能的预测分析。结果表明,李的AP1M2同源基因在物种间高度保守,其翻译的蛋白质较稳定,属于亲水性蛋白,结构内未发现跨膜结构及信号肽。在生物功能及途径上,该蛋白可能参与了细胞内蛋白转运、囊泡的介导运输,与网格蛋白衔接体、网格蛋白包被的囊泡膜、高尔基体等细胞组成有关。 相似文献
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本文从s wiss-prot中选取经过试验验证的水稻蛋白质磷酸化位点数据作为训练集合,应用蛋白质序列的氨基酸频率计算方法来进行特征提取,再利用SVM算法构建专门针对水稻蛋白质磷酸化位点的预测新工具.氨基酸频率算法指的是计算出相应待预测磷酸化位点附近氨基酸的出现频率,进一步反映了残基之间的相关性.本文利用LibSVM软件包对已通过氨基酸频率算法特征提取出来的数值特征对磷酸化位点进行预测,从而为之后构建水稻蛋白质磷酸化位点的预测工具做准备.结果表明,本文基于SVM和氨基酸频率方法的水稻蛋白质磷酸化位点预测在丝氨酸,苏氨酸和酪氨酸的平均预测准确性为77.665%,马修斯系数为0.571.与PlantPhos和Musite的预测性能的对比结果显示,在磷酸化苏氨酸位点的预测性能显著高于PlantPhos及Musite. 相似文献
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李裕红 《泉州师范学院学报》2012,30(6):36-42
根据已克隆得到的泉州湾可口革囊星虫MnSOD基因片段（GenBank登录号为EF 062359）,采用5’RACE和3’RACE技术从泉州湾可口革囊星虫体壁中克隆获得MnSOD的cDNA全长序列.该基因全长988bp（GenBank登录号为JX117903）,其中开放阅读框（ORF）长681bp,编码226个氨基酸,是不具跨膜区结构的亲水性稳定蛋白;预测分子量为25.15ku,理论等电点pI为5.96,分子式为C1 128H1 722N314O330S6;α螺旋是其蛋白质二级结构的主要元件,在氨基酸多肽链上有4个Mn结合位点,有3个二硫键位点.四聚体三维结构模型预测结果显示该MnSOD含12个α螺旋和3个β折叠构成一个篮子状的活性中心.泉州湾可口革囊星虫MnSOD基因与其他动物的胞质MnSOD在序列组成、结构及活性位点等方面存在高度相似性. 相似文献
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利用西方蜜蜂雄蜂头部5’LongSAGE文库中的一组标签序列,在蜜蜂基因组序列第9号连锁群上定位一个新的西方蜜蜂表皮蛋白基因转录起始位点,并克隆了该基因的eDNA序列,继而利用此cDNA序列分析了该基因的内含子和外显子结构．分析结果显示：该基因的DNA序列长1253bp,含有4个外显子和3个内含子,其cDNA长598bp,编码一个169AA的富含Val和Pro残基（23．67％,20．12％）多肽序列．BLAST分析发现,该蛋白与已知的4个昆虫表皮蛋白序列的相似性为47．54％,且其C末端有一个共有基序,说明这5个蛋白可能属于同一个表皮蛋白家族．该研究结果提供了一个新的蜜蜂表皮蛋白基因,且该基因在雄蜂头部表达水平较高． 相似文献
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细菌整合子——基因盒系统综述 总被引：1，自引：0，他引：1
袁志辉 《湖南科技学院学报》2008,29(12)
整合子是一个能够通过自身编码的整合酶来获取保外游离基因或基因片段并使之表达的遗传元件系统。根据整合子整合酶基因及其所捕获的基因盒功能的不同,整合子有两大类：抗性整合子和超级整合子。基因盒是能被整合酶整合到整合子上或是从整合子上切除的移动元件。基因盒一般包括2个功能性成分,即一个占该序列绝大部分的基因和另一个位于其下游的重组位点,其功能绝大多数是抗生素抗性基因,少数的是编码产物功能不甚清楚的ORF。整合子-基因盒系统在细菌抗生素抗性的获得、细菌基因组进化方面可能发挥着重要作用。 相似文献
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本文利用LibSVM软件包对已通过改进过的CKSAAP方法特征提取出来的数值特征对磷酸化位点进行预测。结果表明,基于SVM和CKSAAP结合氨基酸频率方法的水稻蛋白质磷酸化位点预测在丝氨酸、苏氨酸和酪氨酸的平均预测准确性为80.877%,马修斯系数为0.616。对比单纯使用CKSAAP准确性显著提高。与PlantPhos和Musite的预测性能的对比结果显示,在磷酸化酪氨酸位点的预测性能显著高于PlantPhos及Musite。 相似文献
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通过PCR扩增并克隆测序,获得了鳡（Elopichthys bambusa）线粒体ND5基因序列,该基因全长为1836bp,编码611个氨基酸残基的蛋白质,其起始密码子为ATG,终止密码子为TAA.分析该基因碱基组成及密码子使用情况,发现A＋T含量高于G＋C,并且在密码子第三位点存在明显的反G偏倚.将鳡ND5基因序列与GenBank中其他10个物种的ND5基因序列进行比对,结果表明鳡与鲢鱼的亲缘关系最近,青鱼次之.用NJ法构建11个物种的系统进化树,结果表明雅罗鱼亚科、鲌亚科和鲢亚科之间的亲缘关系很近,而鲤亚科与它们之间的亲缘关系相对较远. 相似文献
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Ke He Yong-Ping Xin Ying Shan Xian Zhang Hou-Hui Song Wei-Huan Fang 《Journal of Zhejiang University. Science. B》2019,(8):660-669
目的:探明单增李斯特菌RsbR的两个保守磷酸化位点是否影响SigB(sigmaB)的表达.创新点:解析了RsbR在单增李斯特菌中SigB网络调控中的作用.方法:通过基因缺失、定点突变和回补技术构建rsbR基因缺失株、回补株和回补突变菌株,进行酸应激条件下的生长能力和强酸条件下的存活能力试验,并检测在酸应激下菌株中的SigB基因和蛋白表达的改变情况.结论:RsbR缺失能够显著降低单增李斯特菌的抗酸应激能力和下调SigB表达,RsbR-175位点是SigB调控途径中RsbT释放的先决条件. 相似文献
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根据Genbank数据库已知的链霉菌的查尔酮合成酶基因的保守区设计chs基因特异简并引物,土壤总DNA为模板,利用PCR技术扩增得到该1条chs基因编码区,通过TA克隆、测序和同源比对及进化分析表明：该基因为放线菌来源chs基因．分别在该基因5＇末端和3’末端分别引入的限制酶NcoI和EcoRI酶切位点,利用上述2种限制酶分别酶切导入到psimple—T／chs载体和原核表达pET32a,凝胶回收目的片段后,将二者连接并转化大肠杆菌感受态细胞,转化子经菌液PCR筛选、双酶切鉴定后,3730测序结果表明,该基因全长编码区为1089bp,推测该基因编码全长为362个氨基酸残基,等电点（PI）为5．41、分子量为3965道尔顿含有cHs保守功能区的酸性蛋白质．分析表明,该基因与Streptomyceslividans来源的查尔酮合成酶RppA基因核苷酸相似性高达93％,氨基酸序列相似性高达87．70％．测序结果表明,该基因已经成功插入到pET32a载体中． 相似文献
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蜜蜂（Apis）线粒体DNA（mtDNA）研究进展 总被引：1，自引：0，他引：1
综述蜜蜂线粒体DNA(mtDNA）的结构及其多态性在进化、分类、群体遗传结构和非洲化蜜蜂研究上的应用，蜜蜂mtDNA是一个裸露的闭合双链环状分子，长度在16，300-17，000bp之间，其中AT含量约占85%,线粒体基因组含有13个编码蛋白质的基因，22个tRNA左因，2个编码rRNA亚基基因和两个非编码区域，部分基因有重叠现象，根据mtRNA限制位点的多态性，可推断出四个蜜蜂的系统分化图为:Florea(dorsata (cerena,mellifera）；而西方蜜蜂在进行过程中形成三大分支：西欧型（M）、东欧型（C）、非洲型（A）、mtDNA多态性也是研究蜜蜂群体遗传结构和非洲化形成、扩散机制的有力工具。 相似文献
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5’LongSAGE标签得自于全长mRNA分子的5’末端的前19 nt.该研究利用定位在西方蜜蜂基因组中的一个预测基因座LOC724521的2条5’LongSAGE标签序列作为5’引物,通过RT-PCR克隆了该预测基因座的2条长335 bp和337 bp的cDNA序列（GenBank登录号：GU358205,GU358204）.此cDNA编码一条长88个氨基酸残基的多肽.用所克隆的cDNA序列对基因座LOC724521进行功能注释发现,该基因含有3个外显子和2个＂GT-AG＂型内含子.5’LongSAGE标签序列的基因组定位结果显示：基因座LOC724521在雄蜂的头部中表达丰度很高,RNA PolⅡ可从5个转录起始位点（TSS）上以不同效率起始转录,该基因的59%和31%的转录是从2个优势TSS上起始.有趣的是,有一条5’LongSAGE标签序列被定位在内含子区,暗示该基因存在外显子的可变性选择现象.该研究结果不仅在转录水平上证实了软件预测的基因座LOC724521确实存在,同时揭示了该基因存在可变性转录起始位点和可变性外显子选择等转录调控机制. 相似文献
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珙桐rbcL基因的克隆与序列分析 总被引：1，自引：0，他引：1
根据已知植物rbcL基因设计引物,以珙桐叶片总DNA为模板,PCR扩增目的DNA片段,克隆入pDM19-T载体.阳性克隆鉴定后进行测序,序列分析结果表明:该基因片断长为1266 bp,包括1031 bp的编码区序列,编码343个氨基酸;其编码区氨基酸与烟草、菠菜、玉米、甘薯、拟南芥、水稻、葡萄、地钱和葡萄柚等9个物种的同源性94.13%以上,并构建了它们间的亲缘关系树.该基因片断的预测晶体结构与菠菜的最相近,推测Lys86、Lys60、Lys179等残基对酶的活性影响较大. 相似文献
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丁雪梅 《赤峰学院学报(自然科学版)》2013,(4):5-7
选取69个含内含子的核糖体蛋白基因,抽取其中每个基因转录起始位点附近长度为100个碱基的序列,发现转录起始位点为碱基A的占92.8%,给出由位点状态转移到位点后与位点相邻状态的一步转移概率矩阵P以及由位点前与位点相邻状态转移到位点状态的一步转移概率矩阵.含内含子的核糖体蛋白基因中富含碱基A,T的序列可能有利于基因的转录. 相似文献